1940年7月，八路軍二縱隊與新四軍六支隊會師，合編為八路軍第四縱隊，下轄二、四、五、六旅。三四四旅改編為第四旅，下轄的六八七、六八八、六八九團改編為第七、八、九團。改編後的四旅從渦陽出發，開進宿（縣）、懷（遠）、蒙（城）、風（臺）地區腹地。
康應中所在的九團駐懷遠以西河溜鎮，積極開展游擊戰，深入發動群眾，廣泛建立抗日民主政權。這種情況下的政工幹部康應中工作任務十分繁忙，既要從事部隊思想政治工作，又要組織發動群眾，還要跟新建立起來的抗日民主政府打交道。一個任務接著一個任務，康應中從未叫苦叫累叫難，千方百計完成任務，受到領導的表揚。團政治處首長說，康應中這個小夥子，什麼工作都能幹，是個靠得住的人。
在此期間，九團曾兩次攻打懷遠縣常家坎日偽據點，俘虜偽軍50餘人，日軍懼於被殲，棄據點逃跑；進行了大西門、龜胡山戰鬥，俘虜日軍12人。這一系列戰鬥沉重地打擊了日偽軍，有效地保護了淮上地區的開闢和建設。
1941年1月，發生了震驚中外的“皖南事變”。1月20日中央軍委釋出重建新四軍命令，任命陳毅同志為新四軍軍長，劉少奇同志為政治委員。八路軍四縱隊奉命改編為新四軍第四師，四旅改編為四師十旅，所轄八、九團改稱二十八、二十九團。八路軍和新四軍是中國抗戰的兩大勁旅，是中國gc黨的左臂右膀，兩臂相交，必將產生巨大的合力。陳毅同志曾就此賦詩云：“十年征戰幾人回，又見同儕並馬歸。江淮河漢今誰屬，紅旗十月滿雲飛。”
但是也有一些八路軍老戰士對八路軍改編為新四軍認識不足，認為這是削弱了八路軍的力量。為此2月26日劉少奇同志專門發電報給黃克誠、彭雪楓，指示他們在部隊中宣傳解釋八路軍一部改為新四軍的重大意義。二十九團政治處把這一工作作為一個時期內政治思想工作的一項重要內容，儘快統一思想，服從大局，和其他新四軍部隊一起團結戰鬥，完成各項任務。
康應中被政治處派往一些有這種思想情緒的連隊，深入到戰士中間做工作。他想了想該怎樣去說服戰士，就打了個比方。康應中對戰士們說：我們不是國民黨的部隊，各自儲存實力。我們八路軍和新四軍都是gc黨領導的人民軍隊，就好比是親弟兄倆，世上哪有親弟兄鬧矛盾的？弟弟不能嫌棄哥哥，哥哥也不能看不起弟弟，弟兄倆合起來，力氣就更大，不怕打不過日本鬼子。戰士們被康應中形象的比喻逗笑了，都說那是一時的賭氣話，該咋樣執行命令完成任務，還咋樣執行命令完成任務，在打鬼子上不含糊。
康應中善於開動腦筋，靈活做好政治思想工作的做法，受到了領導的讚賞，並且把他的做法和經驗向其他同志進行了推廣。
絕對可靠的保衛幹部
1940年底到1941年初，豫皖蘇抗日根據地形勢日益惡化。日偽軍的不斷“掃蕩”使根據地遭受損失，國民黨的反共軍隊和地方反動武裝也開始向我軍進攻，新四軍處於敵、偽、頑的夾擊之中。在這種情形下，部隊內部出現了兩起嚴重事件。一起是發生於1940年12月12日的“永肖事變”，改編為新四軍之前的四縱六旅十七、十八團團長率部叛變投敵；另一起是改編為新四軍後的二十九團團長王德榮悲觀動搖，與被俘偽軍中隊長密謀叛逃投敵，當上了偽泗縣別動隊大隊長，成為可恥的叛徒。後者就發生在康應中所在的二十九團，曾是康應中的直接上級。
這兩起叛逃事件引起了新四軍總部首長的高度重視，加強部隊內部保衛工作已成為當務之急。選拔一些政治上絕對可靠，又具有敏銳機智頭腦，政策性很強的幹部充實和加強保衛工作，就成為各個部隊領導機關認真考慮的大事。
康應中就是在這個時候的1941年，被任命為政治處保衛幹事的，而且還是出現叛逃事件的二十九團保衛幹事。黨和部隊對康應中的絕對信任不言而喻，對他的工作能力十分賞識。1942年11月，二十九團改編為淮海區二支隊，康應中又任二支隊六團特派員和黨總支書記；1945年3月，新四軍三師奉命抽調骨幹組建獨立旅時，康應中被編入獨立旅一團，仍任該團政治處保衛股長。這是黨對康應中再一次高度的信任！這種工作的特殊性，使得康應中許多顯著的成績和卓越的貢獻，常常得不到什麼獎勵和榮譽，也很難見之於革命的刂史冊。就是我們在專門書寫他的歷史的今天，似乎也不好把其中的經歷詳盡地公之於眾。在這方面，康應中有一些類似於我們黨和國家機密部門那種永遠不為人知的無