1964年年底，農村“四清”（即清賬目、清工分、清倉庫、清財務）運動開始了。晉中地委組織了幾千人的“四清”工作隊進駐昔陽各個公社抓“階級鬥爭”，聲勢之大，前所未有。
昔陽縣新上任的縣委書記認為：“越是先進的地方，問題越大。”大寨是先進大隊，他自然也不會輕易放過，於是就對大寨進行檢查，並當面批評了大寨沒有把新修的土地跟產量掛上鉤。大寨人認為這位縣委書記不過問幹部參加勞動和評工記分等方面的創新，而是帶著一種成見找茬。他們感覺受到了傷害，從此憋了一肚子氣。
“四清”工作隊到來前，爺爺一再叮嚀大家要熱情接待，積極協助。誰知工作隊到大寨後行動詭秘，專找對幹部有意見的人摸底。可在召開揭問題會時，社員們都說：“我們的幹部都是社員的貼心人，不要說貪汙盜竊，就是連集體的一口湯也沒多喝過。可你們硬要逼社員說白話，真不知道你們是怎麼想的。”說罷，一個個離開了會場。工作隊折騰了一段時間後，認為大寨有兩件事情不符合規定：一是說分給社員當口糧的玉米不扣水分；二是說大隊給掃雪的社員記了工。爺爺當即與工作隊辯論，把他們整理出的問題一條條駁了回去。
正巧有一天，下起了雪，陽泉來了一群參觀的人。大雪覆蓋了參觀者必經的路，工作隊的人請爺爺派人上山掃雪開路。爺爺說話了：“我哪還再敢犯這個錯誤哩？因為掃雪受了這麼大的敗興，我們可不敢再掃了，掃雪就得記工呀！”說得工作隊長臉紅一陣白一陣。最後，爺爺派人掃了雪，可也引起了工作隊的更加不滿。
這一年，爺爺出席了全國三屆人大會議。可工作隊並沒有因為他參加人代會而善罷甘休，反而趁著群龍無首的機會鬥爭大寨的幹部。爺爺開會回來後感覺氣氛不對。有一天深夜，他在屋裡揹著手來回踱步，聽見有人輕輕地敲門。門開啟後，大寨支委們一個個走了進來，不停地嘆氣。有個支委對他說：“他們這樣整人，咱們恐怕是見最後一面啦！”爺爺吧嗒著旱菸，說：“他們這是整我們來了。不怕，雞蛋裡面是挑不出骨頭的，我們跟他們抗一抗。”爺爺勸了他們一晚上，幹部們走了，他自己卻抱頭痛哭。
在北京開會期間，他不止一次向周總理和其他中央領導反映了情況，彙報說“四清”運動打擊面太大，基層幹部無法幹下去了。隨後，中央、華北局、山西省委、晉中地區和昔陽縣委派人組成聯合工作組進駐大寨，進行了多方面的認真調查。1965年5月21日，中共山西省委下達了［1965］138號檔案，並加了按語。按語中寫道：“經過社會主義教育運動的檢驗，再一次證明，以陳永貴為首的黨支部，是一個經得起一系列嚴重的階級鬥爭和生產鬥爭考驗的革命班子。”
當時流行所謂“拉大旗作虎皮”的說法。縣裡和省裡剛剛形成的兩個對立的群眾組織，知道兩派要在拼鬥中取勝，一要取得中央支援，二要取得群眾支援。而要做到這兩點，爭取到爺爺的支援是絕對重要的。有些學生來大寨串聯，鼓動爺爺加入他們一夥，但都遭到爺爺的婉拒。爺爺對當時的形勢有看法。一次，昔陽育紅中學的紅衛兵去找他，他淡淡地說：“動不動就打倒這個打倒那個，就憑几個毛娃娃也能掌了權？”
歷史性的會見（3）
但是，全國性革命浪潮不允許他們觀望，文化大革命照樣像火一樣熊熊燃燒。搞“階級鬥爭”、揪“黨內資本主義的當權派”成了壓倒一切的中心任務。大寨也面臨著危機。不斷有人鬧事，不斷有人來讓爺爺表態到底站在哪一邊。他和村黨支部商議後決定，懇請中央出面制止這種停產、造反和鬥爭幹部等混亂局面。
1966年11月，爺爺精心挑選了十幾個蘋果，帶著農民特有的一份深情，到北京送給周總理，請總理品嚐大寨的蘋果。周總理高興地接過來說：“這麼好的蘋果，我代你轉送給毛主席吧！”爺爺隨後向總理反映了他對形勢的看法。這次與周總理見面後，他心裡踏實了很多，更加明確了方向。
與此同時，《人民日報》在頭版頭條發表社論《勞動模範要站出來，支援無產階級的造反運動》。社論說：“你們是真正的勞動模範，就不要怕群眾運動。要堅定地站在群眾一邊，和群眾在一起，把無產階級文化大革命進行到底。”中央臺也及時播出了這篇社論。爺爺聽後打好了主意：按《十六條》辦事，毛主席有什麼號召咱就有什麼行動。
不久，太原被奪權，成立了以工農為主的群眾組織。這個組織邀請他和李順達參加。二人達成共識：你去我也去，你不去我