燕軍面對長江天險，確實是遇到了困難，北岸的船隻多已被焚燬，用什麼渡江，這要靠眾將士齊心協力了。於是有人出主意，挑選了一些老家在南方善於泅水計程車兵，用豬皮囊充氣環系在腰間，泅水偷渡進入南岸，對南方的船隻能奪的奪，不能奪的予以焚燬。幾天中，燕軍奪了不少船，也毀掉了官軍的許多船。
燕軍中有一個士兵叫作鈕阿卜，本是燕山衛的一名士卒。但他的老家在江蘇。長期離鄉在寒冷的地方當兵，早就厭倦了。燕兵進到江北，又勾動了他的思鄉之情，他決定一走了之。於是悄悄離開軍營，憑著年輕時練就的好水性浮水過江，逃回老家。沒有想到，阿卜在靠近南岸時卻遇上了官軍的運糧船。官軍健卒都抽調到作戰部隊中去了，運糧的都是老弱士兵，他們對突然出現在眼前的燕軍士兵驚駭不已。這真是麻桿打狼兩頭害怕，阿卜在官軍運糧船前也擔心被捉。於是他故作聲勢，壯起膽來向運糧官軍大聲恫喝說：“燕兵即將大舉過江，你等要想不死，就趕快隨我投降，否則將會被殺得一個不剩！”阿卜本想將運糧■嚇走，自己好逃脫；沒想到這些運糧老弱軍士竟真的跟著他投奔了燕軍。阿卜逃跑回家沒成卻立了功，後來得了獎賞並被提拔。
六月初一，朱棣命都指揮吳庸集合高郵、通州、泰州的船於瓜州，命內官狗兒、領都指揮華聚為前哨，進至浦子口 。浦子口與京城隔江相對，是離亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一試探，看能否在這裡渡江。官軍在這裡設防嚴密，燕兵遭到激烈的抵抗。大將盛庸在浦子口迎戰燕軍，將其打得大敗。一仗下來，燕王感到雖然京師近在咫尺，可是並不容易攻克，況且長江天險在前，渡江也是個大問題。難道就此罷手，議和北還嗎？朱棣絕不甘心於功敗垂成。方在遲迴之間，朱高煦帶領蒙古騎兵趕來。朱棣心頭的一縷浮雲一掃而光，立刻振起了精神。他一手仗劍，一手撫著朱高煦的背說：“勉之！世子多疾。”的確，每到征戰的關鍵時刻，都賴朱高煦的緩急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。遠在北平擔任留守的世子朱高熾，怎能與這個跟隨左右馳騁疆場的兒子相比呢？朱高煦也自恃勇武，又多有戰功，希望能得到更多的寵幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是說他將來有可能代替世子嗎？可惜朱棣英鷙洞徹，目前，這場與侄兒之間的拼殺尚未了局，又種下將來諸子兄弟之間拼殺的禍根。朱高煦聽了父親的話，大受鼓舞，帶眾與官軍拼死戰鬥，很快扭轉了戰局。盛庸兵退屯高資港。
高資港在長江南岸，與江北瓜洲渡相對。朱棣大兵集中在瓜洲。此前派狗兒等到浦子口不過是去探一下虛實，盛庸判斷燕兵可能會在瓜洲渡江，因此在高資港嚴陣待敵。朝廷感到大戰在即，恐盛庸獨立難支，便派遣都督僉事陳瑄率領舟師前往援助，但陳瑄卻降了燕軍。這時官軍擔任監軍的是兵部侍郎陳植。陳植親臨江上，慷慨誓師，決心遏燕軍於長江以北。但官軍中有個都督名叫金甲，卻倡言燕兵不可抗，不如繳械迎降。金甲遭到陳植的嚴厲斥責，被指為不知逆順，不懂君臣大義。他惱羞成怒，竟將陳植殺死，投降了燕軍 。臨陣之際官軍將領的紛紛叛變使官軍力量大遭破壞，盛庸已成孤軍。
而此時朝廷中暗中與朱棣勾結的大臣也不斷派人前來向朱棣獻渡江及入京城之策，江南的防守已從內部垮了下來。朱棣決定抓住戰機，強渡長江，向帝座發起最後的衝擊。
六月初二，朱棣帶領部屬來到江邊，面臨江南已經設好香案犧牲。旌旗肅穆，幡帶當風，將士們列隊而立。在渡江之前朱棣要親祭大江之神。幾年的征戰，能否成功就在渡江一舉了。他希望江神能夠保他們順利渡江。朱棣帶頭向江神恭敬地禮拜，眾將也隨之行禮。禮畢之後朱棣從侍者手中接過祝文，高聲朗讀道：“予為奸臣所迫，不得已起兵御禍，誓欲清君側之惡，以安宗社，予有厭於神者，使不得渡此江。神鑑孔邇，昭格予言。”讀畢再次施禮。
第二天，六月初三，朱棣又集合部眾舉行誓師。誓詞說：
群奸構亂，禍亂邦家，扇毒逞兇，肆兵無已。予用兵御難，以安宗社，爾有眾克協一心，奮忠鼓勇，摧堅陷陣，斬將搴旗，身當矢石，萬死一生，於今數年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸惡，惟慮爾眾，罔畏厥終，僨厥成功耳。
夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，順承天體，惟在安輯，渡江入京，秋毫無犯，違予言者，以軍法從事。
嗚呼，惟命無常，克敬惟常，爾惟懋敬，乃永無咎。
朱棣對大家說：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此