居正輒曰，“我力調劑，故止是”；得一溫旨，居正又曰，“我力請而後得之。”由是畏居正者甚於畏陛下，感居正者甚於感陛下。威福自己，目無朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，臺、省奏陳，部、院題復，撫、按奉行，未聞閣臣有舉劾也。居正令撫、按考成章奏，每具二冊，一送內閣，一送六科：撫按延遲則部臣糾之，六部隱蔽則科臣糾之，六科隱蔽則內閣糾之。夫部院分理國事，科臣封駁奏章，舉劾其職也。閣臣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已。居臣創為是說，欲脅制科臣，拱手聽令。祖宗之法若是乎？
至於按臣回道考察，苟非有大敗類者，常不舉行，蓋不欲重挫抑之。近日御史俞一貫以不聽指授，調之南京，由是巡方短氣，莫敢展布。所憚獨科臣耳，居正於科臣，既啖之以遷轉之速，又恐之以考成之遲，誰肯舍其便利，甘彼齮齕，而盡死言事哉？往年趙參魯以諫遷，猶曰外任也；餘懋學以諫罷，猶曰禁錮也；今傅應禎則謫戍矣，又以應禎故，而及徐貞明、喬巖、李禎矣。摧折言官，仇視正士，祖宗之法如是乎？
至若為固寵計，則獻白蓮、白燕，致詔旨責讓，傳笑四方矣；規利田宅，則誣遼王以重罪而奪其府地，今武岡王又得罪矣；為子弟謀舉鄉試，則許御史舒鰲以京堂，佈政施堯臣以巡撫矣，起大第於江陵，費至十萬，制擬官禁，遣錦衣官校監治，鄉郡之脂膏盡矣；惡黃州生儒議其子弟幸售，則假縣令他事，窮治無遺矣；編修李維楨偶談及其豪富，不旋踵即外斥矣。蓋居正之貪，不在文吏而在武臣，不在內地而在邊鄙。不然，輔政末幾，即富甲全楚，何由致之？宮室、輿馬、姬妾、奉御，同於王者，又何由致之？在朝臣工，莫不憤嘆，而無敢為陛下明言者，積威之劫也。
臣舉進士，居正為總裁；臣任部曹，居正薦改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢訟言攻之者，君臣誼重，則私恩有不得而顧也。願陛下察臣愚悃，抑損相權，毋俾僨事誤國，臣死且不朽。
劉臺底奏疏上去了，居正想起明朝開國二百餘年，從來沒有門生彈劾座主的故事，偏偏自己在隆慶五年所取的進士，竟對自己提出彈劾，這是一個異常的刺激。三、四年來，當國的苦辛，劉臺不一定明白，但是劉臺既請皇上抑損相權，自己以後怎樣辦事？最使居正痛心的，是劉臺所提出的幾點，不一定是對的，然而也不一定全無根據。是劉臺底誣衊呢，還是他底不能體諒？自己底門生，一手提拔的人，還不能體諒，以後又怎樣辦事？自己是大臣，當然談不到和劉臺辯駁，他和神宗說：
依法，巡按御史不得報軍功；去年遼東大捷，劉臺違制妄奏，法應降謫，彼時臣僅請旨戒飭，劉臺已經憤憤不已。後來御史傅應禎妄言下獄，請旨窮詰黨與，當時並不知道劉臺和傅應禎同鄉親近，從中主持，因此劉臺妄自驚疑，全不顧忌，對臣洩恨。二百年來，沒有門生彈劾座主的故事，如今臣惟有一去以謝劉臺。
神宗看到居正跪在御座前面，眼淚簌簌地直下，只有自己扶他起來，和他說：
先生起，朕當責臺以謝先生。
居正仍是具奏請求致仕，神宗下旨慰留道：
卿赤忠為國，不獨簡在朕心，實天地祖宗所共降監，彼讒邪小人，已有旨重處，卿宜以朕為念，速出輔理，勿介浮言。
皇上底恩意很顯然了，但是居正還是感覺到辦事底困難，他再疏乞休道：
臣捧讀恩綸，涕泗交集，念臣受先帝重託，既矢以死報矣。今皇上聖學，尚未大成；諸凡嘉禮，尚未克舉；朝廷庶事，尚未盡康；海內黎元，尚未鹹若；是臣之所以圖報先帝者，未盡其萬一也，臣豈敢以去？古之聖賢豪傑，負才德而不遇時者多矣，今幸遇神聖天縱不世出之主，所謂千載一時也，臣又豈可言去？皇上寵臣以賓師不名之禮，待臣以手足腹心之託，相親相倚，依然藹然，無論分義當盡，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去為請者，非得已也！蓋臣之所處者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣為擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也則福也。自今以往，將使臣易其塗轍，勉為巽順以悅下耶，則無以逭於負國之罪；將使臣守其故轍，益竭公忠以事上耶，則無以逃於專擅之譏。況今讒邪之黨，實繁有徒，背公行私，習弊已久，臣一日不去，則此輩一日不便，一年不去，則此輩一年不便。若使臣之所行者，即其近似而議之，則事事皆可以為作威，事事皆可以為作福，睊睊之讒日譁於耳，雖皇上聖明，萬萬不為之投杼，而使臣常負疑謗