“對天地萬物的新關係來加以研究。”同時，這些負責調查的人也瞭解，所有工業化國家都有一批原子物理學家，不管美國作出什麼決定，原子武器遲早要誕生的。除了把原子彈用於實戰以外，臨時委員會和科學家小組委員會（奧本海默、弗爾米、E。O。勞倫斯和阿瑟·康普頓）都研究過其他最可行的替代辦法——或是預先就原子彈投擲的具體後果提出警告，或者在某一無人居住的地區進行爆炸來顯示威力。這兩個方案都被否定了，因為行不通。原子彈爆炸的性質如何，人們還不瞭解。即使將在洛斯阿拉莫斯進行的試驗成功，也不能保證從B－29飛機投擲下來的炸彈會爆炸。沙漠上的試驗是在靜止狀態下進行的。這個試驗對於用一個複雜而又未經試驗的裝置在預定高度去引爆原子彈的問題，並不能給技術人員提供任何新的情況。實戰中失靈是一個很現實的可能。如果美國人先對日本人發出警告，然後投下一枚啞彈，敵人士氣就會頑強起來，更加負隅頑抗。還有一點，美國人沒有多餘的原子彈。除了要在沙漠爆炸的靜態裝置而外，就只有兩顆，分別叫作“瘦子”和“胖子”。
因此，總統的顧問們在6月1日建議“儘快地對日本”使用原子彈，投向有雙重意義的目標，即投向一個軍事設施而其附近又有容易受到破壞的建築物，並且“事前不提出警告”。四位科學家提出一項一致的意見：“我們不能保證僅用技術上顯示威力的辦法就可能結束戰爭；除直接用於軍事外，看不到其他可行的辦法。”史汀生接著在向杜魯門提出的備忘錄中提出：“實際進攻日本本土的作戰一旦開始，”——如果杜魯門否決使用原子彈，準備進攻就得馬上著手進行——“我認為我們要進行的決戰，比之在德國所進行的還要慘烈。我們的攻擊，將促使日本種族團結，同仇敵愾，迥異於德國的情況。”一年以後，卡爾·康普頓在《大西洋》月刊上談及原子彈時說，“我相信，如果有這炸彈而不用，事後就無法向自己國人交代。”康普頓對廣島死了八萬人這個可怕事實並非視而不見。但他建議持批評意見的人，應該回憶一下轟炸德累斯頓市和漢堡市時所引起那場火暴，和B－29兩次對東京空襲投擲的燃燒彈，其中一次殺死了十二萬五幹名日本人，另一次則近十萬人。他意思是說，如果道義這個問題可用統計數字來衡量的話，那麼，決定使用核武器對付日本的人，遠遠不是最大的戰爭罪犯。
7月13日星期五，正好是富蘭克林·羅斯福在溫泉逝世後三個月，那試驗裝置的兩個半邊鈾－235，中子反射器和引爆用雷管，從技術區的“後門”，就是說，一條秘密通往S發射場的路，離開了洛斯阿拉莫斯。S發射場是離新墨西哥州阿拉莫戈多五十英里的一片半沙漠地帶。距離那裡最近的村子叫奧布斯庫羅，西班牙語是“黑暗”的意思。當地居民管發射場所在地區叫作霍爾納達·德穆爾託，意即“死亡地帶”。這種名字上的偶然巧合，對核物理學家們來說，並沒引起可怕的感覺。他們知道他們正在向人類未知的領域邁進一大步。他們向第五0九混合大隊提出要注意閃電，並不是出自臆想。這是整個方程式中的一個無法估量的未知數。一場暴雷雨中的一道閃電也會使他們全部化為烏有。而且由於鏈鎖反應的範圍究有多大還是未知的，整個地球也是有可能被摧毀的。科學家大多數認為不會這樣，但誰都不能肯定。他們在黑暗中駛過奧布斯庫羅，沒有一個人多說話。
在霍爾納達·德穆爾託的中間地段，靠著一間舊農舍的正面，搭起了一座一百英尺高的鐵架。炸彈的核心部分將在農舍中組裝，但是要等到最後一刻才進行。對閃電的顧慮這時更大了。在這塊荒蕪的土地上，7月份是雷暴雨很多的月份。幾天以前，在這裡曾用普通炸彈進行一次預演，剛把炸彈吊裝上，來了一道叉狀閃電，擊中了它，把它炸掉了。這個鐵架和農舍就是絕對的“零”區。洛斯阿拉莫斯中心的核彈物理小組的領導人羅伯特·貝徹博士，這天在這農舍裡面安裝那顆真的原子彈。到了大約黃昏時分，他感到很不順手。本來每個部件都是車磨得精度極高，但竟有一件塞不進另一件裡，他停了一下，又試一試，又停一下又再試一試，終於放進去了，部件全部齧合無縫。
奧本海默和科學家小組其他領導成員，個個手裡拿著表，在西南十英里以外的一個掩體裡等著。同時兩架B－29機在上空巡邏，用無線電向地面報告天候。奧本海默的那個掩體S－10是控制中心，也是總指揮部。在離“零”區一萬碼的周圍其他點上，還蓋了三座鋼筋水泥堡壘。原來的計劃，是在早上4時爆炸。但是天氣惡作劇，每次上空放晴時，B－2