這些中央官制並內閣權力的改革，都是張偉苦心孤詣，與身邊諸文人及軍機諸人商討所定。雖然尚是草創，有疏漏及不足處，卻在學習唐朝省臺寺制度的同時，加以改良，不但避免了權臣專政，亦是避免了皇權與相權的衝突。於此同時，那些舊的翰林院、大理寺、國子監等機構卻也未曾裁撤。此時為了大局穩定，多安排一些從地方上招過來的官吏，也只得在財政上賠上一些。待大局穩定，政通人物，方是裁撤冗官冗員之時。
大明崇禎四年十月初，漢軍龍驤衛、飛騎、萬騎、金吾衛左右兩軍，連同炮軍共約六萬人，自浙、粵、湘三省分路攻入福建。初時各軍行進甚是順利，左部漢軍連是漳、泉，逼近福州；自浙入閩的漢軍飛騎萬騎則旬日間攻克建寧、延平，與攻入汀州府的龍驤衛會師合圍福州，再加上左部漢軍，六萬餘漢軍將福州城圍的水洩不通，城內明軍雖然人數尚且略多於漢軍。只是大半是遠來的客軍，遠來自湖北、兩廣，雲貴滇兵，這些客兵每戰必逃，逃必擾民，兩手沾滿沿塗百姓的鮮血，真正的硬仗卻是一次也沒有打過。而真正勇於做戰的，只是福建當地駐軍，還有鄭芝龍家人部曲數千人，若不是依靠這些兵士，福州一日便被攻下。
漢軍連日轟城，徹底切斷了福州與外地聯絡。施琅所部水師又從舟山開赴福州港口，徹夜不停的轟擊福州城內。城內房屋崩壞無數，百姓軍士死傷遍地。那鄭芝龍心知城破之日必死，率領家丁部下拼命守衛，自漢軍圍城之日起便未下過城牆。又強募百姓上城修補，城牆崩壞，便用百姓房屋磚瓦木料隨時候補。圍城十日，漢軍急切間竟不能下。
劉國軒等人無奈，只得飛騎報與張偉，張偉接報立時大怒，知道是諸將因戰事即將平息，不欲使士卒多增死傷所致。只是事關江南大局，若是福州一戰拖的過長，只怕那些心向明朝的降官降將又欲生亂，因此立時命人持大將軍令符，飛馳入福建軍前，命漢軍接令後三日內克城，逾期不能破城，則前線將領盡數免職，下軍法部獄。
接到張偉書信命令，前線各將皆是大急，只是福州城高堅險，鄭芝龍又早有準備，深溝堅壘以待，守城的閩軍和鄭氏家兵拼命做戰，接到命令後漢軍立時強攻一次，但沒有龍武衛相助，缺乏肉搏兵種的漢軍傷亡太大，各將眼看部下紛紛倒在城下，皆是看的兩眼出血，心疼之極。到是左良玉臨機一動，令萬騎射手紛紛射箭入城，上附招降文書。命那些客兵反水，攻擊閩兵。若是他們依命而行，則到時盡數赦罪，若是跟著閩人繼續抵抗，城破之日，盡數屠滅。
客兵原本就是害怕漢軍攻城後屠城，是以雖不能力戰，卻也跟在閩兵之後搖旗吶喊，以壯聲威。待接到漢軍招降書子之後，軍心立時不穩。鄭芝龍雖派兵嚴防，卻又哪裡防備的住。到了晚間，數千客兵發一聲喊，持刃狂衝至城門之處，將鄭氏家兵攆走，搬開塞住城門的沙包土石，大開城門，迎接漢軍入城。早有準備的漢軍立時衝入，以火炮在城門內一陣狂轟，火槍齊發，萬騎的強弓亂射，不分閩兵客兵，當場就射殺無數。可憐那些衝在最前頭的客兵本欲博個頭彩，得些好處，卻被殺紅了眼的漢軍一陣亂槍打的如蜂窩一般，慘死當場。城門一失，有著優勢火力的漢軍對著數量及戰力低劣之極的明軍，只是一場單方面的屠殺罷了。
待攻到福州總鎮府前，鄭芝龍屬下卻有不少自澳門買來的洋槍，再憑上幾門小炮，他那府衙又修的高大結實，一時間竟攻不下來。還是劉國軒惱了，命人推來幾十門火炮，齊齊對準了鄭府一陣狂轟，將那鄭府炸的雞飛狗跳，亂石崩雲。從半夜至黎明時分，火炮一直輪番轟擊，初時鄭府內尚有人還擊，待到天亮大亮，漢軍諸士卒一眼看去，只見處處斷瓦殘垣，殘肢斷臂。漢軍入內搜尋了半日，方在鄭府大堂之下將鄭芝龍的屍體扒拉出來，早就死的硬挺。
“這人也是一代梟雄！命人好生收斂，送回他老家，命他的族人好生葬了。”
劉國軒一聲令下，早有漢軍士卒押著在城門俘獲的鄭氏家兵過來，命他們尋些草蓆將鄭府內所有死難的上下人等盡數包裹了。尋些老成可靠的，給了銀兩盤纏，將這些屍體送回給安海鄭氏處置。
眼見那些殘兵敗卒在廢墟堆裡尋找屍首，扒拉出一具鄭氏族人的屍身，便以草蓆包裹，放在一邊。張瑞等人因見無事，向劉國軒告一聲罪，自去別處巡查。那福建巡撫朱之馮原是要上吊自殺，誰料草繩搓的不實，吊了兩次俱不成功。待漢軍攻入巡撫衙門，此人早就斷了死志，呆頭呆腦的盤膝坐於巡撫衙門大堂之上。被漢軍一舉擒獲，為防各省客兵和閩軍殘卒禍害百姓，