間的聯絡更加緊密。而這無疑會進一步加劇門派之間對立的趨勢。
從以武術家個人為本位，到以門派為本位，這一歷史趨勢經過了長期的演變，但是關鍵性轉折就發生在宋元之際。兩個不同的歷史階段由此被區分開來了。
最早出現在武林世界中的新勢力是 1283年成立的峨嵋派，這一門派的創始人是郭靖的女兒郭襄，此人的父母和姐姐、兄弟在 1273年以來的一系列軍事衝突中陸續喪生，唯獨她本人倖免於難。為親人復仇的成為郭襄投身抵抗運動的最大動力，而她在六十年代的遊歷則為她提供了江湖世界中廣泛的人際關係網路，加上作為郭靖和黃蓉女兒的、極具號召力的獨特身份，使得她足以組織起一支令人生畏的地下抵抗力量。1282年底，她策劃了一項雄心勃勃的計劃，試圖對汗八里發動奇襲，救出被俘虜的宋朝末代皇帝和丞相文天祥。但是由於內奸的出賣，這一計劃被元朝政府及時發現。文天祥被處死，而宋朝皇帝被送往西藏，成為一名正式的喇嘛教僧侶。這一事件以及不久前發生的阿合馬被刺殺事件令忽必烈汗下決心對武林勢力開始了新一輪的清剿。郭襄及其支持者被迫退向四川盆地。第二年，郭襄不得不出家成為一名比丘尼，這當然只是對其領導的地下抵抗運動的掩飾，郭襄及其弟子們的民族主義熱情同佛教的虛無主義註定南轅北轍。由於郭襄本身為女性，她的門派大多數由婦女組成，這些婦女大都在蒙宋戰爭中失去了親人或丈夫，因此和她們的師尊一樣充滿了復仇的激情。
終其一生，郭襄都致力於推翻蒙古征服者的統治，並不懈地尋找“西方狂人”楊過 ——此人是唯一在八十年代之後仍然倖存的“五絕”人物，並由於其曾打死蒙哥汗的驕人戰績被抵抗的漢人奉為精神領袖。但“狂人”似乎對抵抗運動已經絕望，在襄陽淪陷後再也沒有出現過，只有零星的小道訊息表明他仍然活著並隱居在邊境的深山之中，然而郭襄從未能找到他。八十年後，他的後代又重新出現在江湖世界。無論如何，楊過的行蹤已經成為永遠的歷史之謎。
崑崙派是另一個在十三世紀末崛起的武術門派，這一門派的歷史可以上溯到北宋西夏時期。但由於長期僻處西域的崑崙山脈，與中原往來較少。長期以來，崑崙派一直缺乏發展的空間。蒙元對歐亞大陸的空前征服帶來了中西方商路的暢通，也使得本來位於中華帝國邊陲的崑崙山一躍而佔據了中西方交通的樞紐。與此同時，許多西北地區的漢人為了逃避戰禍和征服者的壓迫逃到崑崙山中，為崑崙派帶來了可貴的人力資源。從七十年代開始，被稱為“崑崙山的三位一體”（Trinity in Kunlun）的著名武術家何足道成為崑崙派的掌門人，他充分利用了蒙元入侵帶來的機遇，使得崑崙派開始了空前的發展。在短時間內，這一門派不但填補了白駝山衰落以來西北地區武林的空白，而且積極向中原進軍，參與中原地區漢人的抵抗事業。據稱這和何足道對郭襄的戀慕之情有關。關於何足道和郭襄之間的羅曼史有很多美麗的傳說，但唯一可信的記載是他們曾經於 1262年在少林寺有過一次短暫的邂逅。有傳聞聲稱崑崙派掌門人何太沖就是他們的孫子，但均不足信。
這一時期還見證了華山與崆峒兩派的崛起。與峨嵋、崑崙相似，這兩派也都是吸收漢人抵抗力量的精華而成。“華山派”的命名顯然是為了緬懷“華山論劍”時代的光榮。幾百年後的一系列著名武術家如風清揚、令狐沖、穆人清、袁承志等皆是華山派的繼承人。而刺殺阿合馬的王著和高和尚乃是崆峒派的成員。這些門派的起源已經埋沒在時間的長河中，但其崛起的迅速不得不歸功於南宋覆滅帶來的江湖勢力大洗牌。
在元朝前期的多次漢人武裝反抗中，背後都有著各大門派的推動。在原來南宋統治地區，幾乎每年都有兩百次以上的暴動。這些事件至少有三分之一以上同武林勢力有著千絲萬縷的聯絡。例如 1282年海沙派掌門人陳良臣在廣東發動的鹽販暴動，1284年巨鯨幫在舟山群島發動的王仙人起義，1285年峨嵋和崑崙派在四川發動的趙和尚起義等等。而與此同時，明教也在浙江和福建地區發動了大規模的武裝起義（詳見下章）。
本章最後要敘述的是元代武林中最具影響力的兩大集團：少林和武當。這兩個主要勢力的矛盾與衝突將對十四世紀的武林走向產生決定性的作用。
少林派是中國歷史上最悠久的門派，在許多世紀中都是江湖世界的最高領導者。但由於南宋初年的內亂和分裂而於此後中衰一百餘年，以致未能參與華山論劍活動。在全真教崛起