檄》上，其中“衛道”（保衛孔教）意味太濃，“勤王”（為皇帝效力）之意淡然，使得滿清高層對這個湖南漢人充滿了疑忌。
說起曾國藩沒能及早當上督撫的事情，學者、專家們大多講這件事情：咸豐四年，湘軍攻佔武漢後，咸豐帝大喜：“不意曾國藩一書生，乃能建此奇功！”要任命他為署理湖北巡撫。結果，大學士祁寯藻說他壞話：“曾國藩以侍郎在籍，猶匹夫耳。匹夫居閭里，一呼，蹶起從之者萬餘人，恐非國家福也。”致使咸豐帝收回成命。此事詳細見於薛福成的《書宰相有學無識》，但他當時沒有點出說曾國藩壞話的是誰。范文瀾先生後來引用此史料，言之鑿鑿直說，認定講壞話的那個人是祁寯藻。其實，只要看《清實錄》，就會知道曾國藩上表奏告收復武漢時，祁中堂已經回家休養，最有可能說曾國藩壞話的是當時的軍機大臣、工部尚書彭蘊章。
否極泰來。正是和春的死和江南大營的二次潰敗，上天賜給了曾國藩一次絕佳的歷史機遇。和春自殺後，時任兩江總督的何桂清也兔子一樣狂逃不止，太平軍憑銳乘勝，連克丹陽、常州、無錫、蘇州、江陰、嘉定、青浦、松江等地，整個蘇南地區除上海以外，基本都為太平軍所佔領。如此大潰之下，江南地區急需一員德高望重的官員代替何桂清充任兩江總督，於是清廷想到了胡林翼（時任湖北巡撫）。幸虧時任協辦大學士的咸豐寵臣肅順有才略，他勸皇帝說：“湖北之事，全賴胡林翼，不可輕動。不如用曾國藩為江督，如此，長江上下游均有得力之人。”
四顧無人之下，咸豐帝只得放棄前嫌，下詔實授曾國藩為兩江總督。（咸豐十年四月十九日任命曾國藩為“署兩江總督加兵部尚書銜”。六月二十四日方實授他為“兩江總督”，又加“欽差大臣督辦江南軍務。”）所以，如果和春不死，何桂清不換，江南大營不潰，曾國藩只能撅著屁股在安徽搞“開拓”，湘軍與太平軍直面交鋒根本沒有機會，這樣一來，也就沒有日後湘軍的一支獨大。
軍政大權在手後，曾國藩雷厲風行，把辦事不力的非湘軍系的皖南督辦、浙江巡撫、江蘇巡撫、閩浙總督、江南團練大臣以及江北團練大臣皆加以參罷，最終使得“湘系”成為當時清朝最炙手可熱的政治、軍事力量。特別一提的是，北京城中的肅順，雖然此人身為滿洲貴族，日後慈禧把他殺掉後對此人又極力加以抹黑，但他絕對是個治國得人的幹才，曾國藩、胡林翼、左宗棠等日後叱吒風雲的漢人高官；均由他竭力上薦才能最終得以運用，而西太后這個陰險婦人也不因人廢言；後來她殺掉了肅順；對曾、左等漢人仍舊加以重用，才使滿清國脈又存續了數十年之久。
再轉回頭說太平軍動向。
江南大營的二次得破，太平軍上下情緒高昂。1860年5月15日，李秀成自統數萬大軍東征蘇常地區。僅僅用了一個多月時間，除上海彈丸之地外，蘇南所有地區盡為太平軍攻克。
蘇常不僅僅是賦稅大區，又為數省咽喉要地，至此，這一廣大地區每年近二百萬石的漕米供應，再也抵達不了清朝統治的北方地區。而太平軍方面，由於手中錢多糧多，可以大量從洋人手中購買新式武器，又可養大量新兵，所以，李秀成得以擴軍充眾，不斷壯大力量。
1861年底，李秀成率領二十多萬太平軍，第二次攻克杭州，清朝浙江巡撫王有齡、署布政使麟趾、按察使寧曾綸、提督饒廷選、總兵文瑞等數十大員，不是自殺就是被殺，布政使林福祥等人被活捉。
堅守內城（滿城）的杭州將軍瑞昌這次再無上次好運，太平軍利用人海戰術，踩著疊屍攻城，終於攻陷杭州內城，瑞昌等將領自殺，幾萬滿人兵眷皆被屠戮一空。
不過，李秀成敬重巡撫王有齡的為人，厚殮其屍，給船15只，白銀3000兩，釋放其親兵500人，讓他們船載王巡撫棺木回鄉安葬。
浙江廣大地區的喪失，對清廷又是一個重大的政治、經濟打擊，這意味著每年一百多萬石漕糧的斷絕和軍儲之資的進一步匱乏。先前兩個江南大營存在時，浙江每年可供七十多萬兩餉銀，所以，杭州等地一失，曾國藩大嘆其窮，悲叫“東南餉源日涸”。由於浙江與江西、安徽為鄰，杭州等地的喪失嚴重威脅到清朝在江西、皖南的統治。寧波被太平軍攻陷後，清廷更是緊張得要命，因為如此一來，太平軍即可入海，北攻北京，南攻廣州。
顯然，李秀成、陳玉成大展拳腳之時，正是曾國藩等人窩心憂嘆之日。
附：夏福禮的報告
原文載於《英國議會文書》