軍節節取勝。7月25日，第六師馬繼曾旅和湯薌銘所率領的艦隊聯合攻陷湖口，袁世凱發犒賞銀十萬元。張勳懷著對辛亥革命時被打敗的報復心理，傾其精銳南下，連陷徐州、清江，8月1日抵江北重鎮揚州。同日，馮國璋陷蚌埠。7日，安徽第一師師長鬍萬泰被袁世凱收買，宣佈取消安徽獨立，呈上降表。11日，劉冠雄攻佔吳淞口炮臺。被袁世凱收買的龍濟光所部粵軍由梧州順江東下，同一天進入廣州。18日李純陷南昌。倪嗣沖於28日兵不血刃地進入安慶。9月1日張勳、馮國璋攻陷南京。張勳入城後，縱兵燒殺搶掠三日。福建和湖南兩省都督見勢不妙，先後自行宣佈取消獨立。9月14日熊克武在重慶也遭到失敗，討袁軍失去了最後一個據點。
僅僅兩個月，南方各省反袁的力量全部瓦解，孫中山、黃興、李烈鈞、陳其美等被迫逃亡國外；蔣翊武、王天傑等被捕，慘遭殺害。資產階級民主派遭到了一次災難性的打擊，辛亥革命所取得的一切成果都化為烏有。
袁世凱趾高氣揚，大奏凱歌。他高興地介紹自己的家庭女教師周砥給“凱旋”歸來的心腹大將馮國璋作夫人。他任命倪嗣沖為安徽都督，鄭汝成為上海鎮守使，李純為江西都督，龍濟光為廣東都督兼民政長，張勳為江蘇都督。後來又調張勳為長江巡閱使（駐徐州），而以馮國璋繼任江蘇都督。袁世凱對腆顏降服的譚延和孫道仁都放心不下，派湯薌銘接任湖南都督，李厚基為福州鎮守使，劉冠雄兼福建都督。黎元洪本來派鄂軍攻湖南，又協助李純攻江西，並趁機對當年擁護他當都督的革命黨人狠下毒手，大加屠戮。他為袁世凱效盡犬馬之勞，本想希榮固寵，保佐地盤。但是，袁世凱認為他畢竟不是北洋派，便於1914年1月派段祺瑞南下，把他強行“請”到北京，專任有職無權的副總統，從而取消了他的地盤和軍權。袁世凱先讓段祺瑞署理湖北都督，後來改派段芝貴接任。北洋軍閥囊括了長江流域各省，據張一所記：“凡南軍所已潰之地，悉以北軍充之，於是，直東皖三省之白丁，人人首其纓而腰其刀，走卒廝養皆為高官，皂隸輿臺盡充末將。”＇8＇
在戰勝資產階級革命民主派以後，袁世凱立即抽調兵力對白朗起義軍展開圍攻。白朗（1873一1914）是河南寶豐縣人，從1912年末他就率領數百農民在魯山、舞陽及寶豐一帶“打富濟貧”，到1913年下半年已發展到數千人，活動地區擴大、到豫、鄂、皖三省交界各縣。袁世凱把白朗軍視為大患，在他釋出的圍剿命令中，惡毒地誣衊白朗為“狼匪”、“白狼”，可見他對起義農民是怎樣的恨之入骨了。1914年初，他將鎮壓白朗不力的河南都督張鎮芳撤職，派陸軍總長段祺瑞兼任。並指令段赴信陽召開豫、鄂、皖三省會剿軍事會議，制定圍剿計劃，限期消滅白朗起義軍。由段祺瑞親自指揮，參加圍剿的北洋軍共三萬多人，除“豫南剿匪督辦”趙凋所率領的毅軍外，還有王佔元第二師一旅，倪嗣沖一部，張勳一部以及王汝賢和陳文運各旅團。北洋軍剛剛撲滅了“二次革命”，將悍兵驕，段祺瑞代表各將領致電袁世凱說：“掃靖匪氛，指日可待。”他們把白朗軍切團圍在商城、霍山、霍邱之間，妄想一鼓盪平。但是，事出袁世凱及北洋將領的意料，白朗軍得到農民的支援，採取流動作戰，從商城突破包圍圈，風馳電掣般地向西挺進，從武勝關附近越過京漢鐵路，進入桐柏山地區。3月中旬，突襲湖北老河口，繳獲大批槍械彈藥，隊伍擴充至萬人。白朗在此召開軍事會議，決定避實擊虛，乘勝入陝。攻佔荊紫關後，由於受到孫中山派來的聯絡人員徐昂及沈姓參謀等人的影響，白朗整編了部隊，改稱“公民討賊軍”，自為“中原扶漢大都督”，接連頒佈文告，傳檄遠近，怒斥“袁賊世凱狼子野心，以意思為法律，仍欲帝制自為”，號召人民援助討賊軍，推翻袁世凱政府。所部一度發展到二三萬人。
帝國主義列強駐北京公使團要求袁世凱迅速撲滅白朗軍，保護各國傳教士。袁嚴詞指責段祺瑞“軍事遲緩”，他說“白匪久未平，各國報紙謂政府力弱，不足以保治安……續借款愈難辦，關係全域性甚重”。飭令段採取嚴厲措施，“剋期撲滅”。
白朗軍由荊紫關西進，於3月底和4月初接連攻克商南、龍駒寨（今丹鳳）、商縣、柞水，越秦嶺，直逼西安。陝西都督張鳳屢戰屢敗，“退守西安，一籌莫展”。當張鳳調兵防守西安時，白朗乘渭南一帶空虛，由子午鎮附近疾馳西進，席捲縣、、武功、乾縣，“勢如破竹，無當之者”。＇9＇在醴泉與陝軍陳樹藩旅激戰後，回師襲取永壽、縣，全陝震動。張鳳十萬火急