年，黃巾賊起，特選拜豫州刺史。闢荀爽、孔融等為從事，上除禁黨。討擊黃巾別帥，大破之，與左中郎將皇甫嵩、右中郎將朱□等受降數十萬。於賊中得中常侍張讓賓客書疏，與黃巾交通，允具發其奸，以狀聞。靈帝責怒讓，讓叩頭陳謝，竟不能罪之。而讓懷協忿怨，以事中允。＇一＇明年，遂傳下獄。＇二＇
注＇一＇中，傷也。
注＇二＇傳，逮也。
會赦，還復刺史。旬日閒，復以它罪被捕。司徒楊賜以允素高，不欲使更楚辱，＇一＇乃遣客謝之曰：“君以張讓之事，故一月再徵。兇慝難量，幸為深計。”＇二＇
又諸從事好氣決者，共流涕奉藥而進之。允厲聲曰：“吾為人臣，獲罪於君，當伏大辟以謝天下，豈有乳藥求死乎！”投杯而起，出就檻車。既至廷尉，左右皆促其事，朝臣莫不嘆息。大將軍何進、太尉袁隗、司徒楊賜共上疏請之曰：“夫內視反聽，則忠臣竭誠；寬賢矜能，則義士厲節。＇三＇是以孝文納馮唐之說，＇四＇
晉悼宥魏絳之罪。＇五＇允以特選受命，誅逆撫順，曾未期月，州境澄清。方欲列其庸勳，請加爵賞，而以奉事不當，當肆大戮。責輕罰重，有虧觽望。臣等備位宰相，不敢寢默。誠以允宜蒙三槐之聽，以昭忠貞之心。”＇六＇書奏，得以減死論。是冬大赦，而允獨不在宥，三公鹹復為言。至明年，乃得解釋。是時宦者橫暴，睚鴺觸死。＇七＇允懼不免，乃變易名姓，轉側河內、陳留閒。＇九＇
注＇一＇更，經也。楚，苦痛。
注＇二＇深計謂令自死。
注＇三＇內視，自視也。反聽，自聽也。言皆恕己，不責於人也。
注＇四＇文帝時，魏尚為雲中守，下吏免。馮唐為郎中署長，奏言曰：“臣聞魏尚為雲中守，上功首虜差六級，陛下下之吏，削其爵。愚以為陛下法太明，賞太輕，罰太重。”帝即日赦尚復為雲中太守。
注＇五＇左傳曰，晉悼公之弟楊幹亂行於曲梁，魏絳戮其僕。公怒之。絳曰：“臣聞師觽以順為武，軍事有死無犯為敬。臣懼其死，以及楊幹，無所逃罪。”公曰：“寡人有弟不能教訓，使幹大命，寡人之過也。子無重寡人之過。”與之禮食，使佐新軍。
注＇六＇周禮朝士職，三槐、九□，公卿於下聽訟，故曰“三槐之聽”。
注＇七＇睚音五懈反。鴺音士懈反。前書曰：“原涉好殺，睚鴺於塵中，觸死者甚多。”
注＇八＇轉側猶去來也。
及帝崩，乃奔喪京師。時大將軍何進欲誅宦官，召允與謀事，請為從事中郎，轉河南尹。獻帝即位，拜太僕，再遷守尚書令。
初平元年，代楊彪為司徒，守尚書令如故。及董卓遷都關中，允悉收斂蘭臺、石室圖書秘緯要者以從。既至長安，皆分別條上。又集漢朝舊事所當施用者，一皆奏之。經籍具存，允有力焉。時董卓尚留洛陽，朝政大小，悉委之於允。
允矯情屈意，每相承附，卓亦推心，不生乖疑，故得扶持王室於危亂之中，臣主內外，莫不倚恃焉。
允見卓禍毒方深，篡逆已兆，密與司隸校尉黃琬、尚書鄭公業等謀共誅之。乃上護羌校尉楊瓚行左將軍事，執金吾士孫瑞為南陽太守，並將兵出武關道，以討袁術為名，實欲分路徵卓，而後拔天子還洛陽。卓疑而留之，允乃引內瑞為僕射，瓚為尚書。
二年，卓還長安，錄入關之功，封允為溫侯，食邑五千戶。固讓不受。士孫瑞說允曰：“夫執謙守約，存乎其時。公與董太師並位俱封，而獨崇高節，豈和光之道邪？”＇一＇允納其言，乃受二千戶。
注＇一＇老子曰：“和其光，同其塵。”
三年春，連雨六十餘日，允與士孫瑞、楊瓚登臺請霽，復結前謀。＇一＇瑞曰：“自歲末以來，太陽不照，霖雨積時，月犯執法，＇二＇彗孛仍見，晝陰夜陽，霧氣交侵，此期應促盡，內發者勝。幾不可後，公其圖之。”允然其言，乃潛結卓將呂布，使為內應。會卓入賀，呂布因刺殺之。語在卓傳。＇三＇
注＇一＇說文曰：“霽，雨止也。”郭璞曰：“南陽人呼雨止曰霽。”
注＇二＇執法，星名。史記曰“太微南四星曰執法”也。
注＇三＇帝時疾愈，故入賀也。
允初議赦卓部曲，呂布亦數勸之。既而疑曰：“此輩無罪，從其主耳。今若名為惡逆而特赦之，適足使其自疑，非所以安之之道也。”呂布又欲以卓財物班賜公卿、將校，允又不從。而素輕布，以□客遇之。布亦負其功勞，多自誇伐