在他看來，袁崇煥雖然不是武將出身（進士），也沒怎麼打過仗，但這是一個具備卓越軍事天賦的人，能夠在複雜形勢下，作出正確的判斷。
更重要的是，他有著戰死沙場的決心。
因為戰場之上，求生者死，求死者生。
在之後的時間裡，他著力培養袁崇煥，巡察帶著他，練兵帶著他，甚至機密決策也都讓他參與。
當然，孫老師除了給袁同學開小灶外，還讓他當了班幹部。從寧前兵備副使、寧前道，再到人事部（吏部）的高階預備幹部（巡撫），只用了三年。
袁崇煥用實際行動證明，他是個不折不扣的優等生。三年裡，他圓滿完成了自己的工作，並熟練掌握了孫承宗傳授的所有技巧、戰術與戰略。
在這幾年中，袁崇煥除學習外，主要的工作是修建寧遠城，加強防禦，然而有一天，他突然意識到了一個問題：
後金軍以騎兵為主，擅長奔襲，行動迅猛，搶了就能跑，而明軍以步兵為主，騎兵質量又不行，打到後來，只能堅守城池，基本上是敵進我退，敵退我不追，這麼下去，到哪兒才是個頭？
是的，防守是不夠的，僅憑城池、步兵堅守，是遠遠不夠的。
徹底戰勝敵人強大騎兵唯一方式，就是建立一支同樣強大的騎兵。
所以，在孫老師的幫助下，他開始召集難民，仔細挑選，進行嚴格訓練，只有最勇猛精銳，最苦大仇深計程車兵，才有參加這支軍隊的權力。
同時，他飼養優良馬匹，大量製造明朝最先進的火器三眼神銃，配發到每個人的手中，並反覆操練騎兵戰法，衝刺砍殺，一絲不苟。
因為他所需要的，是這樣一支軍隊：無論面臨絕境，或是深陷重圍，這支軍隊都能夠戰鬥到最後一刻，絕不投降。
他成功了。
他最終訓練出了一支這樣的軍隊，一支努爾哈赤、皇太極父子終其一生，直至明朝滅亡，也未能徹底戰勝的軍隊。
在歷史上，這支軍隊的名字，叫做關寧鐵騎。
袁崇煥的成長，遠遠超出了孫承宗的預料，無論是練兵、防守、戰術，都已無懈可擊。雖然此時，他還只是個無名小卒。
對這個學生，孫老師十分滿意。
但他終究還是發現了袁崇煥的一個缺點，一個看似無足輕重的缺點，從一件看似無足輕重的小事上。
天啟三年（1623），遼東巡撫閻鳴泰接到舉報，說副總兵杜應魁冒領軍餉。
要換在平時，這也不算是個事，但孫老師剛剛整頓過，有人竟然敢頂風作案，必須要嚴查。
於是他派出袁崇煥前去核實此事。
袁崇煥很負責任，到地方後不眠不休，開始查賬清人數，一算下來，沒錯，杜總兵確實貪汙了，叫來談話，杜總兵也認了。
按規定，袁特派員的職責到此結束，就該回去報告情況了。
可是袁大人似乎太過積極，談話剛剛結束，他竟然連個招呼都不打，當場就把杜總兵給砍了，被砍的時候，杜總兵還在做痛哭流涕懺悔狀。
事發太過突然，在場的人都傻了，等大家回過味來，杜總兵某些部下已經操傢伙，準備奔著袁大人去了。
畢竟是朝廷命官，你又不是直屬長官，啥命令沒有，到地方就把人給砍了，算是怎麼回事？
好在杜總兵只是副總兵，一把手還在，好說歹說，才把群眾情緒安撫下去，袁特派員這才安然返回。
返回之後的第一個待遇，是孫承宗的一頓臭罵：
“殺人之前，竟然不請示！殺人之後，竟然不通報！士兵差點譁變，你也不報告！到現在為止，我還不知道，你到底殺了什麼人！以何理由要殺他！”
“據說你殺人的時候，只說是奉了上級的命令，如果你憑上級的命令就可以殺人，那還要尚方寶劍（皇帝特批孫承宗一柄）幹什麼？！”
袁崇煥沒有吱聲。
就事情本身而言，並不大，卻相當惡劣，既不是直系領導，又沒有尚方寶劍，竟敢擅自殺人，實在太過囂張。
但此刻人才難得，為了這麼個事，把袁崇煥給辦了，似乎也不現實，於是孫承宗把這件事壓了下去，他希望袁崇煥能從中吸取教訓：意氣用事，胡亂殺人，是絕對錯誤的。
事後證明，袁崇煥確實吸取了教訓，當然，他的認識和孫老師的有所不同：
不是領導，沒有尚方寶劍，擅自殺人，是不對的，那麼是領導，有了尚方寶劍，再擅