在圍困南昌的同時，明軍派出魏君重所部，由南昌北上，攻取九江，截斷武昌至南昌的增援之路。魏君重名義上是率領的滅朔軍的一個師，其實他這個師屢經戰鬥，已經擴充至近三萬餘人。朱永興的意思很明顯，魏君重所部是早晚要獨成一軍的。他的這個想法也早通報了魏王馬寶，讓馬寶再從閩省和贛省百姓中招募一師，補足滅朔軍的差額。
若論明清兩國的地域，明朝還是處於劣勢；但要論動員能力，以及民眾參與支堅的熱情，清朝則是遠遠不及。湖廣士紳捐輸的糧食，光復區百姓的踴躍支前，使明軍的後勤壓力大為減輕，且士氣高漲。
永曆十六年，康熙元年，公元1662年十二月二十一，在沿途民眾的傾力相助下，三十餘門重炮運抵南昌城下；十二月二十二，坑道施工業已完成，開始填裝火藥。
十二月二十三日凌晨，南昌西城牆在兩聲轟然巨響中垮塌，嚴陣以待的明軍立刻吶喊衝鋒，從兩個缺口處蜂擁入城。激戰至下午三時許，南昌城內的清軍被全部肅清，都統穆佔被擊斃，所帶滿蒙兵將被盡數斬殺。
十二月二十四日，朱永興在南昌城內接到了魏君重的急報，九江已下。至此，武昌的上游、下游皆被明軍所控，基本上失去了重地的意義。
而明軍繞過武昌的戰略行動獲得了巨大成功，沿江東進便是南直隸的上游咽喉——安慶，只需拿下安慶，便可控制長江及準河。是以取南京必先得安慶。
當年鄭成功由長江入攻南京，主力攻下鎮江後屯於南京城下，以張煌言率偏師往攻安慶。張煌言船不足百，兵只兩千，除了收復安慶之外。周圍四府十餘縣亦盡落入他手，一時間局面大好，只可惜鄭軍主力一敗，安慶等地亦不可守，也只得急忙後撤，將這些府縣歸還於清兵之手。
一道道諭令從南昌飛出。快馬加鞭送往各處。各部明軍紛紛而動，大決戰終於拉開了帷幕。
十二月二十六，經過兩日休整的蕩朔、殄朔兩軍由南昌出發，走九江，東進下游的重鎮安慶。
十二月二十七。魏君重率部由九江西進，兵逼武昌；同時，嶽州的徵朔軍，荊州新成的討朔軍，以及長江水師，一併向武昌壓去，合擊已被孤立的這一清軍集團。
十二月二十九，閩省滅朔軍兵出分水關。由蒼南、平陽、瑞安直取溫州；靖海侯鄧耀率分艦隊開至溫州外海，並於溫州以北的樂清佯攻登陸，予以配合。
永曆十七年。康熙二年，公元1663年一月二日，鎮海伯楊彥迪、建平伯鄭纘緒率兩千餘艘戰船由崇明出動，直入長江。在南通江面，破朔軍借船南渡長江，水陸大軍直指清軍第一道江防——江陰。
一月五日。明軍進至江陰，清朝文武官員憑城扼守。明軍水師先破江上工事。然後駛近城池予以炮轟，破朔軍趁勢猛攻。江陰小縣，一日而下；八日，明軍進抵瓜州，陣斬清遊擊一名，敗敵滿漢兵馬數千，炸斷攔江鐵索，摧毀鎖江防線“滾江龍”，焚燬清軍江上浮營（又稱木城）三座，使清方苦心經營的江防工事全部瓦解。同一天，明軍攻克瓜州，清操江巡撫投降。
一月六日，西路明軍一改幾日來不急不緩的推進速度，晝夜倍道，兼程而進，直逼安慶。而作為奇兵突出的一部明軍騎兵，事先化裝成清兵模樣，由高得捷率領，先於大軍詐開城門，安慶清軍驚慌失措，在敵情不明的情況下，數千之眾竟出東門倉惶而逃，安慶乃下。
一月十日，西路明軍正繼續東進，已有蕪湖等地官紳派人送來密信，通報納降歸附的訊息；明軍以不足一千的騎兵先行，於一月九日收復蕪湖；一月十日，長江水師一部衝破武昌江面，前來會合，並通報武昌正被三路明軍圍攻，城內清軍有棄城北竄的跡象。
一月十一日，明水陸大軍在鎮江銀山大破清江寧派來的援兵，清鎮江守將與知府獻城投降。十三日，先鋒舟艦已進抵南京城下。
一月十五日，明軍西線軍團於當塗與東線哨船會合，從而基本上形成了東西會師，截斷長江，合擊南京的戰略意圖。
從攻克南昌到東西會師，不到一個月的時間裡明軍長驅直進，幾乎沒有經過什麼大戰。
按後來的歷史記載：“帝御駕親征，王師所至，江之南北相率來歸。郡則太平、寧國、池州、徽州；縣則當塗、蕪湖、繁昌、宣城、寧國、南陵、南寧、太平、旌德、貴池、銅陵、東流、建德、青陽、石埭、涇縣、巢縣、含山、舒城、廬江、高淳、溧水、溧陽、建平；州則廣德、無為以及和陽，或招降，或克復，凡得府四、州三，縣則二十四焉