天正六年（1578）六月廿六，九鬼嘉隆率治下的織田氏的志摩水軍開向木津川口，準備佔領石山外的海域。七月十六，毛利軍戰船六百艘也開到木津川口，準備再次痛殲志摩水軍。雙方水軍開始交火，但出乎毛利水軍意料，焙烙玉落到志摩水軍的安宅船上，竟毫無作用，根本燒不起來，火矢也扎不到戰船上，而是碰到船板就被彈入海中。志摩水軍船身相對高大，毛利軍士兵無法搭繩攀上敵船，頓時慌了手腳。穩坐高閣上的嘉隆哈哈大笑，將採配一甩，志摩水軍用大筒（大筒：日式大炮）和火槍開始還擊。毛利軍戰船密佈於海面之上，輕易地就被打中了，立時濃煙滾滾，烈焰翻騰，紛紛起火沉沒。第二次木津川口海戰，毛利水軍損失戰船百餘艘，倉皇逃回自家領內，威名盡喪。
原來，為了對付毛利水軍強大的火力，信長和志摩海賊出身的嘉隆絞盡腦汁，終於想出了制敵之法。嘉隆命士兵打造了很多鐵皮，釘在安宅船的船板之上，密不透風。嘉隆又在船上安裝了大筒，此次海戰中他一共打造了六艘這種安宅船。就這樣，水路又被織田軍控制，石山本願寺再次落入包圍之中……
第三十四回 背和約反亂本願寺 討荒木征伐眾藩國
天正八年（1580）三月，石山本願寺已被織田軍圍困了近兩年，法主本願寺顯如面對即將耗盡的軍備糧草一籌莫展，整天唉聲嘆氣，軍心士氣也日益下降。顯如無奈，決定向“佛敵”織田信長請和。信長也借朝廷名義向本願寺釋出敕書，意圖招安，顯如立刻回書同意議和。此戰中，本願寺已落下風，信長只是不願再浪費時間和人力物力而已。四月初九，顯如根據停戰協議將法主之位讓予其子本願寺教如，自己退出本願寺，攜妻遷居紀伊。
信長正在為成功解決了本願寺而舉杯暢飲之時，忽然聞報法主教如造反了。原來，教如等眾教徒不甘心失敗，顯如下山沒幾天，他們就糾合殘部重新佔領了本願寺。顯如聞訊，暗恨兒子如此按捺不住性子，以本願寺現在的勢力已無法與信長對抗，他本想留得勢力，以圖東山再起。如意算盤被打亂了，怒不可遏的顯如馬上宣佈斷絕與教如的父子關係。八月初二，屢戰屢戰的教如放棄抵抗，下山投降。石山本願寺重蹈了比叡山延歷寺的覆轍，它陷入火海之中，三天三夜的大火將百年古剎焚為灰燼，長達十年的石山戰爭也以一向宗的失敗而告終。
制服本願寺後，信長開始進行內部大清洗，將那些礙眼的家臣全部除掉。佐久間信盛是織田氏兩代重臣，他率領尾張、三河、大和等六國大軍，卻花了四年時間才搞定石山本願寺，這令信長心中不悅。信盛在增援三方原合戰時大敗而回，*伊勢長島的一揆又表現不佳，信長對這老朽極為不滿。這次信盛再也沒機會了，顯如下山僅四個月，信長就列舉了十九條“罪狀”，並寫成書信致予信盛，將他逐出了織田家，並流放到高野山，後世稱此信為“信盛十九條折檻狀”。不到一年，信盛便鬱鬱而終。家老林秀貞也因二十五年前在織田信行叛亂中充當主謀而被放逐，“美濃三人眾” 之一的安藤守就出仕織田氏後，先後參加了姊川合戰、三次隨軍征伐長島一向一揆，更數次奔波於北陸和播磨戰場，可謂戰功卓著。“美濃三人眾”之一的稻葉一鐵因隨信長上洛，建立戰功而受信長器重，守就對此極為不滿。三方原合戰前夕，守就和嫡子安藤尚就暗通武田信玄，後被信長髮現。這次，信長沒收了守就的所有領地，將其父子二人流放，丹羽長秀的親戚丹羽氏勝也揹負勾結武田氏的罪名被追放。
卻說天正六年（1578）十月廿一，近畿地區的織田氏重臣荒木村重被本願寺和毛利氏策反，在攝津的有岡城宣佈獨立。投降不久的小寺政職也在播磨的御著城反叛，策應荒木村重和三木城的別所長政，致使整個西線局勢陡然大亂，更切斷了三木城下的羽柴軍後路。信長急令瀧川一益和池田恆興包圍了有岡城，又命織田信忠圍攻御著城。
三木城下，羽柴軍大營內，黑田孝高進言道：“末將與村重同為天主教徒，凡教友皆為兄弟。願憑三寸不爛之舌，入城說降村重。”秀吉喜道：“如此甚好。”誰知，孝高進城後竟一去不返，杳無音信，秀吉不由得忐忑不安，軍中更傳出孝高投靠村重的傳聞。不知信長從何處得到這個訊息，令他心生暗鬼，下令秀吉處決在長濱城作人質的孝高嫡子松壽丸。竹中半兵衛趕忙向秀吉進言：“孝高公雖自持才學過人，稍些傲慢，但末將與其共事多年，深知其為人。末將願以項上人頭擔保，孝高公定不會背主降敵！”秀吉無奈道：“主公之意，誰人敢違？”隨後，他下令長濱城守軍處