一個發言的人都稱全民公決是對保留蘇聯的肯定，這是對投票結果的重大歪曲。不管怎樣，他們的講話為整個會議定了調。
與會的大部分發言者都對支援真正改革的人予以譴責。被選為“全軍黨委會”書記的米哈伊爾蘇爾科夫聲稱：“目前，一些勢力不僅利用這些（改革）口號削弱共產黨在武裝部隊中的影響，而且從他們自己的利益出發改變軍隊的發展方向。”他甚至反對從組織機構上將黨政分開的原則，指出：“武裝部隊只應當聽從一個黨即執政黨的指揮現在，共產黨就是執政黨。”反對改革的代表們在虛偽的吵嚷聲中將他們自己打扮成維護軍隊利益的鬥士，堅持認為民主派和改革派企圖破壞軍隊的“一長制”。長期以來，政治機關和總政治部才是導致“一長制”出現混亂的源泉。只要蘇聯仍然致力於推進國際階級鬥爭和埋葬資本主義，黨在軍官隊伍中的影響就會存在。過去的四年裡，推行國際階級鬥爭和埋葬資本主義等口號已不再是蘇聯的政策，這樣，黨在軍隊中建立完備的組織體系的理論基礎也就不復存在。戈爾巴喬夫的政治改革是將軍隊的控制權交給議會和國家行政部門，而不是交給某個政黨。
第一屆全軍黨代會使總政治部搖身一變，成為“全軍黨委會”，其領導地位基本上沒有實質性的變化。退黨後被開除出列寧軍政學院的政治軍官維克托庫茲涅佐夫上校公開指出，黨依然控制著軍隊的指揮體系，其主要做法是黨不按照關於社會組織的國家法律行事。蘇爾科夫將軍向媒體透露說，軍隊中新的黨組織“並不是新成立的什麼黨，我們還是軍隊中的那些共產黨員這些人在組織上都是政治機關的人”。
1991年“八月事件”後，人們已清楚地看到總政治部在生死存亡的鬥爭中如何有效地保護了自己。沙波什尼科夫空軍元帥取代亞佐夫成為國防部長後，所考慮的一個主要問題是不僅要取消政治機關，而且要禁止黨在軍隊中的一切活動。事實上，在他被任命為國防部長的前一天，他就向國防部軍事委員會會議建議（國防部軍事委員會會議在未遂政變結束後也是這樣向莫伊謝夫建議的，並請他轉告戈爾巴喬夫）應實行“非黨化”。莫伊謝夫同意了，但前總政治部主任什利亞加將軍表示反對，他嘲諷沙波什尼科夫說：“你還年輕，年輕氣盛啊！”
沙波什尼科夫是不會輕易上當的。“八月事件”期間，他拒絕了國務委員會要求實行緊急狀態的請求，同時也鼓足勇氣向黨宣戰。據他自己說，他的決定並不是機會主義行為，而是過去幾年的感覺累積的結果，即認為必須實行包括結束共產黨專制權力在內的根本性的政治改革。與什利亞加爭吵後的第二天早晨，沙波什尼科夫就在空軍司令部軍事委員會會議上宣佈了他的退黨決定。對他的這一做法，除一人反對外，大家都表示支援。那天沙波什尼科夫退出了蘇聯共產黨。
沙波什尼科夫作為國防部長走馬上任後，繼續推行自1990年1月以來莫伊謝夫和亞佐夫就著手執行的軍事改革計劃。但他很快發現，儘管總政治部是激進改革的物件之一，但改革工作僅僅是表面上的，既沒有達到實現非黨化的目的，也沒有實行非黨化的有效手段。他很快就向部長會議提交了以徹底廢除政治機關為主要內容的改革方案。部長會議透過了他的全部方案，但實施命令遲遲未見簽署，他被告知實施命令還需經過最高蘇維埃的同意。9月中旬，戈爾巴喬夫頒佈了一項總統法令，禁止任何黨派或團體在國防部、克格勃和內務部從事政治活動，他還在國防部設立了一個委員會，負責清理剩餘的未改組的政治機關——當時已被改為正式的“國家組織”。該委員會的一名成員亞歷山大列別德中將把委員會的工作描述得一塌糊塗，他只參加了三次會議後，就拒絕繼續參加。洛帕京少校在會議結束後還與國防部副部長科切托夫將軍辯論，而委員會主席沃羅比約夫上將則始終受到一個名叫杜布羅夫斯基的上校的冒犯，後者要求將“近98000名”政治軍官召集到莫斯科來進行信任審查。列別德認為該委員會的這種粗俗和不切實際的工作方法荒謬至極，所以退出了委員會。列別德自己對此事情的描述不免摻有感情成分，但他提供的年輕改革派與將軍們鬥爭的情況卻是可信的，該委員會最後一事無成。
就在新任國防部長沙波什尼科夫全力推動戈爾巴喬夫期待已久的改革程序時，推進改革的組織機構暴露出了自己軟弱、渙散、難以勝任的問題，沙波什尼科夫發現短時間內遣散數以萬計的政治軍官並非易事。1992年夏天，因為政治機關作為國家機構保留了下來，大部分政治軍官都陸續地轉移到剛剛組建的俄羅