補道林朝棟、內閣中書教諭陳儒林等人，再次到臺北籌防局###討論，決定臺民自主抗日。會議決定成立“臺灣民主國”，推舉唐景崧為總統，丘逢甲為副總統兼任臺灣義軍統領，劉永福為民主國大將軍，另設“議長”、“內務大臣”、“軍務大臣”等。會後，臺灣紳民緊急鑄造了國璽金印一顆，上書：“民主國之寶印”。同時，又仿造大清的青龍旗製作了長方形的“藍地黃虎”旗，旗幟圖案“虎首內向，尾高首下”，以表示臣服於故國。
在準備妥當後，五月二十五日上午，在丘逢甲的帶領下，臺北紳民數千人敲鑼打鼓，擁至巡撫衙門，丘逢甲等人捧著民主總統金印和國旗，唐景崧則身穿朝服走出撫衙，望闕九叩首後，北面接過金印和國旗，受任臺灣民主國總統，隨後大哭而入；緊接著，改年號為“永清”，意思為“永遠隸於大清”之意。
從年號“永清”可以看出，當時成立的臺灣民主國和領導者依舊認同臺灣和祖國大陸的血脈聯絡，改省為國，只是為了抵抗日本侵略的自保手段，是特殊歷史時期下的產物，現在一些人別有用心的認為臺灣民主國是###之開始，完全是對歷史的誤解和歪曲。
當天，唐景崧即致電清政府和各省官員，正式宣告臺灣民主國成立，電文說：“臺民前望轉機，未敢妄動，今已絕望，公議自立為民主之國。……遵奉正朔，遙作屏藩。”
隨之，唐景崧又釋出告示曉諭全臺：“臺灣疆土，荷大清經營締造二百餘年，今須自立為國，感念列聖舊恩，仍應恭奉正朔，遙作屏藩，氣脈相通，無異中土。民間如有假冒名號，聚眾鬧事，藉端仇殺者。照匪類論罪！”
與此同時，還對各國發布了對外宣言：“今（臺灣）已無天可籲，無人肯援，臺民惟有自主，推擁賢者，權攝臺改。事平之後，當再請命中朝，作何辦理。……臺灣土地政令，非他人所能干預。設以干戈從事，臺民惟集萬眾御之，願人人戰死而失臺，決不願拱手而讓臺。……因此槌胸泣血，萬眾一心，誓同死守。”
時人寫詩記敘當時的場面說：“玉人鐫印綬，戎僕制旗常。擁迎動郊野，宣耀照城閶。覆舟得援溺，黔首喜欲狂。”民主國的成立，對臺灣救亡運動起到了一定的領導作用。
當時鎮守臺南的幫辦軍務劉永福也釋出公告說：“倭寇要盟，全臺竟割，此誠亙古變異，為人所不忍聞見，何怪我臺民髮指眥裂，誓與土地共存亡，抗不奉詔，而為自立之國。本幫辦以為，誓師慷慨，定能上感天神，慘淡經營，何難徐銷倭焰。為此示仰軍民人等，須知同心戮力，自可轉危為安。”
臺灣抗日救亡政權的成立，引起了全國上下強烈的反響。當時的上海報紙如《申報》等，就連續刊登臺灣的訊息並加以評論，支援臺灣民眾的救亡行動。
由於當時有部分臺灣官員內渡，新成立的臺灣救亡政權緊急任命新的官員以補內渡官員之缺。當時即把原布政使司改為內務衙門，由刑部主事俞明震來主持，對外則稱內務大臣；籌防局則改為外務衙門，以前駐法參贊副將陳季同主之，對外稱外務大臣；改全臺營務處為軍務衙門，以禮部主事李秉瑞主之，對外稱軍務大臣。其餘地方民事，仍由道、府、廳、縣照舊辦理。由此，防止了當時臺灣因官員內渡和日本大軍壓境而引發的混亂。（戚其章：《甲午戰爭史》）
再說軍事這塊。繼劉銘傳之後，邵友濂接任為第二任臺灣巡撫。由於當時中日局勢緊張，海疆戒嚴，清廷命福建水師提督楊岐珍和廣東南澳鎮總兵劉永福，率其所部前往防守臺灣。劉永福接令後，立刻在廣東增募士兵，開往臺灣。
此前，唐景崧由於在中法戰爭中隻身入越南招撫劉永福的黑旗軍而立下大功，戰後唐景崧被授臺灣道，不久後又被提拔為藩司。當時中日已經爆發戰爭，由於清軍連戰連敗，臺灣巡撫邵友濂預料日本可能會對臺灣不利，但他本人是書生出身，不懂軍事，所幸其有自知之明，後上奏朝廷請求內調。朝廷後來認為唐景崧懂軍事，便任命他為臺灣巡撫，而調邵友濂回大陸任湖南巡撫。
但是，唐景崧這個人其實也是白面書生，要命的是，此人器量狹小，缺乏威勢，不善於撫眾，部下常對之陽奉陰違。譬如和劉永福關係，本來唐景崧和劉永福曾經在越南共事，當時兩人又都在臺灣盡力，但唐景崧總認為劉永福有異志，對之不能信任，後來劉永福提及此事時，常常涕淚橫流，深以為憾。劉永福認為臺北戰略地位重要，提出駐守臺北，但唐景崧卻把劉永福所部調往臺南。
另外，當時還發生過一次“李文奎之變”。李文奎本