在眉睫，遂不顧黨內一些人的反對，毅然發動“二次革命”，武力討袁。
李烈鈞（1882…1946），堅決擁護孫中山的主張。在被撤職前，他已秘密籌款，聯絡粵、皖各省，準備抵抗。離江西到上海後，他協助孫中山制定了討袁的軍事計劃。7月8日，奉孫中山之命潛抵湖口。當12日北洋軍兵臨九江城下，“黑雲壓城城欲摧”的時刻，他以江西討袁軍總司令的名義首先舉起義旗，釋出討袁檄文，痛斥“袁世凱乘時竊柄，帝制自為，滅絕人道，暗殺元勳，弁髦約法，擅借鉅款……近復盛暑興師，蹂躪贛省，以兵威劫天下”。最後向人民呼籲：“宜急起自衛，與天下共擊之。”黃興在一度猶豫之後，也決然投入討袁戰爭。7月14日他到達南京，召集一、八兩師軍官，於次日強迫程德全宣佈江蘇獨立，並和柏文蔚等人一起推舉岑春煊為討袁軍大元帥，企圖透過岑擴大影響。17日，安徽宣佈討袁，十天後柏文蔚抵安慶就任討袁軍總司令。18日，陳炯明在廣東宣佈討袁。同日，陳其美率領上海討袁軍開始攻擊製造局。居正佔領吳淞口炮臺。接著，許崇智迫使福建都督孫道仁宣佈討袁，湖南都督譚延在蔣翊武等人的壓迫下通電獨立。川軍第五師師長熊克武在重慶舉兵討袁；接著，張百祥在綿陽、王天傑在榮縣先後響應。大江南北一時燃起討袁的熊熊戰火，形成相當大的聲勢，這對袁世凱的反動統治是一次巨大的衝擊。
從7月中旬起，袁世凱接連發出一道道文告、討伐令、通緝令，誣衊討袁派為“亂黨”、“暴民”，妄加“破壞民國，塗炭生靈”的罪名。他還故意把正義的抵抗說成是歷史上“削藩召亂、移鎮生變”的重演。好像討袁派是分裂國家的罪魁禍首，只有他才是維護民族統一的“愛國者”和拯救人民的“救星”。在7月22日釋出的命令中，他這樣寫道：“本大總統昔以仁柔姑息，延茲厲階；今當以勇猛精勤，贖彼前慝。叛黨欲破壞民國，惟本大總統責當保之，叛黨欲塗炭生靈，惟本大總統責當拯之。垂涕伐罪，指心質天。紀綱所繫，威信所關。雖懷痛悼，其安而已……本大總統老矣，六十老翁，復何所求？顧斷不忍五千年神明古國顛覆自我！但使一息尚存，亦不許謀覆國家之兇徒以自恣。冀與邦人諸友，含辛茹苦，冒險犯難，奠此國基，他日作共和幸民，扶杖山谷，以觀治化，庶遂初志。”＇6＇
與此同時，袁世凱任命段芝貴為江西宣撫使兼第一軍軍長，督率二、六兩師攻擊湖口和南昌。任命馮國璋為江淮宣撫使兼第二軍軍長，督率四、五兩師中楊善德、施從濱兩旅以及雷震春、倪嗣沖各部，沿津浦路南下，攻佔徐州、蚌埠後，分兵掠安慶、浦口。任命張勳為江北鎮撫使，率辮子兵由兗州沿運河南犯，經清江南逼揚州，而後會合馮國璋軍圍攻南京。又派海軍總長劉冠雄率領海軍艦隊南下，攻擊吳淞口，海軍次長湯薌銘率領長江艦隊攻擊湖口、九江等地。
袁世凱自始至終親自指揮北洋軍作戰，不僅為軍隊規定了進攻路線和攻擊目標，還直接唆使北洋軍進行野蠻屠殺。他下令對起義者斬盡殺絕，“使無噍類”，“凡遇有自稱取消獨立之軍隊，必勒令繳械，給資遣散，誅其渠魁。倘藉口取消，持械觀望，仍以叛軍論，勿稍姑息為要。”＇7＇當時，獨立各省的軍隊還沒來得及集中，六萬餘北洋軍所面對的僅是江西、江蘇、安徽三省境內的四萬餘討袁軍，而這三省的軍隊又是分散的，沒有統一的指揮。雙方軍事力量的對比，袁世凱顯然佔了上風，而且他又有英帝國主義的支援，以及鄂、滇、黔、桂各省都督的輸誠。如：黎元洪派兵威脅湖南。雲南都督蔡鍔派遣軍隊入四川，壓迫熊克武。陸榮廷不僅鎮壓了廣西境內響應討袁的柳州起義，而且支援龍濟光攻擊廣東。所以，袁氏自信在即將開始的決戰中，會迅速擊敗對方，把局面扭轉過來的。當血腥的殺氣漫長江兩岸時，他和妻妾乘畫船在總統府南海上逍遙取樂，飲酒賦詩。每日必至瀛臺一帶漫步，“凡點綴風景之處，均親自佈置”。故意示人以閒情逸致。
各省討袁軍倉促應戰，號令不齊，行動極不協調。更為重要的是，他們無視廣大群眾的力量，沒有一個足以激發群眾積極投入討袁的政策。因此，在北洋虎狼軍優勢兵力的壓迫下，很快陷入混亂。一些領導人首先動搖，“貿然一走，三軍無主”，使軍隊失去了有效抵抗的能力。少數滿懷革命激情的軍官和士兵，在失去領導的情況下，浴血奮戰，南京天保城五失五得，不少地方出現“孤城落日鬥兵稀”的悲壯搏鬥場面。然而，少數反袁勇士的英雄行為，終究不能改變歷史性的悲劇。
如袁世凱所意料，北洋