東軍區的指揮機構和精幹機關人員，像作戰處長李作鵬、情報處長蘇靜和管理處長何敬之等，但統帥戰局的軍事機構仍難以運作：健制混亂，指揮程式不順，指揮員分散各處，加之通訊落後，仗自然很難打。
11月下旬，黃克誠率新四軍三師到達錦州地區，準備在遼西阻擊國民黨軍隊的長驅直進。 11 月29日，中央軍委致電黃克誠：“關於你部編制、
幹部配備與活動地區和作戰意見等，你均可與林彪坦白商談，並由你與林向中央提出意見解決。“黃克誠接到電報後，便主動與東北局和東北人民自治軍聯絡，發出了一封封電報，卻始終得不到迴音，弄得黃克誠丈二和尚摸不著頭腦。
數天後才因一個偶然的機會與林彪接上了關係，他這才知道中共中央已命令林彪組織東北人民自治軍總部，而林彪的司令部就駐在離黃克誠部不到30華里的地方。第七師撤出山海關的訊息中央、東北局都十分關注，紛紛詢問情況。林彪答得很乾脆：“楊國夫師與我無密本聯絡，情況不明。”
林彪面臨著困境，與自己指揮的部隊聯絡不上，手中也沒有軍隊，他無法執行中央關於要東北人民自治軍在遼西與國民黨軍決戰的指示。
林彪為執行中央的命令於11月19日從瀋陽趕到錦州。
11月15日，中央軍委電示彭真、林彪：“為謹慎使用主力，求於將來決戰時，一戰解決問題，應令季運昌、楊國夫兩部堅守山海關、綏中之線，節節抗擊，消耗疲憊敵人，而令黃（克誠）梁（興初）兩部從冷口、界嶺口分路隱蔽開至錦州，錦西、興城三角地區，處於內線，休整部隊；俟（國民黨軍）
進至綏中地區，或興城地區業已疲勞消耗至相當程度，我則可集中最大兵力，計黃克誠3。5 萬人，梁興初7000人，楊國夫7000人，李運昌、沙克在盤山、錦州至山海關一帶者至少2 萬人，共約7 萬人，於最有利之時機、地點，由林彪或羅榮桓親去指揮，舉行反攻，分作幾次戰鬥，每次殲滅其二至三個師，最後全部殲滅三個軍，則能從戰略上解決問題。“
林彪到達錦州的當天，杜聿明的第十三軍便佔領了綏中，向興城推進。
而此時林彪準備在遼西三角地帶與杜聿明決戰的主力部隊在哪裡呢？
梁興初率領的山東軍區一師，正由冷口出關，11月21日到達錦西。
黃克誠的新四軍三師，因山海關被敵佔領，正由承德繞道關外，11月26日到達錦州以西。
楊國夫的七師撤出山海關後，就讓敵人粘住了甩都甩不掉。七師的第二十團，擔任殿後任務。為了擺脫國民黨軍的追擊，他們避開公路，沿山裡的大道走。然而每當部隊進駐一個村鎮，不久敵人便會光臨，還常常利用拂曉或黃昏進行偷襲，搞得部隊不得安寧。後來才知道遼西的一些大村鎮，都有電話通往鐵路沿線車站或城市，凡有軍隊過往或發生任何情況，當地的偽政府人員就向上面報告。
11月22日，國民黨軍進佔興城、錦西。同日，中央軍委電示東北局：國民黨第十三、五十二軍向錦州急進，希望東北人民自治軍集中營口、瀋陽主力到錦州方面，協同黃克誠、梁興初部全力殲敵。處境十分艱難的東北人民自治軍無法調營口、瀋陽的部隊，就連走得快一點的梁興初部也沒有趕上裝備精良的國民黨軍的長驅直入。
22日是林彪進入東北以來最難熬的一天。一份份失利的電報——興城失守，錦西失守，錦州告急，他經過長時間的躊躇和縝密思考，終於定下決心，喚來機要秘書，字斟句酌地口授了致中央軍委及東北局彭真、羅榮桓的電報：“連日我在興城錦州一帶所見所聞，我部隊已參加作戰者疲憊渙散，戰鬥力甚弱。新兵甚多，缺乏訓練。梁（興初）師剛到，黃（克誠）師尚未到，遠落敵後。各部皆疲勞，武器彈藥不足而未得補充，衣鞋缺乏，吃不慣高粱，缺少用費。此外，自總部起各級缺乏
地圖，對地理形勢常不瞭解；通訊聯絡至今混亂，未能暢通；地方群眾則未發動，上匪甚多。故迂迴（指敵人）包圍時，無從知道。敵人利用我以上弱點，向我推進，並採取包圍迂迴。依據以上情況，我有一個根本意見，即：目前我軍應避免被敵各個擊破，應避免倉促應戰，應準備放棄錦州以及以北二三百里，讓敵拉長分散後，再選弱點突擊。因此在瀋陽、營口各地之我軍，不必趕來增援，應就地進行裝備與訓練，養精蓄銳，特別加強炮兵的建設，以待日後之作戰。目前黃梁兩師皆我親自指揮，如能求得有利作戰時，即進行極力尋求戰機。