而眼下，10餘萬部隊在開進東北後，飽嘗了無後方作戰的苦楚。
黃克誠率領的新四軍三師，經過長途跋涉到達東北。出關以後，一系列預想不到的困難便向部隊襲來。該師自蘇北開拔之前，中央曾轉發了先期出關的曾克林的報告，說：“在瀋陽及各地堆積之各種輕重武器及物資甚多，無人看管，隨便可以拿到。”
可是，當部隊到達東北後，情況卻發生了很大變化。原來，蘇聯紅軍由於受到蘇聯政府與國民黨政府簽訂的《中蘇友好同盟條約》的約束，不準東北人民自治軍進入大城市，也不準東北人民自治軍接收蘇軍繳獲的日偽軍用物資，造成了後續入關部隊物資補給的極大困難。
鑑於此，黃克誠於遼西阻擊戰失敗後向中央發去一個電報，直陳部隊所面臨的困難——“七無”情況，即“無黨（組織）、無群眾（支援）、無政權、無糧食、無經費、無醫藥，無衣服鞋襪等。部隊士氣受到極大影響，錦州、山海關以西地區土匪極多，少數人不能通行，戰場極壞。而敵人已佔領錦州，將直達長春。我提議我軍暫不作戰，進行短期休整，恢復體力，並以一部主力去佔領中小城市，建立鄉村根據地，作長期鬥爭之準備。”12月17日，三師又給軍委去電報：“部隊武器僅補充步槍1200支，輕重機槍44挺，山炮10門，野炮4 門，尚不能補足。沿途留下之武器，且多破缺不全，為新部隊丟下不用者。楊師，梁師稍多一點，幹部戰士對新部隊裝備完善，老部隊破破爛爛，極不滿意。”
電文中講的“新部隊，是指先期出關部隊擴編組建的部隊。因當時蘇軍還未限制東北人民自治軍的行動，所以還算順利。後續出關的部隊則遇上”老大哥“的翻臉，什麼也沒揀著。
除了無武器之外，還缺少群眾的支援和部隊的給養，林彪在給“呂正操、李運昌、東北局、並報中央”的電報中反映：“老百姓說：八路軍和中央軍都是為老百姓的，彼此不打好了，並認為國民黨是中央，舊政權，舊武裝人員，皆盼望找國民黨接頭。”
老百姓對共產黨及其軍隊不相信，不理解，使部隊處於被動狀態。給養也成了大問題。部隊駐在遼西一些城鎮時，當地的商會、紳士或若干頭面人物也組織一些“慰問”活動，可送來的“慰問品”盡是一些雪花膏、頭油、手絹之類小百貨，根本沒有能夠果腹的食品。新組建的部隊兵員成份也有嚴重不純的問題。“八。一五”後，先期出關的部隊，根據中央的指示和控制東北的實際需要，擴編了大量的兵員，使部隊迅速膨脹起來。當時參軍入伍的，一是工人、學生；二是一些潰散的散兵遊勇；三是成建制的偽滿軍隊；四是打著八路軍旗號、由國民黨先遣軍組織的武裝。許多武裝遊雜，本是要配合與迎接國民黨軍接收東北的，那知共產黨的隊伍腿長，先於國軍一步進了東北，他們不得不隨機應變，也扯起了“共”字的旗號。準備時機一到，再掉轉槍口。
即使是那些真正的工人、學生也有在關鍵時刻丟下槍不幹的。因為，日本人在東北統治了14年，真正的東北老百姓當了14年亡國奴，不但經濟上受剝削、壓榨，而且，在政治上與人格上亦受到極大壓抑。東北解放後，許多血氣方剛的年輕工人、學生積極要求參軍，有的想透過當兵混個一官半職。
可是，當國民黨軍進入東北後，這些人受到欺騙宣傳，以為國民黨軍才是真正的“中國政府軍隊”，而八路軍不是“正牌”，加之，“國軍”裝備的是飛機、大炮等嶄新的美式武器，身著整齊的美製軍裝，足登皮鞋，肩章耀眼，而共軍這邊則破衣爛槍。於是乎，在戰火迫近之時，棄槍逃跑、甚至反水的人漸漸多起來。
遼西阻擊戰失利後，林彪在發給“東北局、李、呂”的一封電報中說：“在東北新成立之十多個旅，成分皆極壞，皆缺乏政治認識，流氓、土匪、憲兵、偽軍甚多，真正的工農成份，亦被帶壞。這些部隊所見之李運昌部（三個旅），亦元戰鬥力，對群眾紀律極壞，不但不能發動群眾，反而使群眾對我不滿；不但不能消滅敵人，反而助長敵人士氣；不但不能打土匪，且受土匪勾引。”
從1945年12月底至1946年1 月初，東北人民自治軍（後改稱東北民主聯軍）統計，僅10天左右，“先後叛變者有：吉林1。2 萬人。合江5000人，龍江約3000人，牡丹江3000人，松江1 萬人，遼北3000人，嫩江3000人，李運昌部亦叛變不少，先後叛變共約4 萬餘人。”
1945年12月底，東北人民自治軍根據中共中央的指示改變戰略部署，