在生產過程中，應該被殺死的病毒可能沒有被殺死，從而帶來感染的危險，這種案例也曾經發生過。
最後，某些疫苗對某些人群存在嚴重的毒副作用，這也需要一個認識過程。
人類在認識和改造自然的過程中，認識水平存在一個由低到高的過程。生物技術是新興技術，許多問題還處在認識深化的過程中。比如：藥物的毒副作用，需要足夠大的試驗樣本才能充分暴露；進食轉基因食品對人類的長期影響，需要長期（兩代人以上）觀察才能得到可靠的結論（袁隆平院士語）；在脊髓灰質炎疫苗中存在的SV40病毒，就是在已經被大量使用以後才被發現的。這類風險，可能對人們帶來傷害。這樣的風險和傷害是無法絕對避免的，也是人類認識自然、改造自然的必要代價。但是，這樣的風險應該設法控制，對新興技術，先小範圍試點，確認安全或掌握了風險控制手段以後再做推廣就是一種相對穩妥的做法。
第二重風險，是偶然的事故性的風險。比如，醫學研究機構儲存的病毒，由於自然災害（水災、地震等）的破壞而被釋放，造成人員感染。這種風險，同樣不能絕對避免，所以需要採取格外的安全措施。一個耐人尋味的例子是，20世紀60年代，針對美國化學武器運輸危險性問題的國會聽證會上，國防部的官員們否認了可能出現火車碰撞、鐵路道口事故或破壞的可能性。就在做出這種否認後不久，一輛載有催淚彈和彈藥的火車在內華達州發生了爆炸。（珍妮·吉耶曼著，周子平譯：《生物武器——從國家贊助的研製計劃到當代生物恐怖活動》，生活·讀書·新知三聯書店，2009年7月第1版。）
第三重風險，是生物技術被人為地用做武器來使用。這類風險就是有人惡意使用技術成果，比如，故意把致病病毒擴散到人類社會。比較典型的有生化戰爭和生化恐怖主義。生物武器的威力此處不贅述，但若干國家在這方面投入巨大資源進行研究則是不爭的事實。美伊戰爭時人們最擔心的恐怖襲擊是生物武器炭疽菌，而伊拉克正是從美國購買這種病菌的。
此外，現代生物技術的研究邏輯（先創造然後再實驗研究）導致自然、人體和社會成為生物技術風險的試驗場。這在本質上應該屬於第一重風險，如果技術領先者蓄意在技術落後人群中進行這樣的試驗，則具有第三重風險的性質，即惡意使用。
由於人類社會的複雜性，上述風險難以絕對區分。比如，國家敵對條件下，技術先進一方對技術落後一方，可以把第三類風險偽裝成第二類或者第一類風險。
麥克納馬拉告訴我們，降低人口的途徑是降低出生率或提高死亡率。比爾·蓋茨所熱衷的新型疫苗，是用來提高第三世界人口的死亡率，還是用來降低第三世界人口的出生率呢？
根據我們的常識，疫苗是用來降低傳染病發生率從而降低死亡率的。但是，我們的常識可能是不正確的，至少是不全面的。事實上，作為技術手段，疫苗既可以用來降低生育率，也可以用來提高死亡率（本書後面還會提到），這不是理論和假設，而是已經發生過的事實——只是這種事實被主流媒體所刻意淡化而沒有廣為人知。
你所不知道的疫苗故事（1）
1976年豬流感疫苗事件
1976年1月，迪克斯堡（美國陸軍在新澤西的一個訓練中心）一個新兵戴維·劉易斯患豬流感不治身亡。
1976年３月13日，疾病控制中心（CDC）主任戴維·森瑟爾向國會提交報告，申請撥款，以研製足夠多的疫苗來為至少８０％的美國人接種，以防豬流感擴散。
1976年3月24日晚，福特總統舉行全國記者招待會宣佈：“本人請求國會在4月休會前，撥出億美元，供生產足夠的疫苗使用，以便使美國的每一個男人、女人和兒童都能接種。”
1976年8月2日，數名老兵由於突患嚴重的呼吸道疾病而病倒，他們患病前曾於7月21日~24日在費城參加美國軍團大會。最後，患病人數達到182例，29人死亡，其中約82％是美國軍團成員。“軍團症”使得人們對豬流感的恐懼猛然升級。
1976年10月1日，美國國家流感免疫計劃正式開始執行。到1976年10月11日，約4000萬美國人（約佔總人口的24％）注射了新研製出來的流感疫苗。福特總統接受流感接種的照片出現在很多大報的頭版（2009年甲流肆虐時，奧巴馬接種疫苗的照片也在各大媒體中與讀者見面）。
但1976年10月11日晚，匹茲