人常說憤怒出詩人，憤怒和壓抑也的確能使人作出一些驚世駭俗之舉。錢謙益在事業受挫之時，不顧世俗禮儀，不怕士紳唾罵，以正室之禮迎娶風塵女子柳如是；而在在深深的追悔與自責中，又不惜九死一生，拼命以自己的實際行動來彌補以往的過失。
“……先生亦悔中道之委蛇，思欲以晚蓋，幸天之待先生以厚，不使先生齎志以終……”
“啊，啊——”錢謙益張著嘴，驚訝得只能發出這簡單的字音，揉了揉老眼，他仔細觀察著下面的印章，身體顫抖起來，撲通一聲跪倒在地，分不清東南西北地磕頭，老淚縱橫，“殿下寬容，殿下仁厚，老朽，老朽……”
“錢先生快快請起。”情報局常熟站站長程冬忙起身將錢謙益扶起坐好，然後向南拱了拱手，說道：“殿下仁厚，世所稱道，胸襟廣闊，更無人可比。今番延請名士大儒，實是思賢若渴，亦不欲諸位大賢再置身韃虜治下，難脫險境。”
“是，是。”錢謙益此時方辨清了方向，向南拱手，“殿下隆恩重情，不以老朽舊惡為忤，老朽感激涕零，沒齒難報。只是，只是這——”
錢謙益為柳如是所營救，得脫牢獄後，便從蘇州返回常熟，移居紅豆山莊。表面上息影居家，築絳雲樓以藏書檢校著述，暗中則與西南和東南海上反清復明勢力聯絡。
“絳雲樓”取“真誥絳雲仙姥下降”之意，名其書樓為“絳雲樓”，中有宋刻孤本，秘冊精槧較多。其藏書經重加繕治，區分類聚，分為七十三大櫃，自稱：“我晚而貧，書則可雲富矣”。學者稱“大江以南，藏書之富無過於錢”。
順治七年（1650）。幼女與乳母在書樓上玩耍，蠟燭誤落入紙堆中，起火被燒。錢自稱絳雲樓之火和梁元帝江陵焚書、李自成文淵閣焚書為“藏書三大厄”。事後痛心疾首地說：“甲申之亂，古今書史圖籍一大劫也。吾家庚寅之火，江左書史圖籍一小劫也。”
作為主要策劃者謀劃的長江戰役因為明軍的內部矛盾和私心自用而無疾而終，錢謙益灰心喪氣，便將主要精力用於追錄《絳雲樓書目》，以期彌補絳雲樓之火的損失。再加上這些年他又蒐集、抄錄了不少藏書，若馬上棄之而去，委實有些難捨。
“錢先生不必著急。”程冬安慰道：“殿下有言：先生能去便去，不能去便安心著述整理。古籍典藏失傳、已佚者極多，令人心痛。先生能於文化遺產做出貢獻，亦是大功一件。”
“文化遺產？”錢謙益頭一次聽見這個新詞。愣怔了一下便明白過來，又向南而拜，“殿下精僻之言老朽銘記，定以殘軀盡力挽救這，這文化遺產。”
“殿下還說：錢謙益當官不行。做學問卻是好的。中有暇，後能盡力掩之，雖有謗言於世，但終有公正定論之日，望其不必壓抑。”
“有殿下此言，老朽便是立死亦心安。”錢謙益不禁失聲。
錢謙益牢獄之災後，才真正讀懂了相伴自己八年。願與之同生共死的奇女子。讀懂了她身上所蘊藏的磊落和慷慨，而這股挺拔之氣，正是讓包括自己在內的許多昂藏丈夫所為之汗顏的血性。
於是，死裡逃生的他反而倒激發起了一腔血性。其後，他蕩盡家財以資助各方誌士的抗清事業，又謀劃以江南為基業北上進取的戰略計劃。甚至不惜冒著殺頭破家的危險。聯絡抗清義士四處調查江南清軍虛實，奔走於孫可望和鄭成功，張煌言之間。
但錢謙益作為一時文壇領袖，曾為天下所敬重，後來中道變節降清。自己也成為眾人諷刺嘲笑的物件。翻遍明季描寫錢的小說筆記，無一不是留下了一個貪生怕死的老人的可笑身影。但對其晚年的幡然悔悟，拼命以實際行動進行的彌補卻視而不見。
許多文人拼命抹黑錢謙益，實際上自己一生所為也不能無愧，只不過因為錢樹大招風，將錢的行為妖魔化，小丑化，無疑可以轉移大家的視線，借攻擊錢來掩飾自己的膽怯和卑汙，同時發洩內心的壓抑和自責。
而只有黃宗羲和呂留良等少數人給予了老錢以諒解，黃宗羲在錢謙益重病臥床後，還為其給某鹽臺連夜寫文三篇，得銀一千兩，方解決了老錢的喪葬費用。
“四海宗盟五十年，心期末後與誰傳。憑裀引燭燒殘話，囑筆完文抵債錢。紅豆俄飄迷月路，美人慾絕指箏弦。乎生知己誰人是？能不為公一泫然。”
黃宗羲的這首詩正是錢謙益內心的真實寫照，甘冒殺頭之險，奔波操勞，卻得不到認同，依然是謗言滿天，苦悶在心是肯定的。現在，岷藩以朝廷留守之尊，給予了諒解和鼓勵，算