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兵部職方司郎中餘大成看到了這一點，在十二月初二日向兵部尚書梁廷棟及時提醒：敵人勢力還很厲害，遼東軍隊沒有了主帥，不是戰敗就是潰散。今日的上策，只有釋放袁崇煥來維繫軍心，讓他立功自贖，既可以奪敵人的魂魄，又可以儲存遼東的勁旅。
梁廷棟不以為然：遼兵有祖大壽在，不至於潰散。
餘大成說：哪裡有鳥巢傾翻雛鳥可以儲存的道理？祖大壽一介武夫，決不會屈從於這一既成事實。
兵部尚書梁廷棟立即把這個意見轉告了在朝房的同僚，剛剛進入內閣的大學士周延儒問餘大成：你擔心祖大壽會反叛？
餘大成表示肯定，周延儒再問：幾天之內？
餘大成答：不出三天。
事態的發展果然不出餘大成所料，遼東將士平素對袁督師十分感恩戴德，祖大壽又與滿桂積怨甚深，袁督師被逮，要祖大壽聽滿桂節制，激起遼兵不滿。祖大壽唯恐遭到連累，在十二月初四日早晨，悍然率領遼兵東行，踏上回歸寧遠之路。
這一突發事件引起朝廷的震驚，敵兵還未退去，一支最有戰鬥力的勁旅撤走，後果不堪設想。兵部尚書梁廷棟帶了餘大成去見皇帝，餘大成對皇帝說：祖大壽並沒有反朝廷之意，只是害怕由袁督師牽連到他們。要想召回祖大壽，非得有袁崇煥的手書不可。
朱由檢以為言之有理，便責問梁廷棟：爾部運籌何事？動輒張皇失措，事情既然可行，還不趕快去辦！
於是內閣六部一行高官趕忙來到監獄，對袁崇煥多方開導，袁崇煥執意不肯：祖大壽之所以聽我的話，因為我是督師，如今已是罪人，哪裡還能得到他的信任？
己巳之變與袁崇煥的悲劇（4）
餘大成對他曉以大義：你隻手擎遼，生死早已置之度外，天下之人莫不佩服你的忠義，諒解你的心情。作為臣子，只要有利於國家，不惜獻身。死於敵人與死於法律，究竟哪一個更值得呢？
袁崇煥這才欣然從命，當即給祖大壽寫了書信，言辭極其懇切，要他顧全大局。
朱由檢立即派專人拿著袁崇煥的書信去召回祖大壽。信使星夜疾馳，終於在距離錦州一日路程的地方追上了祖大壽一行。祖大壽下馬捧讀袁督師的書信，泣不成聲，全軍上下一起痛哭。隨軍同行的祖大壽老母問明緣由，果斷地說：走到今天這個地步，是因為失去了袁督師。幸好還沒有死，你何不立功為他贖罪，乞求皇上赦免。將士們聽了踴躍歡呼，祖大壽這才下令退回北京。
朱由檢聞訊，大喜過望，頓時又閃現出重新起用袁崇煥統領遼兵的念頭，甚至還說：“守遼非蠻子不可！”所謂“蠻子”是皇帝對廣西人袁崇煥的暱稱。事情似乎有了轉機。
大學士孫承宗也在從中斡旋，一方面希望皇上對祖大壽的行動予以諒解，另一方面送去一封密信，勸祖大壽趕快向皇上檢討，表示願意立功為袁督師贖罪。祖大壽終於取得了皇帝的諒解。
袁崇煥之死
一波剛平，一波又起。袁崇煥被逮捕入獄的訊息引發朝廷上下強烈反響，一些別有用心的人，唯恐天下不亂，乘機制造政治事端。“閹黨”餘孽上竄下跳，掀起了“欽定逆案”以來第一次翻案風波，並且由袁崇煥牽連到內閣大學士錢龍錫，終於使得袁崇煥的罪狀層層加碼，喪失了轉圜的可能。
原先皇帝下令逮捕袁崇煥時，並沒有處死之意，只是“暫時解任聽勘”而已。當時朝廷中十分之六七的大臣以為袁崇煥蒙不白之冤，可是懾於皇上的震怒，不敢輕易表白。獨有兵科給事中錢家修冒險進言，為袁崇煥鳴冤叫屈，稱讚他“義氣貫天，忠心捧日”，身為大將，從未為子弟乞求一官半職，自己的住宅、衣食依然樸素如故。這樣清正廉明的大臣，希望皇上能夠從寬發落，照舊起用。朱由檢答覆道：等待審問明白，就命他前往邊塞立功，重新起用。從中可以窺見皇帝仍舊要他“邊塞立功”的心態。
遺憾的是，朝廷中有人硬要把袁崇煥與黨爭糾纏在一起，使事情複雜到無法收拾的地步。
御史史就是這樣的代表人物。他在崇禎三年（1630）八月初六日的奏疏中，捏造事實，誣衊已經辭官的錢龍錫，支援袁崇煥殺毛文龍，與後金談判。於是扣上一頂大帽子：“賣國欺君，秦檜莫過。”真是奇談怪論！與薊遼督師商量平遼方略，是一個內閣大臣的份內事，居然被定性為“賣國欺君”，並與千古罪人秦檜相提並論，居心險惡之極。他還胡說錢龍錫接受袁崇煥賄賂銀子幾萬兩，寄存在姻親徐本高（已