大貢獻的李宗仁，也在王建光等策動下，出來反對編遣。李公然違反國民黨二屆五中全會“關於不得以政治分會名義任免該特定區域內之人員”的規定，和“國軍編遣會議期間，非編遣會議之命令不得擅自調動軍隊”的決定，以武漢政治分會主席的名義，免去湖南省政府主席魯滌平的職務，同時派第五十二師師長葉琪與第十五師師長夏威率軍進攻長沙，在“護黨救國”的旗號下策成“湘案”，從而誘發了桂系軍閥反叛中華民國中央政府的內戰，首倡亂國之禍。年二至三月，李宗仁策成湘案，是為公開叛變的先聲。3月9日，蔣曾親自致書李宗仁，勸其赴京“開誠相商”，以弭其事。因李拒絕，蔣再於3月21日發表《宣告湘事真相》，指責李於“編遣會議”之後，“未及數旬，即擅自調動軍隊，擾亂湘、贛，又復擅自任免湖南省政府主席及全部委員，是違背五中全會關於政治分會之規定，以破壞政治之統一”。3月25日方下令“討桂”。3月27日發表《討逆時告將士文》，痛斥桂系軍閥“盤據兩廣兩湖之地，把持兩廣兩湖之財政，劫持兩廣兩湖之軍隊以自私，其割據行為已非一日……”特別申明“討桂”的目的，乃在“###反抗中央之叛逆，以保障國家之統一”。中華民國政府及蔣介石本人“討桂”戰令既下，乃根據桂系軍隊據兩廣兩湖直至河南河北之一字長蛇陣的特點，首先一舉解決平、津兩地的桂系駐軍，然後合圍廣西。3月29日蔣親赴九江督師，叛將何健立即向中央投誠。四月五日討逆軍收復武漢，桂系胡宗督、陶鈞、夏威三人即聯名通電下野，李、白乃逃廣西與黃紹竑打起“護黨救國軍”旗號，由李親任總司令，進攻廣東。蔣乃急令廣東陳濟棠、陳銘樞迎戰。六月二日討逆軍克廣西梧州，李、白、黃通電下野，討桂戰爭勝利結束，廣西復為中華民國政府所統一。
是年三月，黃天明舊部、因表示擁護國民政府“討桂”而重被任命為第四師師長的張發奎，突然拒赴隴海鐵路監防馮軍異動，通電“擁汪”，要求改組黨務，並率軍南下湖南，計劃進攻廣東，欲於廣州另立中央。國民政府遂免張職，同時命四川及湖南軍隊堵張回粵，張遂敗。四月，馮玉祥在鍾奎等策動下，於中央軍“討桂”之際，提出“護黨救國”，在開封召開師以上軍官會議，並將散佈在山東、河南、陝西、甘肅、寧夏、青海六省數千公里戰線的軍隊集中西撤，沿途破壞信陽關等地的鐵橋與武勝關隧道，欲以重兵壓迫閻錫山一道反叛。決意“如閻不從則先打閻；如閻從便先打蔣，後打閻。”時因桂系反叛敗局已定，馮玉祥雖一邊通電“###”桂系，一邊命令韓復渠迅速向武漢推進。只因為沒有料到韓復渠和石友三已被蔣系情報人員所收買，竟於五月十二日通電維持和平、擁護中央，第二天又兩次通電擁蔣，才使馮玉祥第一次“反叛未成敗先成”。十九年春，蔣因閻、馮叛亂之心已張，自知心理有愧，乃於2月9日，2月21日，2月22日，2月26日一再致電閻錫山，勸之曰：“今日中國危險已達極矣，救國之事與禍國之罪，皆由我兩人實負其責……”閻則提出兩人公開下野，交由國民黨中央處理編遣事宜。蔣親自覆電駁斥：“權力自當犧牲，義務不容委御。此時國難正亟，非我輩自鳴高蹈之時。若因反動者謀叛不已，而輕棄黨、國付與之重任，以張若輩之氣焰，是乃獎亂助爭，與禮讓為國者，適得其反……”而當閻、馮、李等大舉叛亂訊號已彰，蔣個人勸無可勸之時，十九年5月11日，中華民國政府###閻、馮、李聯合叛亂的戰爭遂正式打響。蔣在中央軍挾迫下，親赴歸德督戰，雖幾陷於馮手，仍堅持親自指揮，並在七月中旬由津浦線開始反攻，於八月上旬擊退叛軍於隴海一線。8月15日政府軍克濟南，叛軍乃潰不成軍。9月6日政府軍發動對叛軍馮玉祥部的總攻。9月18日張學良眼見叛軍大勢已去，乃發表“和平罷兵”通電，閻、馮亦因最後絕望而通電下野。依叛促叛，於北平剛剛亂哄哄唱罷的汪氏“中央擴大會議”，和閻氏的“國民政府”，亦不過旬日便自崩自垮。這場中央軍為保衛自己的勢力和蔣介石為了保住個人權威的戰爭，終於結束。但是，兵連禍結六個月的中原大戰，叛軍動員六十萬，政府軍動員一百萬，叛軍死傷二十萬，政府軍死傷九萬餘，代價實在不可謂不大。事後，馮部雖然被收編，但得以全保，馮在國民黨內威望仍在。
9月27日，廣西省主席俞作柏和師長李明瑞與張發奎宣告獨立。國民政府乃命陳濟棠###。因桂軍將領楊騰輝反戈服從中央，叛變遂敗。10月10日，宋哲元、石敬亭等二十七名西北軍部將，在馮授意下 聯名反抗中央，明申反對“編遣