軍逐出義大利的總體計劃。後來，在巴黎“測繪局”供職時，他又在更大的規模上發揮了這一構想。他設想用義大利軍團侵入蒂羅爾，與部署在萊茵邊境由莫羅指揮的萊茵——摩澤爾軍團和儒爾當指揮的桑布林——默茲軍團，共20萬法軍聯合進軍維也納。這一巨大的鉗形運動目前正在形成，因為博利厄的軍隊正在他的面前全線潰退。他們此刻只求在特倫蒂諾阿爾卑斯山的要塞中找個安身之所。
然而，督政府的戰略目標卻沒有他這樣野心勃勃。自頭一年的11月份以來，法國政府的實權掌握在五個督政官手中，他們是：勒圖爾納、卡爾諾、巴拉斯、勒貝爾和拉·萊波—雷韋伊埃。其中，卡爾諾號稱“勝利的組織者”，是一位謹慎的計劃師，顯然也是督政府的戰略顧問。他一向認為拿破崙對維也納發動規模巨大的向心攻擊的想法是一種瘋狂的幻想。在3月6日給拿破崙的指示中，根本就沒有提及這些遙遠的戰略目標。交給他的任務只有三項：一、征服皮埃蒙特；二、擊敗奧軍；三、佔領米蘭公國。至於下一步幹什麼，卡爾諾的計劃很簡單：奧軍在得到增援後將捲土重來，要準備在義大利與奧軍再決雌雄。鑑於法國財力枯竭，整個義大利正躺在拿破崙的腳下，而義大利又是歐洲最富饒的國家，因此法國必須儘量榨取義大利的資源。5月7日，督政府命令拿破崙將其大部分兵力交給阿爾卑斯軍團的克勒曼，由他接管米蘭地區並牽制奧軍。而拿破崙則率其剩餘兵力南下劫掠，佔領托斯卡納和巴馬，強迫熱那亞貸款，進軍羅馬迫使教皇納貢，最後，如有可能，就“解放”那不勒斯和科西嘉。
這種蓄意剪除鷹翼的做法使人不禁感到年長的卡爾諾對拿破崙頗有一點同行是冤家的妒忌心理。其他的督政官們也認為這隻年輕的鷹飛得太高了一點，或許不僅會飛出視野而且還有可能對他完全失去控制。最後，他們提請這位總司令注意，他今後的軍事行動必須經過軍團特派員加蘭和薩利切蒂的批准。5月14日，正是洛迪大捷後的第四天，拿破崙收到督政府下達的這些指示，便大發雷霆。他堅決抵制這些指示，不過，措辭還客氣。他對督政官們竟要他把軍隊一分為二並與年長的克勒曼共事特別惱火：要克勒曼在義大利與我聯合指揮的打算是失策的。我不可能自願的與一位以歐洲第一將才自居的人共事。此外，我認為即使用一位蹩腳的將軍主事也比用兩位優秀的將軍同時主事要好。拿破崙對於部隊調動必須報請特派員批准的指示也非常憤憤，儘管其中的一位是他的故交和同盟者薩利切蒂。最後，他提出了辭呈。督政官們拗不過這位血氣方剛的青年司令官，5月21日，卡爾諾以撫慰的措辭又給他寫了一封信，克勒曼的阿爾卑斯軍團仍繼續充當拿破崙的義大利軍團的兵員補充站。
拿破崙在米蘭停留了一週，以便休整並讓他那衣衫襤褸的部隊換裝。他從當地居民中勒索了80萬英鎊的鉅款，用現金給部隊發放了薪餉。帕維亞的居民起而造反，遭到了他的無情*。米蘭公國本是奧地利的一個封地，如今已在拿破崙的控制之下。他決定追擊正在朝蒂羅爾潰逃的博利厄殘部，為此，他必須穿越威尼西亞共和國的中立領土。5月27日，馬塞納的前鋒進入佈雷西亞；30日，他在瓦萊焦渡過明喬河並於6月1日在維羅納開設了司令部。然而在瓦萊焦發生的一個意外的小事件卻幾乎使其總司令慘遭不測。馬塞納的前衛部隊走後，拿破崙在橋邊的一所農舍裡歇息並進午餐。突然，一支奧軍騎兵偵察隊闖進了村子，一時槍聲四起。由於周圍沒有警衛，拿破崙及其參謀人員幾乎被俘，但總司令還是穿了一半衣服由後門逃了出去。這次僥倖逃脫後，拿破崙為自己建立了一支由兩營擲彈兵（由拉納上校指揮）和一個騎兵連（由貝西埃爾上尉率領）組成的私人衛隊。這就是其後第一執政所擁有的以及再往後發展為法蘭西皇帝所擁有的那支近衛軍的雛形。到6月初時，拿破崙不僅從奧地利總督費迪南大公手中奪回了整個倫巴第，而且還侵犯了威尼西亞共和國的中立。他這樣做並非師出無名，因為博利厄為了確保自己能退往特倫提諾，已經佔領了威尼西亞的佩斯基耶臘要塞。這是著名的中世紀四邊形要塞區中四座要塞的一座。這四座要塞是：佩斯基耶臘、維羅納、萊尼亞戈和曼圖亞，它們在西面扼守著通向威尼斯的要道。而這其中，唯一真正可守的要塞是曼圖亞，它也是奧地利的一個封地。由於該要塞幾乎完全為明喬河所環抱，而該河在這裡又氾濫形成一座湖泊，因此，若進行一般的圍城作戰，曼圖亞是攻不破的。這些要塞，尤其是維羅納和曼圖亞，對於爾後的軍事行動十分重要，因為它們控制著波河流域沼澤狀