想陷害次輔沈鯉侍郎郭正域，他們都使人囑託陳矩幫忙，陳矩正言厲色地拒絕了他們。
不久，百戶蔣臣逮捕了生光。生光是京師的無賴，曾經偽造富商包繼志的詩，其中有“鄭主乘黃屋”的句，企圖要挾鄭貴妃兄弟和包繼志給他錢，所以人們懷疑他，逮捕了他。在酷刑審訊時，生光不招認；把他的妻妾子弟拷打得體無完膚，亦無人招認。但陳矩認為生光這次即使是冤枉，但上一次偽造詩句的事，已經該判死刑了。而且，如果這大案不能儘快查出作案人，皇上一定更怒，恐怕會輾轉拖累，了無止境。禮部侍郎李廷機亦認為生光以前的詩和這次“妖書”的內容相同。於是定案，判了生光凌遲處死。這樣，沈鯉、郭正域、周嘉慶和所有被株連的人，才得以轉危為安，社會秩序亦得以恢復平靜［87］。透過處理這案子，許多認識他和不認識他的官員，對他都很佩服，但陳矩只和郭正域、李廷機兩位講官友好地一揖，而不和其他官員拉扯關係。
萬曆時司禮監掌印太監田義墓，在北京石景山
區模式口村，建於萬曆三十三年（公元1605年），
至今儲存完好，已闢為“北京宦官文化陳列館”。
著者攝。
萬曆三十三年（1605），陳矩以掌東廠兼掌司禮監印，集糾政、監察大權於一身，這在明代宦官中也是少有的。雖然如此，他並沒有濫用權力，而是力圖救正時弊缺失。當時礦稅使流毒天下，民不堪命，許多廷臣先後疏諫，神宗都給予重懲。當大學士沈鯉進諫時，陳矩支援他，亦幫助進言，於是礦稅在不久後得到停止。［88］參政姜士昌上疏觸怒了皇帝，神宗要廷杖他。陳矩想，上次杖打王德完的時候，我就和太監田義極力加以勸阻，現在我當司禮監掌印，怎能讓廷杖朝臣的事再次發生。於是他乘皇帝召見的機會，苦苦勸諫，終於阻住了這次廷杖發生，只把姜士昌謫為興安典史。［89］
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二十、陳矩（2）
萬曆三十四年（1606），雲南發生民變，殺了貪酷虐民的礦稅使楊榮，神宗震怒，連飯也不吃，要嚴查變亂情況，並逮捕地方官員到京師審判。當時首輔沈一貫請了假，只有沈鯉在內閣，他不敢處置，把這事報告了陳矩，和他商議。陳矩便向皇帝密奏，說：“奉使的內臣當然是遵循法度，不敢胡作非為的，但他們的隨從僕役，難免會有個別無知惹事。如果僅僅歸罪於地方官員，派緹騎去逮捕他們到京審問，只怕往返路途遙遠，弄得到處驚慌，傳說紛紛，反而不妥，還是在當地調查清楚，從寬處理為好，這樣對安撫邊遠地區也有好處。”神宗聽他說得懇切有理，便採納了他的意見。一場軒然大波就這樣被他冷處理了。
福建礦稅使高繳獲了呂宋製造的器械和土特產，進送到京師，神宗讓陳矩寫票，“著內庫查收”。陳矩奏稱：“這是島夷小丑的一點點東西，現在讓內庫收儲，恐怕會使人誤會，以為聖朝希罕這點怪異的東西。還是寫著贓罰庫查收為妥。”從這件事，也可見他處事時是考慮到大局，慎重穩妥。
三十四年（1606），陳矩主持大審，有個御史叫曹學程的，因為諫阻封日本酋關白的事得罪問斬，已經坐了將近十年牢，雖有不少大臣請求赦免，但皇帝都不準。這次，司法部門請求陳矩放了他，陳矩抱歉地說他不敢。然而，他秘密地向皇帝求了情，解釋曹學程的冤枉，曹學程才終於被免了死刑，改判充軍湖廣寧遠衛。
萬曆中，宮內有個傳統習慣，就是在元宵燈節時，司禮監掌印太監等，各自擺設自己購得的器物、書畫手卷冊頁之類，給皇上鑑賞。某次，陳矩正好買到宋人所畫的《鬼子母揭缽圖》手卷。這幅畫暗淡素朽之中，顯得神采煥發，世尊的慈祥容貌幾乎可以觸控得到；鬼子母悲哀煩惱的形象很可憐；缽內的小孩用手按著地，兩眼看著外面，想出來又不敢出的樣子非常生動；一群妖魔鬼怪兇狠猙獰的面目栩栩如生。繪畫的手法，繁多而不紊亂，一定是宋人的真跡。陳矩對人說：“這卷畫很好，但不能給皇帝看，以免皇帝情疑我諫阻他責打宮人。”於是將一部《大學衍義補》連同這手卷一起，派人送給太子朱常洛（即位後為光宗）的伴讀王安，讓他轉交給太子，並說：“陳矩頂上千歲爺，請您明智地看這本書，有空時再看看這手卷。”人們知道這事後，都認為陳矩在進奉中，已經包含了獻可替否之意。他掌管東廠這段時間，是東廠抓捕人最少，京師秩序最平穩的一段。
陳矩身材不魁梧，比較瘦弱，聲音嘶啞，但是白耳黑齒，雙目炯炯有神，對人謙和，沒有聲色俱厲，不過