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“當今，在解釋孟德爾學說的過程中，一些事實很快被轉換成‘因子’。如果一個因子不能解釋事實，那就找來兩個因子；如果兩個仍然不夠，就造出三個因子來。為了解釋實驗結果，有時得乞靈於這種超級戲法。要是我們過分輕信，就會受到矇騙，覺得實驗結果得到了圓滿解釋；殊不知人們想出這些解釋，其目的只不過是為了解釋實驗結果。我們從事實倒退到‘因子’，然後叫一聲‘變’，又由這臆造出來的因子來解釋事實。……首先，認為配子中的遺傳因子是獨立存在的，這樣一種設想純粹是一種先成論的觀點。……遵從漸成論雖然費勁，但我相信它卻有一大優點：它為進一步實驗和再實驗敞開了大門。科學的發展常常是以這種方式進行的。……這兒有一個非常重要的問題：卵子不需要含有成體的‘性狀’，精子也不需要。卵子和精子都含有某種特殊的物質，在發育過程中將會以某種人們尚未認識的方法產生出成體的性狀。”
1904年至1910年間，摩爾根逐漸形成了他自己的用以解釋雜種行為的“交替顯性”理論。
“我認為，關於兩個相對性狀的條件，我們不妨設想為相對穩定性狀的結果……在同樣一個個體中，顯性性狀可能出現，隱性性狀也可能出現。例如，深褐色家鼠和黑色家鼠雜交會得出孟德爾式的結果，但我有一些家鼠後代軀體前面是黑色，後面是深褐色。又如，黑眼和粉紅眼是孟德爾相對性狀，然而我有三隻家鼠，它們的眼睛全都是一隻黑的。另一隻粉紅的。我推想，區域性的條作決定著這些雜合體有時表現出顯性性狀，有時表現出隱性性狀，而且我能拿出證據證明這樣的實驗結果不是單位性狀（基因）的分離。”
雖然孟德爾的理論對摩爾根正失去原有的魅力，但與此同時，突變論卻越來越使他感到滿意。1900年摩爾根到過歐洲，特別訪問了荷蘭的希爾弗瑟姆。植物學家雨果·德弗里斯就是在這個城市偶然發現了孟德爾的論文。他在1886年發現自己住宅近旁長著一些月見草。它們具有一個突出的特點：可以產生能純一傳代的新型別。德弗里斯稱之為“突變”。他後來從總共5
個植株中獲得了約800個突變體，分為7種型別。德弗里斯想：既然月見草能夠突然產生新型別，甚至新物種，這或許就是產生新物種的普遍方式的明顯例子。
德弗里斯把突變解釋為某種特殊物質單位的變異，到1915年，這種物質單位被認為是一種有機化學分子，至少摩爾根是這樣看的。他說，“很難拒不接受這個誘人的設想：基因之所以穩定不變是因為它代表著一個有機化學統一體。”
顯而易見，如果經常發生的大量的突變能夠自發產生新的種族或物種，那麼，生物界的多樣性就不需要其他理論來解釋了。但是，在那個時代，至少有三種理論在廣為傳播。最古老的理論是神創論，說一切物種都是上帝在公元前4004年用6天時間造出來的。這一理論當時已受到達爾文支持者的猛烈抨擊。
達爾文的進化論體現在他1859年發表的《物種起源》一書中。這本書第一版印刷1250冊，在出版的當天就被搶購一空。他在書中寫道：“我看到一切生物不是特別的創造物，而是遠在寒武系第一層尚未沉積下來以前就生活著的某些少數生物的直系後代……”
下面是《物種起源》中一段精彩的描述。
“思索一下一個樹木交錯的岸，在它上面有許多種類的無數植物覆蓋著，鳥類在灌木叢裡歌唱，各種不同的昆蟲飛來飛去，蚯蚓在潮溼的泥土裡爬過，並且默想一下這些構造精巧的型別，彼此是這樣地相異，並以這樣複雜的方式彼此相互依存，而它們都是由於在我們周圍發生作用的法則產生出來的，這樣的思索和默想是很有趣的。這些法則，就最廣泛的意義來說，就是伴隨著‘生殖’的‘生長’；幾乎包含在生殖以內的‘遺傳’；由於生活條件之間接的和直接的作用以及由於使用和不使用的”變異性‘：足以導致’生存鬥爭‘、因而導致’自然選擇‘、並且引起’性狀分歧‘和較少改進的型別’絕滅‘的那樣程度的高度增加率。這樣，從自然的戰爭裡，從饑荒和死亡裡，我們能夠體會到的最可讚美的物件，即高階動物的產生，便直接隨之而至。認為生物及其若干能力原來是由’造物主‘吹入到少數型別或一個型別中去的，並且認為在這個行星按照引力的既定法則繼續執行的時候，最美麗的和最奇異的無限型別從如此簡單的開始，過