清高卓越，很少有他所推重的人，和郗超談論，他卻常說郗超深不可測，於是盡心敬待和信任他。當時桓溫幕府里人才濟濟，和郗超差不多同時在桓府任事的就有王坦之、謝玄、王珣以及大文學家袁宏、大畫家顧愷之等人，但真正為桓溫看重的，也就是郗超、王珣和謝玄等幾個人。對參軍郗超和主簿王珣，桓溫似乎又特別倚重，每件事都要同他倆商量，桓府的人因此稱他們是〃長鬍子參軍，矮個子主簿，能令桓溫高興，能令桓溫憤怒〃。史稱桓溫〃經略中夏，竟無寧歲，軍中機務並委珣焉。文武數萬人，悉識其面〃（《晉書？王珣傳》）。又說：〃溫懷不軌，欲立霸王之基，超為之謀〃（《晉書？郗超傳》）。桓溫欣賞王珣的顯然是他的精明強練，倚重郗超的則是他的智慧謀略。一個善於內務管理，一個長於權謀機變，郗超和王珣，無疑是桓溫身邊最得力的左臂右膀。
深自結納
郗超入桓溫幕府後，桓溫對他〃傾意禮待〃，郗超亦〃深自結納〃，兩人很快結為同黨。
公元369年春，郗超父親、東晉的徐、兗二州刺史郗愔給大司馬桓溫去了一封公函，表示要與桓溫共同輔佐王室，並請求率領自己的部隊渡河北上，討伐前燕，收復失地。郗愔寫這封信