團練大臣龐鍾路和江北團練大臣晏端書等人，一個個罷職，而以自己的嫡系所取代。曾國藩的地位增高了，湘軍的地位也增高了，逐漸取代了八旗和綠營兵，成了太平軍的勁敵。
敵人在磨刀，太平軍也在磨刀。在咸豐帝忙於採取對策的時候，洪秀全也沒閒著。一八六○年五月十一日，在他的主持下，召集高階將領，在天京共議軍情。英王陳玉成首先說道：“武昌扼我咽喉，乃必爭之地，我意應抽調大軍復奪之！”忠王李秀成說道：“為今之計，自天京而論，北距川、陝，西距長城，南距雲貴、兩粵，俱有五六千里之遙。唯東距蘇、杭、上海，不及千里之遠。應撥銀百萬，買置火輪船二三十艘，沿長江上取。或另發兵一支，由甫進江西；再發兵一支，由北可取湖北。如此，則長江兩岸俱為我有矣！”洪仁環支援李秀成的看法，蒙德恩支援陳玉成的建議，雙方爭執不下。
洪秀全最後說道：“時機必爭，安慶必守，湘軍必殲，武漢必取。目前，英、法、美、俄四國洋人，欲逼滿妖簽約，兵臨京、津，劍拔弩張。乘清妖無力南顧，我軍速戰速決，此時機必爭也。安慶乃皖省重鎮，天京之門戶和鎖鑰。安慶在，天京安；安慶失，天京危。所以，安慶必守也。武昌扼我咽喉，乃天京糧米、物資之來源地。其要害可知，是必爭不捨。至於湘軍必殲嘛——”他提高嗓音說：“曾妖頭和他的湘軍，乃我軍之死敵。湘軍一日不滅，我軍則一日不安。湘軍滅，則清妖盡滅矣！”洪秀全站起來，又說：“朕已訂好一個方案，請兄弟們受命。”“遵旨！”眾將“譁”的一聲，站起身來，又開始了新的征程。
第七十二回 忠王執意攻上海 英法組織常勝軍
革命征途艱險，
難以順風揚帆。
家賊垂死強掙扎，
外鬼也來搗亂。
天王洪秀全做了周密部署。第一步：命李秀成領本部人馬攻取蘇、常鎮，限期一個月完成；第二步：從六月中旬開始，集中太平軍絕大部分兵力，沿江而上，全力攻取武漢三鎮，搗毀湘軍老巢。
五月十五日，忠王李秀成從天京出發，以摧枯拉朽之勢，橫掃清軍。十九日克丹陽，二十六日克常州，三十日克無錫，六月二日克蘇州，當晚又克江陰，十四日克嘉興，十五日克崑山，十六日克太倉州，二十二日克嘉定，三十日克青浦，七月一日克松江。在不到五十天的時間裡，太平軍便攻佔了現在長江以南——江蘇省除上海以外——的大部分地區。清朝反動軍隊，幾乎全部瓦解。各地的群眾也紛紛組織起來，配合義軍，打擊散軍遊勇，協助捉拿漢奸和特務。
李秀成每佔一城，必舉官造冊，建立地方政權。五家舉一伍長，二十五家舉一兩司馬，一百家舉一卒長，五百家舉一旅帥，兩千五百家舉一師帥，一萬二千五百家舉一軍帥。
太平軍每佔一地，必勸老百姓共守太平天國條規。如：留長髮，破除迷信。在城市獎勵工商，在農村推廣“天朝田畝制”，提倡耕者有其田。這一系列措施，深受群眾歡迎，蘇、常、杭、湖等地區，呈現出一派生機勃勃的繁榮景象。李秀成駐兵蘇州，再不想西征了。
前文書說過，洪秀全限李秀成一個月，在攻取蘇州、常州後，馬上沿江而上，配合各路大軍爭奪武漢。實際上，李秀成卻違反了這一決定，去搞單獨行動了。洪秀全三令五申叫他班師，李秀成置之不理。天王大怒，連下了兩道詔旨，責忠王曰：
軍法最無情，
抗旨實難容。
大局全不顧，
任意欲孤行。
限爾速班師，
不準片刻停。
倘若再違命，
立斬雲雪中。
李秀成接旨後大驚，但又不甘心放棄自己的計劃。他立刻給幹王發了一封信，請求洪仁殲支援他的行動。信上說：
竊思京都地臨大江南北，原有金城湯池之固，然必剷除南方妖穴，方可永奠磐石之安。武昌雖重要，上海也必爭之地也。餘以為，先收上海，鞏固南省，取萬金購置火輪船，再溯江而上。船堅炮利，一戰可定也。
天王堅持西征，勞師糜餉，舍近而求遠，令人費解，願殿下開導之。
有些人認為，李秀成抗旨不遵的目的，想攻克上海，建立他的蘇、浙獨立王國；也有人認為，李秀成存心與洪秀全鬧分裂，大搞投降主義。眾說紛壇，多方責難。究竟李秀成是不是搞投降、是不是鬧分裂？說書人不敢妄加評議。總之，李秀成沒按洪秀全的計劃行事，這倒是真的。