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但是這一次又是一度嚴重的失敗。山東方面，一則惟恐運河改道，對於西部的繁榮，發生影響；二則眼見開鑿新河，東部的勞役，非常煩重：山東的輿論動搖了，山東巡撫李世達也動搖了，連帶徐栻也起了動搖。居正立刻去信：
僕聞疑事無功，疑行無名，明主方勵精圖治，詢事考成，豈宜以未定之議，嘗試朝廷哉？神禹大智，猶必親乘四載，遍歷九土，至於手足胼胝，而後能成功。方其鑿龍門之時，民皆拾瓦礫以擊之。蓋眾庶之情，莫不欲苟安於無事，而保身自便者，孰肯淹留辛苦於泥塗橫潦之中，此眾議之所以紛紛也。願公主之以剛斷，持之以必行，心乎為國，畢智竭忠，以成不朽之功。凡粘滯顧忌，調停人情之說，一切勿懷之於中，又親歷工所，揆慮相度，分任責成。若憚勞不親細事，徒寄耳目於人，則紛紛之議，將日聞於耳，雖勉強圖之，亦具文而已，決不能濟也，幸公熟圖之。若果未能堅持初意，恐拂眾心，則亦宜明告於上，以謝昔建議之為非，而後重負可釋耳。此國之大事，不敢不盡其愚，幸惟鑑有。（同卷《答河道徐風竹》按題銜誤。）
這是萬曆三年冬間的事。四年正月，徐栻奏稱估計鑿山引水，築堤建閘，工費該銀九十餘萬。在國家歲出歲人，都在三百萬上下的時候，這不能不算一個不小的數字。居正認定這是徐栻“故設難詞，欲以阻壞成事”，這時劉應節已改戎政尚書，二月間，再著應節暫解營務，赴山東會同徐栻開河。事情似乎有了辦法，但是應節到了山東以後，和徐栻發生重大的異議。同樣一條膠萊新河，應節主張通海，徐栻主張引泉，關於水源方面，有了絕對不同的主張。但是在分水嶺方面，勢必動工開鑿，這是應節和徐栻都不能不應付的問題。山東巡按御史商為正奉命挑驗。據他底結論，“雖二百餘萬金，不足以了此”，經費方面，困難極大。應節主張通海，但是海水一來，海沙連帶也來，因此應節主張建閘障沙。山東巡撫李世達認為海沙和海水同來；他說，“竊以謂閘閉則潮安從入，閘啟則又安從障也。”全河長二百七十里，據應節所計，海潮自南口入，凡五十里；自北口入，凡一百八十里：這是說在二百七十里之中，可以通潮的二百三十里。但是據世達所計，除大風迅烈，海潮狂湧的時候以外，南潮所及，距海口二十里，北潮所及，距海口六十里，和應節底估計，便有很大的距離。當然，在海潮不及的地方，可以引泉，但是世達論及泉水，以為“十月以後，日漸消耗，至春月泉脈微細，適值糧運湧到之時，雖置櫃設閘，以時啟閉，終不能使之源源而來，滔滔不竭也。”海潮不能來，泉水不敷用，水源發生問題，那麼二百餘萬金，還不是等於白費？
但是還有一個根本的問題。膠萊新河原是為著海運提出的動議，本來的計劃是漕船由淮入海，再取道膠萊新河入渤海灣。所以必須淮安以下的運河沒有問題，才談到這個計劃底實現。但是萬曆三四年間，運河沿岸高郵、寶應一帶，正是問題底中心。商為正說：“況海運必出自淮安海口，高、寶其所必經，高、寶不治，此河雖通，亦不能越而飛渡。”李世達說：“今當緝高、寶之堤，無徒殫財力於不可必成之膠河也。”他們也許有一些成見，但是他們底邏輯，不容人不重加考慮。居正沒有辦法，只有交工部集議。工部尚書郭朝賓複稱“事體委多窒礙，相應停罷以省勞費。”萬曆四年六月，罷膠萊新河，這是居正在法運方面第二次的失敗。以後他底注意，便集中到運河和黃河。
居正底兩次失敗，本來不是意外。他自己沒有治河的經驗，而且平生沒有經過這一帶，他憑什麼可以構成正確的判斷呢？他有堅強的意志，他能充分地運用政治的力量，但是在他沒有找到得力的幹才以前，意志和力量只能加強他底失敗，所以在無法進行的時候，他便毅然地承認失敗，這正是他底幹練。最可惜的，萬曆二年工部尚書朱衡致仕，失去一個有經驗、有魄力的大臣，假如居正能夠和他和衷共濟，也許可以減少一部分的失敗。萬曆三年，工科給事中徐貞明上水利議，認定河北、山東一帶都可興水利，供軍實。但是在交給工部尚書郭朝賓查復以後，朝賓只說“水田勞民，請俟異日”，打銷了一個