張瑞等人借了他的巡撫關防大印，並漢軍軍法部招帖告示，並所有駐防明軍盡數前來自首投誠，逾期不至，或是擾亂百姓者，盡數誅殺。
因此戰太過慘烈，死傷甚眾，又有零星散兵四處躲藏抵抗。雖第二天就命人前往南京報捷，城內卻是戒備森嚴，四處追剿散亂敗兵，拿捕明朝官員。槍聲火光並零星的炮聲數日內不曾停歇。算來自漢軍攻佔鎮江、南京，竟未有過如此激烈抵抗。到後來劉國軒與張瑞等人會商，下了戒嚴令，所有百姓官紳，出門者視同叛逆，窩藏明軍者，發現明軍不報者，一併視為助逆，一體依律處置。如此這般，直亂了十日之後，福州方才大定，撤戒嚴，恢復商貿行人。
十餘日軍民人等不得出行，只有漢軍監督下的運屍隊方能出門，因屍體過多，為防疫病，卻是不能掩埋，只得命人在城外晝夜不停的燃燒焚燬。鄭府上下死難的屍體早就運出城外，卻因戰事尚未平息，四處混亂不堪，不得啟行。百餘具屍體放在城外，雖是深秋天氣，卻已是開始發臭腐爛。那負責運屍的小兵頭目無奈，只得進城稟報了劉國軒，請他開恩，讓他們即刻起行。劉國軒因當年一同隨張偉奉侍鄭芝龍，雖無甚故主之情，卻也不欲使芝龍身後事太過難堪。竟格外開恩，命人於城內搜尋了幾十副棺木，送出城去，將鄭府有頭臉的盡數裝斂了，以防屍臭。又特命張瑞派出一隊飛騎，護送這些人回安海。卻又想起一事，將那些鄭氏家招集過來，問那幾個頭目道：“咱們家大將軍初投鄭老大的時候，他有個兒子在日本平戶出生，是鄭老大與一個日本女子所生，叫什麼田川夫人來著。這母子可曾回國，又可曾死在福州城內？”
那幾個親兵頭目面面相覤，不知道這漢軍大將是何用意，各人一時猶疑不定，皆是不敢回話。
“你們莫怕！我來福建之前，大將軍曾經有諭，命我善待鄭氏家人。又想起當年投靠鄭老大時，他正好有一子出世，是以吩咐幾句。若是死了，也就罷了。若是沒死，大將軍命我派人好生照看著。鄭老大家資千萬，大將軍命抄沒以充軍用。若是鄭老大尚有後人在，自然要留些家財供他使喚。”
“回將軍，大將軍所言，當是鄭森。他現下八歲，去年隨其母回來福建，現下隨母親在安海老宅居住，是以母子平安，並未死難。”
劉國軒點頭一笑，到也不以為意，因命道：“我寫一封書子，給當地縣官，令他好生照料。鄭府家財漢軍必定要抄沒，不過到是會留下二十畝地，千兩銀，一處家宅，給他們安身就是。你們到安海後，願意留在當地，可為廂軍，可為靖安巡兵，若都是不願，也可四散為民。只要安份守法，自然不會有人為難你們。若是心戀舊主，還想做亂……”
他努起下巴，向著不遠處焚燬屍體的化人場方向冷笑兩聲，向這百餘人厲聲喝道：“這便是下場！”
見各人都是諾諾連聲，都道願意安份為民，不敢做亂。劉國軒在馬上大笑幾聲，在馬屁股上打上幾鞭，滿面春風的去了。
福建戰事一畢，張偉命劉國軒就地於福州駐蹕，撥了一些船隻與他，命他防範福建與臺灣；命左良玉駐蹕廣州，派偏師入南寧，攻佔廣西，至於廣西、雲貴等地土司，命漢軍不得與其衝突，待將來更換敕書，仍命土司鎮守當地，不使生亂就是；命張鼐駐蹕南昌，其金吾衛一部駐長沙；孔有德並金吾衛一部，萬騎一部，加之兵，約三萬人駐襄陽、荊州，連同投誠明軍改編的近兩萬廂軍部隊，約五萬人警備荊襄，此處甚為緊要，是以駐防兵力亦是最為強大。
中央官制改革事畢，雖張偉並沒有建號稱帝，卻也是令行禁止，諸事順手。何斌自臺灣而來，接手戶部。一至南京，便著手清理帳目，接手各州縣的財賦大權。舉凡庫藏、各地存銀、來往帳目、田土丁銀收取憑單，盡數被他理順分清。以皇明規制：戶部掌天下戶口、土田之政令。下統四部，曰總部，管理田土、農桑、賑濟、存恤、會計、漕運。設郎中、員外各一，主事四，都吏一，令吏十二，典吏二十五；其餘有度支、金部、倉部，全管國用開支、賞賜、雜支、出納、倉庫府藏等物，設官如總部同。除了將收取賦稅一項撥給專門的稅務部外，又專設海關一署，將與外國貿易一事專委海關，其收取的關稅等收入直入中央。雖然地方官員此刻多半從缺，那些署吏因張偉甚忌明朝小吏舞弊貪墨，此時正在甄別人選，盡數不用；卻因賦稅免收，各地又暫行軍管，縱有盜案之類，也是由靖安部下統各地方行司管理，是以地方官員竟暫且無事。待中央戶部將各種雜務接管過去，更是越發的海晏河清，天下太平。
至於黃尊素領