來的海軍密碼專家們經過討論得出了一個“絕不可能”的結論，理由是：首先，日本海軍密碼的強度非常高；其次，這次傳送山本五十六出行時間表所用密碼等級是日本海軍密碼五等級中僅次於最高階的次高階；再次，當時使用的密碼剛剛更換過。總之，密碼被破譯是不可能的。
當時的海軍省次官澤本賴雄中將在戰後的回憶中說：“官僚集團保身的原則就是‘害怕負責任’”，這樣如果要官僚們自己去認真地尋找原因，恐怕太困難了點。
那麼怎麼向人們解釋這件事呢？
好辦，那只是一次偶然事故，山本長官的座機很偶然地在某地點遇上了一群正好路過這一地點的美軍飛機，只是長官運氣不太好罷了。
仔細看看軍令部找來的那些專家的意見就會發現他們的結論很沒有邏輯，他們的論據和結論是沒有關係的，但這不是問題，結論的可信與否僅僅取決於自己是否能夠接受這個結論，用日語來說就是是否能夠“納得”。日本文化的這個不講邏輯，只講感情的特徵現在也能經常看得到，最能說明問題的就是，小泉純一郎首相為美軍在伊拉克找不到“大規模殺人武器”而如此辯解：“薩達姆也還沒找到，是不是薩達姆也不存在？”
其實在中途島之後，就有人懷疑密碼是否已經失效，但最後也是不了了之，那次是因為可能失密的原因實在多得數不勝數，在日本人看來只要美國人留點心，不知道日本人要去進攻中途島是不可能的。整個來說，可能是歷史的原因，日本沒有幾次對外作戰，甲午戰爭以來的戰爭都是以日本的勝利而告結束，日本人沒有吃過因為失密而導致戰爭失利的虧，因此，日本的保密觀點也差點，尤其是海軍。那些海軍軍官三杯黃湯下肚，什麼知心話都往外掏，中途島作戰前夕，吳軍港所有居酒屋的媽媽桑們沒有不知道聯合艦隊要去一個什麼叫“中途島”的地方的。好像是怕事情還不夠熱鬧，中途島攻略部隊還用平文發出過一封“某月某日以後請將郵件轉到中途島”的電報。
所以日本人完全沒有意識到自己使用的外交和海軍密碼已經失效，僅僅是東條英機手下的憲兵和特高警察更加努力地工作，以防止“失密”。
現在讓日本海軍最頭疼的不是怎麼會有山本五十六的這個“事故”，而是怎麼處理這個“事故”。
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日暮途窮：賠了戰艦又損兵
事件：“玉碎”戰法（1943年）——馬里亞納海戰（1944年）——萊特灣海戰（1944年）
人物：古賀峰一、黑島龜人、福留繁、豐田副武、南雲忠一、小澤治三郎、大西瀧治郎、西村祥治、慄田健男、志摩清英
新長官的作戰方法是“玉碎”（1）
謀殺山本五十六是不是符合西洋文化中最講究的“FAIR PLAY”的精神是另外一回事，在作戰上取得了極大的成功卻是不爭的事實。據說在尼米茨下不了殺死山本五十六決心的時候，有部下參謀進言說：“日本海軍失去了山本將軍就像美國海軍失去了將軍您一樣”，這樣尼米茨才下定了決心。這句話完全可以理解為很不失時機的馬屁，不必當真。但實際上山本五十六對於日本海軍比尼米茨對於美國海軍要重要的多。
這種重要性並不意味著山本五十六是一個偉大的統帥，實際上像已經進行了一年半左右的戰爭所證明了的，甚至可以說山本是一個有點無能無策，而又沒有自覺到這一點的統帥。問題不在這裡，問題在於日本軍部，特別是海軍，已經把山本五十六打造成了一尊偶像，一尊全日本國民的主心骨，起碼大部分海軍中下層軍官和絕大部分士兵、老百姓都很認真地相信：日本肯定能勝利。因為他們有山本五十六大將，山本大將肯定會像東鄉元帥帶領他們贏得日俄戰爭一樣贏得這場戰爭。
本來應負戰爭指導責任的軍令部在被指導物件的聯合艦隊面前抬不起頭來，這已經是大家都知道的事實了。至於具體到下層士兵呢？對於一介士兵來說，本來“長官”這個字是個泛指，所有的上官都是他的長官，就算是專指的話，他所屬的艦隊老大的官銜也是“ × × 艦隊司令長官”，可是在海軍下層，“我們的長官”就是專指山本五十六聯合艦隊司令長官，每個士兵都是一半崇敬，一半自豪地在議論，“我們的長官”又在怎麼怎麼了。
現在，“我們的長官”不在了，這是一個多麼大的精神打擊？
日本海軍，日本人，日本國，能受得了這麼大的精神打擊？
受不了，而且山本被擊落