的過程會顯得溫和些，不像我們想象的只有消滅了一切對手才能成為成功者。進化過程似乎並不是一定要消滅大量生物，因為不大適應的生物連開始發育也還未能做到。進化並不是一場誰都以消滅一切異己為己任的大混戰，而主要表現為創造出新型別來填補自然界中空著的空間或生物密度不大的空間。”
在以後三十年左右時間內，摩爾根漸漸接受了進化論和自然選擇，但他數學基礎差仍然是個問題，他一生中雖然最終也承認了霍爾丹、費希爾、賴特等人在數學方面的貢獻，但他仍然堅持對進化論的研究必須用實驗方法。
另一個問題是，他像大多數人一樣、覺得很難承認小小的偶然事件可以造成巨大的發展，尤其是當他不能看見發展的各個階段的時候。他之所以轉變了看法，部分原因是受了他在哥倫比亞大學的學生們（不久後成了他的同事們）的影響。他們不斷地為達爾文辯護。拿H·J·馬勒的話來說，“達爾文的自然選擇理論無疑是各個時代中最革命的理論。”“達爾文對生物進化的各種證據所作的精彩歸納……至今仍是人類思想史上無人超越的智慧的豐碑。”摩爾根從來就是更信服具體的證據，而不折服於什麼智慧的豐碑。因此，對於他，這一問題很可能是到1922年6月22日參觀牛津大學時才解決的。朱利安·赫胥黎安排動物學系拿出幾種昆蟲的有代表性的表示適應色的標本，其中包括波爾頓收集的那套漂亮的關於昆蟲擬態的蝴蝶標本。這些標本除自然選擇外別無其它解釋。赫胥黎這樣敘述摩爾根的反應：“我回去請他吃午飯時，拉也拉不動他。‘真想不到！我原來的確不知道世界上還有這種現象！’”幾年以後，赫胥黎對美國哲學會這樣回憶了當時的情景，他總結說：我榮幸地認為，就是在這個時刻，他轉變了，相信生物的適應性變化，相信自然選擇的結果形成生物的適應性。“
摩爾根寫的關於進化論的書一本不同一本，這表示他雖不心甘情願，但畢竟逐漸按達爾文的思想方法接受了進化論。不過，即使在他就進化問題寫的最後一本著作中，他雖然承認了達爾文進化論的主要論點（但不像有些博物學家那樣急於應用））但仍然有許多保留。他寫道：
自然選擇理論似乎認為，透過在群體中選擇性狀更趨特別的個體，下一代就會朝著這一方向前進。現在大家已經知道，這種看法是站不住腳的。無論是引起一部分初始變異的遺傳因子，還是環境因子，它們都不能推動這種進步。沒有這種基本條件，則自然選擇是無力產生進化的。反之，如果產生了變異（這是由於遺傳因子超越了原來的界限，即發生了突變），那麼，這些變異就為自然選擇提供了向前演化的物質基礎。這並不意味著自然選擇本身是出現新型別的原因，這些新型別中
有的具有生存的價值，只是由於消滅了不太適應的型別而給適應的型別留出了生存空間。假如歷史上出現過的一切新的突變型別都生存下來並留下後代，那麼，我們今天就會看到地球上生活著現今實際存在的一切種類的動、植物和無數其他型別。這樣考慮問題，我們就不難看出，即使沒有自然選擇，進化同樣可以發生。（載《進化之科學原理》，第130…131頁）對於摩爾根之皈依進化論，至少赫胥黎是感到滿意的。他十分高興地把自己1942年出版的《進化：現代合成》獻給了“T·H·摩爾根——對生物學的發展有多方面貢獻的科學家”。
摩爾根既是遺傳學家，又是胚胎學家。對此，他在20世紀最初幾年就有清楚的認識。後來，他在《進化之科學原理》一書中重申，要證明生物進化，必須透過胚胎學而不是古生物學研究。摩爾根的成就，以作為一個胚胎學家開始，也以一名胚胎學家結束——至少這是他自己的見解。離開了布林莫爾學院，來到哥倫比亞大學，他繼續胚胎學問題的實驗。這一段工作，有很多總結在1907年出版的《實驗動物學》一書中。其基本內容是：
他報道了透過加氨、加前列腺液，加鹽刺激海星精子的實驗；他報道了海膽種間雜交的實驗結果，證明雜種的存活受季節和水溫的影響。他一如既往，熱衷於證明漸成說，所以儘量貶低人們認為的細胞核及其染色體的主導作用。他說：“大多數胚胎學家似乎傾向於把什麼效果完全歸因於細胞核，相信細胞核控制著原生質內的一切變化。我本人則相反，我傾向於認為，‘這種影響的根源在於細胞核’之類的見解還不是定論，這種影響也可能來源於和精子結合在一起與卵細胞結合的原生質。”他引證德里施的研究結果：胚胎的卵裂及其速度以及胚胎的早期發育都表現出卵子的特徵，