到第二個星期開始的時候，史蒂夫新建立的公司就開始著手進行公司機構方面的組建了。也是在這一天，就是1985年9月23日，蘋果電腦公司向聖克拉拉縣法院提起了訴訟，他們要起訴史蒂夫？喬布斯和裡奇？佩奇。在起訴書上蘋果公司聲稱，史蒂夫和裡奇制訂了一個“邪惡的計劃”，該計劃是利用蘋果公司的研究成果來建立新的公司。因為作為蘋果公司的董事會主席，史蒂夫對這些研究成果是瞭如指掌的，但他們為了達到建立公司的目的，就撒謊欺騙了蘋果公司董事會。就這樣，史蒂夫和裡奇透過採取法律手段與蘋果公司斷絕了一切來往。史蒂夫對這份起訴書極為震怒，他不得不再次求助於新聞媒體。由於在電腦界史蒂夫的名望非常高，所以新聞記者們也爭先恐後地進行了採訪、報道。
“當有人在公眾面前說你是一個賊的時候，你就不得不作出回應了。蘋果公司竟然還起訴我，我真是感到吃驚。我們用了一個星期的時間同蘋果公司的律師進行了探討、協商，而且我們還向蘋果公司宣告，在我們籌建新公司的過程中，我們沒有攫取或者使用任何屬於蘋果公司的機密資訊和技術的想法。”史蒂夫說。
“蘋果公司的這份起訴書完全是毫無根據的，它對蘋果公司及員工沒有任何益處。我們不想捲進一個根本就不公正的訴訟案中。我們只是想建立我們的公司，並設計出更多新的產品，而蘋果公司的起訴書就好像要求我史蒂夫以後再也不可以發揮我技術方面的特長。”在談話中，史蒂夫堅持認為，蘋果公司的起訴完全是“不可理喻的”。
最後史蒂夫如釋重負地說：“很難想象，一家擁有20億美元資產、有
4 300名員工的大型公司競爭不過一家僅由6名穿著藍色牛仔褲的員工建立的小型公司。”新聞媒體被史蒂夫說服了，他們完全接受了史蒂夫的看法。
在史蒂夫的離開已成定局的情況下，他和新組建的電腦研發組走出去探訪了美國的很多大學，他們的目的就是想搞清楚他們設計出什麼樣的電腦才能滿足各類大學的需求。而同時，蘋果公司願意採取一種更加明智一點的做法，而不想弄得雙方反目成仇。最後，由於蘋果公司在1985年第四季度的銷售業績有了一些起色，起訴史蒂夫這件事也就不了了之了。然而，蘋果公司卻從這件事中獲得了雖然合法但卻無禮的好處，雙方訂立了一項協議，協議的其中一部分規定：NeXT公司在研發出新產品後，必須向蘋果公司提供這種新產品的展示模型，這樣才能讓蘋果公司相信，NeXT公司設計的這種新產品並不是盜用了蘋果公司的設計模式和產品研發流程。但蘋果公司與NeXT公司的聯絡也好像終止了。史蒂夫在離開蘋果公司後就把大部分的蘋果公司股票出售了，到1986年年初，他只保留了蘋果公司的1股股份，據他說，他之所以保留這1股就是想還能繼續收到蘋果公司每年的經營報告。
史蒂夫？喬布斯在贏得了很多場戰鬥後，卻輸掉了一場大的戰鬥。這一次他輸掉的不僅僅是一場戰鬥，還是一場戰爭。