乞暫遵諭旨辭俸守制預允歸葬疏》）
他提出五個條件，（一）所有應支俸薪，概行辭免；（二）所有祭祀吉禮，概不敢與；（三）入侍講讀，在閣辦事，俱容青衣角帶；（紅袍玉帶為吉服，故言青衣角帶。）（四）章奏具銜，準加“守制”二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同來京。條件提出以後，奉聖旨：“卿為朕勉出，朕心始慰，這所奏，俱準。歸葬一節，還候旨行。”（見前疏）
居正奪情之事，雖然是局勢造成的，但是造成這個局勢的，何嘗不是居正？張瀚勒令致仕的時候，居正還沒有承認在閣辦事，但是他已經推薦王國光繼任吏部尚書了。他和國光說：“銓衡重任，非公不足以當之。比時孤方乞歸，然不敢以去國之故，而忘謀國之心，故敢以公進。然公之忠亮，實素簡於帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以為用舍也。”（書牘九《答太宰王疏庵》）在苫甴昏迷的當中，居正何嘗有一日忘去政權？居正稱道伊尹，（文集十一《雜著》）也許他看上伊尹以天下自任的那一點，但是以天下自任，正是熱中政權的一個解釋。
從居正十九年沒有看見文明一面的事實看來，父子之間的感情，委實已經生疏了。居正和文明中間，無論在志趣上，在事業上，都看不出一些共同的場所。十九年的日月，三千里的距離，在父子之間，造成最大的隔閡。居正當然知道丁憂只是二十七個月的請假，在這個時間以後，隨時可以起復。但是起復只是一個理論。徐階致仕了，陳以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重來以外，其餘沒有一個再看到北京的城闕。政權正和年光一樣，是不輕易迴轉的。居正自從二十三歲舉進士以後，經過三十一年的政治奮鬥，才取得現在的政治地位，他怎能不留戀呢？
明朝的故事，首輔去位三日以後，次輔便把座位，從內閣的右邊遷到左邊，翰林院後輩和內閣僚屬都穿紅袍到內閣道賀。這一次他們穿紅袍到內閣來了，大家向次輔呂調陽道賀。調陽是一個老實人，他雖然沒有把座位移到左邊，但是居然接受大眾底道賀。一切增加居正底恚忿。他認識自己還沒有去位，人情已經變了，將來當真去位，那還了得！夏言、嚴嵩對於當日的政權，都曾經支付血腥的代價；以後徐階、高拱，也都經過最大的危險。現在會不會需要自己償還這一筆血債！
留戀、畏懼，這兩種強烈的情緒，佔有居正底胸中。但是最大的原因，還是他捨不得當時的國家。在自己當國的五年三個月中間，整個明朝，已經從困頓的狀態中解放出來，成為富強的國家；自己去位以後，會不會重行回到困頓中去？這一切，只為了一個十九年不曾見面的父親，代價未免太大了。居正覺得李幼孜底語句還在自己耳朵裡響著：
皇帝沖齡，天下不可一日無相公，相公怎樣忍得回去守制呀！
這樣他才決定辭俸守制的辦法。萬曆八年他在奏疏中說過：
臣又查得前代典禮與本朝律令，凡奪情起復者，皆居官食祿，與見任不殊。故先年大學士楊博、李賢等，皆從服中升官考滿，以事同見任故也。今臣乃辭俸守制，皇上原未奪臣之情，臣亦未嘗於制中起復，比之諸臣，事體原自不同。（奏疏九《辭考滿加恩疏》）
居正辭俸守制，但是神宗沒有讓他枵腹從公的道理，所以萬曆五年十月傳旨：
元輔張先生，俸薪都辭了。他平素清廉，恐用度不足，著光祿寺每日送酒飯一桌，各該衙門每月送米十石、香油三百斤、茶葉三十斤、鹽一百斤、黃白蠟燭一百支、柴二十扛、炭三十包，服滿日止。（見奏疏六《謝內府供給疏》）
居正曾和順天巡撫陳道基談起當日的心境：
唁貺再臨，又辱別諭云云，敢不敬承雅意。但孤暫留在此，實守制以備顧問耳，與奪情起復者不同；故上不食公家之祿，下不通四方交遺，惟赤條條一身，光淨淨一心，以理國家之務，終顧命之託，而不敢有一毫自利之心；所謂或遠或近，或去或不去，歸潔其身而已。此孤之微志也。（書牘九《答薊鎮巡撫陳我度言辭俸守制》）
“辭俸守制”是居正發見的名辭，但是一般人目光中，只看到他不奔喪，不守制，怙權貪位。居正曾經談到“聖賢道理，祖宗法度”，這句話更引起他們底反感。《論語》是一部家喻戶曉的書，那一個不曾讀過？在宰我提出要把三年之喪更行縮短的時候，孔子生了大氣，《論語》裡還記著：
宰我出，子曰：“予之不仁也！子生三年，然後免於父母之懷。夫三年之喪，天下之通喪也。予也，有三年之愛於其父母乎