持權力，凌駕於朝官之上，有時甚至控制皇帝。這些不僅破壞了封建國家機器有規則的運轉，而且大大侵害了士人的利益。隨著士人階層的壯大，特別是豪門士族力量的壯大，士人的集團意識日益強烈。他們要求與皇權達成某種平衡，強調“士大夫”對國家的責任和權力，堅決反對宦官擅政。而搖擺於兩者之間的，又有外戚的政治集團。桓帝、靈帝之世，宦官對士人集團的殘酷壓迫到了極端，士人的反抗也愈益激烈，使國家機器處於癱瘓。終於在黃巾大起義的打擊下，整個王朝土崩瓦解。以後到魏晉時代，豪門士族得到最大的收穫，形成皇權與門閥的結合。在這個過程中，以維護皇權的絕對性為責任的儒學，漸漸為士人所輕視，從東漢末到魏晉，形成中國歷史上又一次思想解放、學術活躍發展的局面。
漢代的儒學，一開始就分成今、古文經學兩派。今文經學偏重於政治上的實用性，多講陰陽災異、天人感應，是官方的學說；古文經學注意經書的政治和倫理原則，穿鑿附會的成分相對要少，但地位一直不高。東漢時期，今文經學進一步滑落為“讖緯之學”，脫離經書，專門偽造和推究神秘妖異的預言。它的愚昧，繁瑣，導致古文經學的興起。東漢覆滅後，儒學整體上衰微，其中今文派趨