謀處、鎮撫處、後勤處，各處主事和職能不變。
軍事部管轄長島衛所有軍隊，分野戰、守備、預備3種部隊。野戰目前仍設兩棲、廣鹿、長島、登州4大作戰營，目前暫編500人，逐步擴編到1000人。營總和鎮撫暫時不變。
守備部隊壓縮為3支，撤銷登州千戶堡守備隊，人員充實到長島守備隊，總兵力還是850人。
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預備隊由原來的新兵補充隊轉任，撤銷草嶼、登州補充隊，草嶼的120人先充實到草嶼守備隊之中，登州的300人與長島200人合併，成立新的預備營，兼任後勤輜重兵，由原登州千戶堡守備張慶偉任營總，鎮撫後續選派。
長島兵器廠也由軍事部直接領導，工廠主事朱培祥，副主事沈有恆。
第二，成立民政司，主管全衛所民政事務。由陳之文擔任主管。暫時下設民事處、建設處兩個職能部門，分別由徐遠、謝二丁擔任主事。因衛所目前農業規模很小，相關業務暫歸民事處負責。
第三，成立商業司，主管民用產品生產和銷售，也就是負責賺錢。主管由吳南擔任，謝進、李大牛任副主管。下設知味觀酒樓、興華商行、順風速運以及工坊等，三江灣護衛隊也劃入商業司，由謝進兼任隊長，負責商業保護及處理商業糾紛。
第四，成立海事司，負責海運、海上作戰及海外貿易。這是一個軍民合一的部門，下轄海貿處、水師編隊和造船廠，同時還需接受軍事部參謀處、鎮撫處業務指導，並由鎮撫處派遣鎮撫官進駐水師編隊。海事司由吳東任主管，其中海貿處由徐禮勇暫代主事，水師編隊暫由吳東兼任管帶，造船廠由楊大強任主事。
第五，成立情報司，負責對外情報收集和對內監督，由李守信擔任主管，內部架構設定和人員安排另行明確。
第六，成立內務司，負責衛所內部事務，做好相關文書工作。由謝三任主管。下設秘書處，由沈雲任主事；財務處，由沈大成任主事；監察處，主事暫由謝三兼任。”
這一部五司的編制架構，既突出了當前軍事部門的特殊地位，並由許東親自擔任總管，來保證對軍隊的掌控，又兼顧其他領域的分權負責，減輕許東領導壓力。不過具體執行的怎麼樣，還需進一步磨合。
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