且說日本著名景區琵琶湖位於近江（今滋賀縣，俗稱江州，大化改新時設定。古稱淡海，因境內的琵琶湖俗稱「近之淡海」而得名「近海（江）之國）中部，室町幕府在該國設有兩個守護，北近江守護由佐佐木氏庶流京極氏世襲，南近江守護由佐佐木氏嫡系六角氏世代相傳。鎌倉幕府末期，當主佐佐木道譽大力支援好友足利尊氏奪取天下。在道譽幫助下，尊氏建立起室町幕府，佐佐木氏也因此成為幕府最親近的一族。後來，佐佐木氏嫡系以京都的六角東洞院而聞名，遂改苗字為“六角”。室町幕府時期，六角氏控制了南近江，從京都到東國的幹道也在其掌控之中，因此十分富裕。北近江的京極氏時常尋機向南部擴張，當主六角久賴因抵抗不住而陷入絕望，最後以自殺尋求解脫，其年幼的嫡子龜壽丸接任守護，並由重臣山內政綱輔佐。不久，幕府突然解除了龜壽丸的南近江守護之職，改由其堂兄六角政堯出任家督（家督：一個家族的領袖，這個家族往往是佔有一定土地的土地所有者）。政堯上任不足兩年，將軍足利義政就因誤聽讒言而命他剃髮出家，龜壽丸再度繼任家督。
此時，應仁之亂爆發，京極氏加入東軍，政堯為了奪回家督之位而與京極氏聯合，六角氏則加入了西軍。六角軍在山內政綱和守護代（守護代：代理守護管理地方各國的家臣） 伊庭貞隆 率領下攻佔清水城，侵佔了延歷寺（位於今滋賀縣大津市坂本町比叡山內）的寺領。此後，六角軍在京都、近江連連失利，本城（本城：一般是大名居住的城池，大名在那裡管理領地、發號施令，功能就像一個國家的首都，一個省的省會一樣）觀音寺城更在應仁二年（1468）十一月被京極氏與政堯的聯軍攻破。政堯在東軍擁護的將軍足利義政的支援下再次成為南近江守護。文明元年（1469），京極氏當主京極持清代替政堯出任南近江守護。六角軍雖數次攻打觀音寺城，但在守護代 多賀高忠 的攻略下屢屢失利。文明二年（1470），持清猝死，六角軍趁機重佔了近江。翌年，義政第三次任命政堯為南近江守護，命其攻打近江。此時，龜壽丸已元服（元服：古代男子成年開始戴冠的儀式，泛用於日本，始於中國），改名六角高賴。他率軍攻佔清水城，迫使政堯切腹自盡。文明四年（1472），京極氏當主京極政高命多賀高忠從北部攻入近江，雖取得一定戰果，但最終被美濃（今岐阜縣南部，又稱濃州。古稱三野、御野）的齋藤妙椿擊敗而撤出近江。由於六角氏出兵進攻鄰國，東軍決定再度進攻近江。義政任命六角虎夜叉為南近江守護，又命京極氏征討高賴。文明七年（1475），京極軍聯合延歷寺僧眾與六角軍在觀音寺城展開決戰。六角軍雖奮勇作戰，終因寡不敵眾，在被俘數百人、戰死百餘人後，退入觀音寺城固守。攻城戰進行了月餘，守軍漸漸不支。千鈞一髮之際，土岐成賴、斯波義廉率領援軍及時趕到，東軍全線崩潰，再次被逐出近江，以此確立了六角氏在近江的統治地位。
應仁之亂後，高賴受幕府委任，第三次出任南近江守護一職，雙方的關係逐漸緩和下來。文明五年（1473）臘月十九，義政之子、年僅九歲的足利義尚正式出任“徵夷大將軍”。在戰亂中，高賴不僅侵佔了延歷寺的寺領，而且很多奉公眾（奉公眾：將軍直屬臣）的領地也被他霸佔，更有甚者，有些奉公眾因失去領地而被活活餓死。義尚親政後勵精圖治，一心要恢復幕府的往日威風，因此多次要求高賴歸還寺院和奉公眾的領地。高賴雖對幕府表示順從，但對歸還領地的幕令卻視而不見，拒不執行。
長享元年（1487），憤怒的義尚起兵*六角氏。九月十一，幕府軍先陣（先陣：意為先鋒）伊勢貞陸進駐近江的坂本，義尚本隊也在不久後於坂本粟田郡佈陣。九月二十，六角軍夜襲義尚本營，幕府軍猝不及防，先失一陣。隨後，雙方展開拉據戰。十月，義尚調尾張守護斯波義寬及其屬臣巖倉、清洲兩家織田氏參戰。高賴避敵鋒芒，移軍甲賀郡，以圖拉長幕府軍戰線。義尚則率兵移至真寶館佈陣，並建造御所，準備長期作戰。長享二年（1488）正月，義尚任命近習 結城尚豐 為南近江守護。九月，斯波氏因發生內訌不得已撤軍返回尾張。兩軍自開戰以來，相互拉據，戰況僵持一年半之久，戰事毫無進展。百無聊賴的義尚終日在真寶館的御所中飲酒作樂，擁姬攬妾。翌年三月，義尚因酒色過度病逝軍中，年僅二十五歲。六角征伐戰不得不就此罷休，幕府無奈，赦免高賴之罪。為緩和關係，高賴也許諾歸還延歷寺領地。義尚死後，義政再任將軍，一年後謝世。足利義視之子足利義稙是將軍夫人日野富子之