到1939年止，共有5756艘船隻編入了護航運輸隊，僅有17艘被擊沉，德國也損失了9艘潛艇。而單獨航行的商船卻有97艘被德國潛艇擊沉。
在1940年7月至10月間，單獨航行的商船有144艘被擊沉，而編入護航運輸的商船被擊沉的僅73艘，德國還損失了6艘潛艇。這些數字證明了建立護航運輸隊系統是正確的，但是仍有人對此表示懷疑。
一種批評意見認為，護航運輸隊系統會使大量商船噸位滯留在港內，等待編成適當的護航運輸隊。還有一些人把護航運輸隊看作是單純的防禦手段，認為進攻的精神應該更多一點。這種意見造成的結果，是花費了大量時間和人力編成驅逐艦和航空母艦“搜尋群”去搜尋潛艇。這種方法早在第一次世界大戰中就已證明是無效的。
護航運輸隊系統雖然再次證明不能有效地擊沉潛艇，但是它卻能迫使德國潛艇離開某巡邏區。令人奇怪的是，英國海軍部已有了1917年至1918年的教訓，卻還要說服自己去組成這些“搜尋群”，尤其是有一段時間，德國潛艇顯然較少，未超過7艘，而且商船的損失也不太大，但還要用昂貴的艦隊與航空母艦去執行這種沒有多大價值的任務。
艦隊中航空母艦特別容易遭到攻擊，9月17日黃昏，“勇敢”號航空母艦上的飛機和4艘護衛艦中的2艘去搜尋1艘德國潛艇。據報告，該潛艇準備攻擊1艘商船。就在這時“勇敢”號航空母艦被德潛艇擊沉。德潛艇雖遭到其餘的護航艇只用大量深水炸彈進行攻擊，但僅僅受到了來回震動，還是返回了基地。這是航空母艦在進行反潛巡邏時第二次遭受攻擊。
9月14日，“皇家方舟”號航空母艦遭到u—39的攻擊，u—39很快就被“福克納”號、“火龍”號和“狐狸”號擊沉。在那天傍晚，從“皇家方舟”號上起飛的第803中隊3架“大鷗”式飛機在u—30潛艦下潛時，對它進行了攻擊。
不巧反潛炸彈在空中提前爆炸，不但沒有炸燬潛艇，反而炸掉了兩架飛機。
這就是當時反潛武器效率低的一個明顯例證。在這些事件之後，英國海軍部再也不能無視航空母艦在反潛巡邏時受到的這些威脅了，於是決定搬走航空母艦，但是幾個驅逐大隊仍在海上進行了幾個月的反潛巡邏。
在以後的18個月中，海軍航空兵的飛機多次從岸上基地起飛進行反潛巡邏。
這些飛機由英國空軍透過區域指揮部進行控制。由於航空母艦進行反潛巡邏遭到失敗，護航艇缺乏，加之反潛部隊未能達到海軍大臣丘吉爾的要求，未能擊沉那麼多潛艇，11月19日丘吉爾向內閣會議提出了一頂建議，要求橫跨北海佈設一個雷區，他認為這是對付德國加強了潛艇戰的很有遠見的防禦措施。1939年9月至10月，多佛爾海峽已佈設了反德國潛艇的深水雷區。
經過對“中立法”進行激烈的爭論和討論之後，於11月30日決定繼續完成約需兩年佈設完181000個水雷的方案。
飛機能夠使潛艇下潛，還能夠使潛艇不敢在水面上機動，這點已經得到證實。飛機應當更多地進行反潛巡邏和護艦而不是進行一般性偵察，這點也受到了重視。這就需要對岸防航空兵支援海軍作戰的任務重新進行評價。
11月13日頒佈了一項新命令，代替了1937年12月頒佈的命令。新條款中的第二點是：以後岸防航空兵的反潛任務與其偵察任務同樣重要。關於122號命令中的第一點，岸防航空兵已於8月23日開始在北海上空進行一般性偵察巡邏：護航運輸隊系統一組成，就在岸防航空兵的每個機場的活動半徑內，為每支護航運輸隊各派一架飛機進行護航，反潛巡邏還沿著護航運輸隊的護航線進行。
遺憾的是，由於戰前不重視岸防肪空兵，因此，能完成這項任務的飛機太少。為彌補岸防航空兵飛機的不足，英國還採用了在第一次世界大戰中使用過的戰術，即徵用了地方飛行俱樂部大量沒有裝備的飛機，沿海岸進行反潛巡邏飛行。這些“稻草人”巡邏飛行，主要由“虎蛾”式飛機實施，一直持續到1940年春法國陷落後，這種巡邏飛行不可能進行時為止。
1940年1月30日，岸防航空兵第一次擊沉了1艘潛艇。當時第228中隊的一架“桑德蘭”式飛機非常成功地追逐了擊沉oa80護航運輸隊中2艘船的u—55潛艇，然後驅逐艦“惠特謝德”號和“瓦爾米”號被召到現場，向匆忙撤逃的u—55潛艇射擊。這表明水面和空中護航兵力在戰術上緊密配合的重要性在不斷增