去曾經發生了而且現今還在發生著，這種觀點是極其壯麗的。“
達爾文發現生物界的進化，是在1831年至1836年他隨“比格爾”號輪船環遊世界的五年中發生的。這次航行使他收集到大量植物、動物和化石標本。不過，認識到進化這種現象是一回事，要解釋進化如何發生卻完全是另一回事。只是在讀了托馬斯·馬爾薩斯的《人口論》之後，達爾文才得到了部分的解釋。他說：“這是馬爾薩斯的學說，以數倍的力量在整個的動物界和植物界的應用；因為在這種情形下，既不能人為地來增加食物，也沒有謹慎的方法以限制婚姻。”一旦產生的後代在數量上超過了限度，唯有最能適應環境的個體才能在這場不可避免的爭奪食物的鬥爭中生存下去。
不過，達爾文又遇到了另一個難題：他知道，長頸鹿由於頸較長而能獲得更多的食物，所以也更適於生存，但他弄不明白，生下的小長頸鹿何以有比父母更長的脖頸，有了更長的脖頸又如何能在種族中代代相傳。達爾文是相信融合遺傳的，但融合遺傳的結果，後代表現的性狀理應在雙親之間。那麼，這種動物的頸怎會越變越長呢？
為了回答這一問題，達爾文無可奈何地接受了第三種理論的部分觀點，即拉馬克的“獲得性遺傳說”。1809年，讓·巴蒂斯特·拉馬克就提出，父母后天形成的具體技能、習慣和驅體結構可以傳遞給子女。雖然達爾文說，“老天爺不容我相信拉馬克的‘進步的趨勢’、‘動物的慢性意志產生適應’等等邪說異端！”但他事實上已經接受了拉馬克的意見。他的日記裡曾有記載，一位叫弗萊明·詹金的工程師指出，從數學理論上看，融合遺傳與自然選擇的緩慢程序是水上不相容的，因為，按融合遺傳的理論，每經過一個世代，遺傳的差異就減掉一半。達爾文沒有其它辦法解釋長頸鹿為何長頸，只好認定長頸鹿把脖頸伸長了，並將這一特點傳給了後代。
以上這些就是當時世界上到處都在辯論的問題。在霍普金斯大學、布林莫爾學院、哥倫比亞大學和伍茲霍爾，摩爾根都是進化論的擁護者。一天，吃過晚飯後，在一個夏季實驗室裡，摩爾根從前的老師布魯克斯就遺傳問題議論開了。威爾遜提高嗓門說：“布魯克斯，我弄不清你講這些理論的邏輯關係。”
布魯克斯霍地站了起來，把嚼爛了的菸草沫，噴到走廊的欄杆上。他回敬道：“威爾遜，我料你也弄不清，你要想出個名堂，夠你費好久的腦筋呢！‘
不過，據摩爾根和威爾遜看來，布魯克斯的思想近乎浪漫，這可不是解決進化論問題的辦法。解決有關進化論的問題，必須透過實驗，這是摩爾根決定採用的方法。他信奉赫胥黎、洛布和歐洲經驗主義理論家的機械主義哲學。1903年，朱爾斯·龐加萊對機械主義作過有力的闡述，他說：“實驗是真理的唯一泉源，只有實驗能使我們學得新的東西，只有實驗才能使我們深信不疑。”
摩爾根認定可以透過實驗研究卵如何發育成生物成體。同時他又認為，為了駁倒拉馬克的獲得性遺傳說和達爾文的目然選擇說（不久後他又在思考如何否定孟德爾的學說了），也必須透過實驗進行研究。他寫了五本關於進化的書，在第一本書《進化與適應》裡，他對自己在這一時期的哲學觀點有過細緻但略嫌紊亂的表述。這本書發表於1903年，扉頁上寫著“獻給威廉·基思·布魯克斯教授，以表敬佩之忱。”摩爾根寫的書只有三本是題獻給別人的，另外兩本，一本獻給他母親，一本獻給威爾遜。在《進化與適應》的第463頁上，他提到了布魯克斯，稍微帶點否定的意思。在這本總共470頁的著作中，大部分表現出他對布魯克斯最津津樂道的達爾文進化論的厭惡。
《進化與適應》一書主要是評述達爾文進化論所舉的例證，不過，其中也討論了拉馬克、德弗里斯和孟德爾的理論。該書的結論是：達爾文和拉馬克是錯誤的，德弗里斯和孟德爾是正確的。例如，摩爾根不同意達爾文所講的生存競爭。他說：“當食物消耗殆盡時，還有幾百萬細菌生存著，於是它們一道進入保護性的休眠狀態。”剛剛拜訪了德弗里斯回來，他就宣稱：“我認為，我們開始從新的角度來觀察進化過程的時候已經到來。大自然創造新物種是突發性的。在這些新物種中，有一些能夠找到它們得以繼續生存的地方······有些新型別可能很適應某些地域，就在那裡興旺發達起來；有些只能勉強存活下去，因為它們找不到最適合它們的地方，又不能充分適應目前的生活條件；還有一些根本找不到可以發育的地方，甚至沒法開始發育。從這個觀點看問題，進化