飲食，備極困辱”。他的兒子們也都被分別遷往邊遠外地。這事發生在八月，即朱允炆即帝位的第三個月中。後來周王又被詔，禁錮在京師。
六月的北平城酷暑難當，但燕府的重簷下卻涼風習習。自從朱元璋死並用遺詔制止諸王南下奔喪起，朱棣就已經感到不妙了。他渴望權力，想據有皇帝的寶座，但能否達到目的，他沒有把握。他有勇氣，有軍隊，但現在馬上起兵，似乎還不夠成熟。這不僅自己準備不足，同時也不知道朝廷對他到底有怎樣的對策，冒然出師，師出無名，會被指為叛臣賊子的。況且，朱元璋死時，燕王世子朱高熾、第二子朱高煦、第三子朱高燧因朱元璋的喪事都在南京，一旦興師，這些人便會被扣留成為人質。朱棣焦慮不安，心情鬱郁。不過正好是在居喪期間，樂得說是因為過分悲痛而憂悒成疾。這樣在別人看來，也不失為孝子了。他密切注視著朝廷的動靜，等待著時機。周王被廢，朱棣曾為之震動，朝廷終於下手了。危險就在眼前，然而機會不也就在眼前嗎？大概是為了震懾燕王或讓燕王知罪吧，朱允炆勒令燕王朱棣議定周王之罪。他接到朝廷的詔書，知道這就要輪到自己了，一時不知如何作答。他明白，無論怎樣作答都不會取得朝廷的諒解。但他還是回答了。他希望為周王洗刷罪名。至少是讓人覺得可憐，博得一點同情。他回答說：“若周王所為，形跡暖昧，念一宗室親親，無以猜嫌，輒加重譴，恐害骨肉之恩，有傷日月之明。如其顯著，有跡可驗，則祖訓俱在。” 看其前半，用詞極為柔軟，幾近於哀求，觀其末尾，援引《祖訓》則柔中帶剛，顯懷不滿。
建文元年四月，湘王朱柏被廢。有人告湘王朱柏，說他偽造寶鈔，無故殺人。朱允炆派使者到荊州去質詢，且以兵相迫。湘王朱柏害怕，一時無以自明，朱柏說：“吾聞前代大臣下吏，多自引決，身高皇帝子，南面為王，豈能辱僕隸手求生活乎？” 便闔宮自焚了。據說朱柏喜歡研究學問，讀書每至夜分。又喜談兵事，膂力過人，善弓矢刀槊，馳馬若飛，尤善道家宮，自號紫虛子 。接著，代王朱桂被廢為庶人，幽禁於大同，齊王朱■被廢為庶人囚於京師。到六月，西平侯沐晟奏報岷王有過，於是又將岷王朱楩廢為庶人，遷往漳州 。這樣，在一年時間裡，有五位親王先後被廢，真可謂迅雷不及掩耳了。
不料，朱允炆讀到燕王上書後，一時頗為難過，“恐害骨肉之恩，有傷日月之明”云云，深中其仁柔之心。他正考慮如此削藩還是否要進行。另外，這時朝中對削藩也出現了反對的意見。比如禮部左侍郎兼翰林學士董倫就一再懇請“親睦宗人”。於是朱允炆打算停止削藩。齊泰與黃子澄據理力爭，反對停止削藩。但仍無結果。二人怏怏地離開皇宮，齊泰對黃子澄說：“今事勢如此，安可不斷。”他們都認為削藩的程序已經開始，如果現在停下來，結果就會是“當斷不斷，反受其亂”。他們甚至認為建文帝不過是“婦人之仁”。第二天他們又進宮勸說朱允炆。黃子澄說：“今所慮者，獨燕王耳，宜因其稱病襲之。”朱允炆仍在猶豫，他說：“朕即位未久，連削諸王，若又削燕，何以自解於天下？”黃子澄說：“先人者制人，毋為人制。”朱允炆又說：“燕王智勇善用兵，雖病，恐猝難圖。” 齊泰曰：“今胡寇來放火，但以防邊為名，發軍往戍開平，護衛精銳悉調出塞，去其羽翼，無能為矣。不乘此時，恐後有噬臍之悔。”於是他們採取了逐漸削弱燕王勢力的辦法。早在去年十一月，他們就安排了工部侍郎張昺做北平布政使，謝貴、張信掌握北平都指揮使司，他們接受朝廷的秘密命令，監視燕王的行動 。這時，以北部邊防不靖為名，派都督宋忠調緣邊官軍三萬屯駐開平，就此將燕府的護衛軍的精壯選調到宋忠麾下帶出塞外，以斬斷燕王的羽翼。同時召燕府護衛胡騎指揮關童等進京，以削弱燕王的力量。另外又調北平永清左、右衛官軍分駐彰德、順德，命都督徐凱赴臨清練兵，耿■赴山海關練兵以鉗制北平。
這些軍事部署都出於齊泰、黃子澄的謀劃。它對於削弱燕王的力量，防止它的造反未嘗不是有力的。
軍隊已經部署到朱棣的家門口了，他是不會甘心束手就擒的，他之所以還遲遲沒有反應，實在是擔心在京師（今南京）的三個兒子會遭不測，這三個孩子是在朱元璋小祥時赴京弔唁的。當時有人勸朱棣不能讓他們一起走，朱棣說，這樣可使朝廷不懷疑我。但朱高熾他們走後，朱棣又十分懊悔，這時憂慮更甚了。他聲稱自己病得厲害，請求朝廷將他的兒子放回北平。這幾個人本來可以用來做挾制燕王的手段，特別是已經在進行對付燕王軍事行動準備的