硬幣久已脫離聯絡，成為不換紙幣，只有在頒賞的時候，數量激增，成為意外的壯觀。銅錢和銀兩，雖然多少有些本位幣和輔幣底關係，但是中間並沒有固定的兌換率，錢少了，錢和銀兩的比率便提高，錢多了，錢和銀兩的比率便降低。所以實際上錢和銀兩的關係，不是輔幣和本位幣的關係。洪武年間，每錢千文換銀一兩；到了嘉靖年間，錢太多了，且私鑄盛行，形式薄劣，落到六、七千文換銀一兩。在錢法既壞已後，於是通令對於錢的行使，分出等級來；嘉靖錢七百文換銀一兩，洪武以來諸朝的錢千文換銀一兩，古錢三千文換銀一兩，一切濫惡小錢禁止行使。法律雖然有了明文的規定，市場上還是無從整頓。錢法混亂，事態已經非常嚴重。偏偏神宗傳旨鑄錢行使，他看到化費工部底工本，而增加內庫底儲藏，真是一件便宜的事。但是他卻沒有曉得通貨的濫發，只能增加市場的混亂。四月十九日居正上疏道；
臣等查得萬曆四年二月，奉聖旨：“萬曆通寶制錢，著鑄二萬錠，與嘉靖、隆慶等錢相兼行使，戶、工二部知道。欽此。”本月又該工部題鑄造事宜，節奉聖旨：“錢式照嘉靖通寶，鑄金背一萬四千錠，火漆六千錠，著以一千萬文進庫使用。欽此。”萬曆五年二月內，該戶部進新鑄制錢，又奉聖旨：“這錢錠還查原定二萬之數，以一半進內庫應用，一半收貯太倉。欽此。”及查工部題議，制錢二萬錠，該錢一萬萬文，用工本銀十四萬九千兩，大半取之太倉銀庫，此奉旨鑄錢之大略也。臣等看得先朝鑄造制錢，原以通貨便民，用存一代之制，鑄成之後，量進少許呈樣，非以進供上用者也。今若以賞用缺錢，徑行鑄造進用，則是以外府之儲，取充內庫，大失舊制矣。且京師民間，嘉靖錢最多，自鑄行萬曆制錢之後，愚民訛言，便謂止行萬曆新錢，不行嘉靖舊錢，小民甚以為苦。近該五城榜示曉諭，民情少定。今若又廣鑄新錢，則嘉靖等項舊錢，必致阻滯不行，於小民甚為不便。又與原奉聖旨，與嘉靖、隆慶等錢，相兼行使之意相背。臣等措度事體，似為未便。伏望聖明裁審，暫停鑄造進用之旨，待二、三年後，如果民間錢少，再行鑄造，亦未為晚。仍乞皇上曲納臣等節次所陳狂愚之言，敦尚儉德，撙節財用，諸凡無益之費，無名之賞，一切裁省，庶國用可充，民生有賴。不然，以有限之財，供無窮之用，將來必有大可憂者。臣等備員，敢不盡其愚，伏惟聖明亮察。（奏疏八《請停止輸錢內庫供賞疏》）
神宗得疏以後，傳旨停鑄。是月，居正上雝肅殿箴：
北極紫宮，惟皇宅中，身為民表，心與天通。斯須不和則乖戾起，斯須不敬則傲慢叢，念常生於所忽，禍乃發於無窮。是以聖人事心，天命是敕；欽厥止，日謹萬幾；處深宮，心周八極；不以嗜慾滑和，不以逸豫滅德。無作好，無作惡，藹藹熙熙，如春斯煦；無荒色，無荒禽，兢兢惕惕，如淵斯臨。勿謂燕間，人莫與觀？一喜一怒，作人燠寒。弦急者絕，器平者安，優優和衷，為君實難。勿謂宥密，人莫與弼？一動一言，恆為度律，危懼則存，驕泰則失，昭昭神明，相在爾室。在昔成周，宇內太和，由雝雝其在宮，友琴瑟而不頗。亦曰懿恭，小民懷保，由肅肅其在廟，克對揚於祖考。我皇睿哲，是謂智臨，匪高明之不足，貴育德於靜深。我皇撫運，是謂開泰，匪豐亨之丕臻，懼此心之或佚。樂以平其情，雖鍾簴不設，而若聞希聲，然後心和氣和而天下平。禮以飭其志，雖升降未施，而若持重器，斯謂無逸乃逸而天下治。故曰，沖和者養威，淡泊者養祿，惕勵者養安，優勤者養樂。以古為師，於何不儀？平平周道，惟皇建之。以心為鑑，於何不見？穆穆文王，惟皇所憲。朽索在手，勿謂無傷！覆車在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎終如始，萬壽無疆。（文集二）
萬曆七年四五月間，發生兩次封爵的問題：一次是皇親王偉封永年伯，（《明史·外戚恩澤侯表》作萬曆五年封，誤）一次是遼東總兵李成梁封寧遠伯。王偉是王皇后底父親，神宗底岳父。神宗大婚，授王偉都督同知，現在命文書官邱得用，口傳聖旨，王偉著進封怕爵，吩咐內閣擬旨。神宗連正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陳萬言封爵的故事，都送來了。居正無從拒絕，他說：“但既有正德以後事例，王偉系中宮至親，臣等不敢抗違。”但是他也指出：
臣等恭照聖祖定製，公、侯、伯爵非有軍功，不得濫封。國初如魏、定兩公；自以佐命元勳，連姻帝室，彭城、惠安，雖託籍戚里，然亦半有軍功，昨上剖符，皆無容議。宣德中季，始有恩澤之封，宏治以來，遂為故事，然實非高皇帝之舊制也