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無疑地，居正是在考慮應否守制的問題了。十月初二日奉聖旨：
卿篤孝至情，朕非不感動，但念朕昔當十齡，皇考見背，丁寧以朕屬卿，卿盡心輔導，迄今海內乂安，蠻貊率服，朕沖年垂拱仰成，頃刻離卿不得，安能遠待三年？且卿身系社稷安危，又豈金革之事可比？其強抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委託之重，勿得固辭。（見上）
奉旨以後，居正上《再乞守制疏》，十月初五日復奉聖旨：
覽奏，詞益哀懇，朕惻然不寧。但卿言終是常理，今朕沖年，國家事重，豈常時可同？連日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，猶以為遠，矧曰三年！卿平日所言，朕無一不從，今日此事，卻望卿從朕，毋得再有所陳。（見奏疏六《再乞守制疏》）
神宗甚至和呂調陽、張四維說起，即使居正再上百本，亦不能準。守制的請求，已經成為僵局，居正只得再從旁面提出，他說：
仰窺皇上之心，不過以數年以來，舉天下之重，盡屬於臣，見臣鞠躬盡瘁，頗稱意指，將謂國家之事，有非臣不辦者。此殆不然也！夫人之才識，不甚相遠，顧上用之何如。臣之不肖，豈真有卓犖超世之才，奔軼絕塵之力，惟皇上幸而用之，故臣得盡其愚耳！今在廷之臣，自輔臣以至於百執事，孰非臣所引薦者？觀其器能，鹹極一時之選。若皇上以用臣之道而用諸臣，諸臣以臣心之忠而事皇上，將臣平日所稱聖賢道理，祖宗法度，此兩言者，兢兢守之，持而勿失，則固可以端委廟堂而天下鹹理。是臣雖去，猶未去也，何必專任一人，而使天下賢者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二歲，素嬰多病，昨有家人到，致臣母意，囑臣早歸。田野之人，不知朝廷法度，將謂臣父既沒，理必奔喪，屈指終朝，倚間而望，今若知臣求歸未得，相見無期，鬱郁懷思，因而致病，則臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝養兩宮，何不推此心以及臣之母乎？（同卷三《乞守制疏》）
神宗底聖旨又下了，他說：
朕為天下留卿，豈不軫卿迫切至情，忍相違拒？但今日卿實不可離朕左右。著司禮監差隨堂官一員，同卿子編修嗣修，馳驛前去，營葬卿父；完日，即迎卿母，來京侍養，用全孝思。卿宜仰體朕委曲眷留至意，其勿再辭。（見前）
這道聖旨，由內閣傳下，神宗再命司禮監太監何進帶去親筆諭旨：
諭元輔：朕以幼衝、賴先生為師，朝夕納誨，以匡不逮。今再三陳乞守制，於常理固盡，於先帝付託大義，豈不鮮終？況朕學尚未成，志尚未定，一日、二日萬幾，尚未諳理；若先生一旦遠去，則數年啟沃之功，盡棄之矣。先生何忍！已有旨，特差司禮監官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，來京侍養，以慰先生孝思，務要勉遵前旨，入閣辦事，豈獨為朕，實所以為社稷，為蒼生也。萬望先生仰體聖母與朕惓惓懇留至意，毋勞又有所陳。（見同卷《謝降諭慰留疏》）
這時御史曾士楚，給事中陳三謨都上疏，請留居正了。吏部尚書張瀚奉上諭慰留居正，連忙和左侍郎何維柏商議。
“丁憂守制，”維柏說，“是天經地義的事，遷就不得的。”張瀚底宗旨決定了，索性給他一個不理。吏部司官們和尚書說，請他復奏，張瀚只是一味地裝糊塗。他說：
大學土奔喪，應當加恩；這是禮部底事，和吏部有什麼相干！
皇帝奪情的詔書屢次下來了，官員們正在紛紛請留居正，張瀚只是捶著胸膛嘆息，他認為從此以後，綱常掃地，對於奉命慰留居正的上諭，始終置之不理。給事中王道成，御史謝思啟上疏彈劾張瀚、何維柏，其結果張瀚勒令致仕，維柏罰俸三月，一切都是十月初的事。
奪情的局勢既成，居正沒有迴旋的餘地，他只有承認了。他說：＇更多精彩，更多好書，盡在＇5 １ 7 Ｚ 。 c Ｏ m＇
凡朝士大夫，見者聞者，無不恫切嘆頌，皆以大義責臣，謂殊恩不可以橫幹，君命不可以屢抗，既以身任國家之重，不宜復顧其私。臣連日枕塊自思，且感且懼，欲再行陳乞，恐重獲罪戾。且大婚期近，先帝之所付託，與國家之大典禮，莫此為重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，雖居田裡，於心寧安？用是茹忍哀悰，不敢再申前請，謹當恪遵前旨，候七七滿日，不隨朝，赴閣辦事，隨侍講讀。（同卷《