但是仁厚與柔弱往往相連。朱元璋對此也不是沒有擔心，特別是他有著那麼多強悍的叔父。據說朱允炆生來臚骨稍偏，朱元璋因此常常叫他“半邊月兒”。一天夜晚，明月初升，有如一支銀鉤在雲間穿行，朱元璋正在讀書，恰巧讀到宋太祖詠月的詩。詩有“未離海底千山暗，才到天中萬國明”這樣的句子，很得朱元璋的讚賞。這時太子和朱允炆都在身邊，他想看看他們的才學，便指著天上的新月，讓他們以新月為題賦詩。
太子賦道：
昨夜延陵失釣鉤，何人移上碧雲頭？
雖然不得團圓象，也有清光照九州。
朱允炆賦道：
誰將玉指甲，搯破碧天痕，
影落江湖裡，魚龍不敢吞。
雖然他們才思敏捷，但朱元璋對他們的詩都覺得不滿意，既缺少蓬勃的活力，又沒有帝王氣象，特別是“不得團圓”、“影落江湖”更是不吉利，因而慘然不樂。
相反，燕王的氣質在吟詩作賦上，也反映出與他們的不同。一次，朱元璋出句，讓子孫們屬對。朱元璋說出上聯“風吹馬尾千條線”，朱允炆對道“雨打羊毛一片氈”。對雖工整，但仍是柔弱無力。而朱棣在一旁則對出了“日照龍鱗萬點金”這樣氣概非凡的句子。朱元璋不免為朱允炆暗暗擔心。
然而，這樣一個仁柔的皇帝，面對強藩，為形勢所迫，不得不在一即位就把鞏固自己的地位提到日程上來。大臣們也一再提出這個問題。
首先是朱允炆向黃子澄提起。他說：
“先生憶昔東角門之言乎？”
“不敢忘。”黃子澄回答。
於是黃子澄與齊泰便開始策劃削藩。
這時，戶部侍郎卓敬也提出了削藩的建議。他說：“燕王智慮絕人，雄才大略，酷類先帝。北平形勝地，士馬精強，金元所由興。今宜徙封南昌，萬一有變，亦易控制。夫將萌而未動者，幾也；量時而可為者，勢也。勢非至剛莫能斷，幾非至明莫能察。”建文覽疏大驚，連忙將它裝入袖中，退回後宮。第二天，建文帝召見卓敬，問他這件事，卓敬說：“臣所言天下至計，願陛下察之。” 朱允炆以為，削藩乃軍國機密，尚在謀議之中，絕不能為外人道。卓敬雖為戶部侍郎，但未令參與其事。再者，當時燕王雄踞北方，勢力已成，徙封於南昌也並非輕而易舉之事，而且齊黃諸人已有成算，因而沒有采納卓敬的建議。
此外還有高巍等人都提出了對宗藩的不同處理辦法。
高巍，山西遼州人，在洪武時為表彰他的孝行，曾命他以太學生試職為前軍都督府左斷事。曾對施政提過一些好的意見。後因斷事不稱旨處以遣戍，特旨許弟程代役。建文帝即位，高巍請求還鄉。不久遼州知州又應詔向朝廷推舉他，他因此赴吏部尚書言事，提出他的對宗藩處理的方案。他說：
高皇帝分封諸王，比之古制，既皆過當，諸王又率多驕逸不法，逆犯朝制。不削，朝廷綱紀不立，削之，則傷親親之恩。賈誼曰：“欲天下治安，莫如眾建諸侯而少其力。”今盍師其意，勿行晁錯削奪之謀，而效主父偃推恩之策。在北諸王，子弟分封於南；在南，子弟分封於北。如此則藩王之權，不削而自削矣。臣又願益隆親親之禮。歲時伏臘使人■問。賢者下詔褒賞之。驕逸不法者，初犯容之，再犯教之，三犯不改，則告大廟廢處之。豈有不順服者哉！
這的確是個很好的建議。建文帝雖然表示讚揚，但似乎無意施行。大概他過分相信齊黃的“大小強弱勢不同，而順逆之理異也”之類的話了。
雖然他們提出的對付諸王的辦法不盡相同，但有一點是共同的，那就是他們都看到了強藩給朝廷造成的危險。
削藩怎樣下手？齊泰主張先對燕王開刀。燕王除掉，其他藩王則不在話下了。黃子澄不同意這樣辦，因為燕府的反跡不明。他主張先削除周、齊、湘、代諸王。這幾個親王，在朱元璋時，就多有不法劣跡，“削之有名。”另外，要問罪則應該是從周王下手。因為周王與燕王同母所生，削了周王就是剪了燕王的手足。從理論上說，這未嘗不是一個穩妥的辦法。事情就這樣定下來了。
周王朱■也有異謀。周府長史 王翰曾幾次向周王進諫，周王都不聽。王翰眼看禍要及身，便裝瘋逃走了。然而周王的次子汝南王朱有■向朝廷揭發了周王的不軌行為。這正好給朝廷提供了一個機會。朱允炆派曹國公李景隆率師北上備邊，在路經開封時，猝然包圍了周王府。周王被廢為庶人，流放到雲南蒙化，據說當時“妻子異處，穴牆以通