《明史》與其他史書上都說，就因為此事，萬曆心裡頗懷恨馮保與張居正。
此說應該不謬。
這確乎是一個轉折點。
在此之前的任何文字記載上，基本沒有兩人之間有裂隙的跡象。在此之後，君臣兩個在觀念與處理問題的主張上，常有牴牾。
此後有一次，講讀完畢時，萬曆興致不錯，揮毫為閣臣題字。忽然，他用筆飽蘸墨汁朝馮保甩去，把馮保大紅的衣服甩滿了墨跡。馮保驚呆了，在一側的張居正也臉色大變。萬曆沒事一樣，寫完了字後，揚長而去。
他以這種方式，表示了內心的憤恨。
萬曆在內心世界裡，與張居正、馮保已漸行漸遠。
于慎行認為，“江陵之所以敗，惟在操弄主之權”（《谷山筆麈》）。對萬曆束縛太過，導致萬曆“心已默忌”，所以後來一遇機會，就爆發了出來。
這種管制與反管制，從本質上說，還是相權與皇權的衝突。萬曆的皇權弱小，張居正的相權強大，以至於在某種意義上由他代行了皇權，這是特定背景造成的。一旦皇帝要求收回皇權，衝突就會開始——哪怕張居正一貫做得完美無缺。
張居正此時的境況確實相當尷尬，他既認為“致君堯舜上”的理想必須堅持，同時也察覺到了萬曆與他之間在政權理念上的巨大差異。最令人沮喪的是，讓萬曆成為堯舜之君基本沒有可能了，是否還有必要繼續充當監護人？
是堅持，還是退縮？他在猶疑不定。一方面他曾對友人表示，不惜“破家沉族以徇公家之務”，即使百官不配合，他也“獨有力竭而死已矣”；另一方面，在萬曆成人之後，他又深感“高位不可以久竊”，不能讓人議論自己是個戀權的人。
萬曆八年三月的時候，萬曆皇帝到天壽山舉行“謁陵禮”，這是小皇帝成人儀式中的最後一項。此禮行畢，就標誌著萬曆可以親政了。
隨駕謁陵時，張居正偶感風寒，回來後在家中調理。幾天後，他上了一道《歸政乞休疏》，正式提出要退休了。他回顧了自隆慶六年受顧命以來的經歷，表示瞭如釋重負的心情，請萬曆“賜臣骸骨生還故鄉，庶臣節得以終全。”
他在做從長計議了，而且預感不是太好。
當年在歸葬的時候，皇帝曾一日三詔飛馳江陵，召他及早回京。這一件盛事，湖廣巡按朱璉等地方官始終念念不忘，要為他建造“三詔亭”。
他在給朱璉的覆信中，發了一番前所未有的感慨。他說，修三詔亭，情我領了。但日後世事會有變化，高臺傾，湖泊平，我的房子恐怕也不會存在了。這亭子若修起來，到那時也不過是五里鋪上一個接官亭罷了，哪裡還能看到什麼“三詔”！這就是騎虎之勢，難以半途而下啊，霍光、宇文護就是這樣終不免被禍的！（見《萬曆野獲編》）
霍光為西漢大司馬、大將軍，宇文護為西魏大將軍、司空，都是主持過皇帝廢立的攝政輔臣。霍光死後，禍連家族；宇文護因專權被皇帝所殺。
環顧左右，和者蓋寡；仰望君上，天心難測。
張居正是個飽讀經典的人，不會不知道“威權震主”可能隱伏的危險。史有前鑑，觸目驚心！
然而，萬曆此時還沒有做好親政的思想準備，對張居正乞休的要求甚感突然，於是很快下詔挽留。
張居正上疏再辭，意甚懇切，說自己“神敝于思慮之煩，力疲於擔負之重”。他還提出，可否請長假數年以調養身體，這中間如果國家有事，他旦夕可以就道，隨時應召。
萬曆對局面做了全面的權衡，認為首輔退下去也未嘗不可，在猶豫之間向太后做了請示。
不料想李太后根本信不過萬曆的能力，斬釘截鐵地答覆：“等你到三十歲時，再商量這事，今後不必再興此念。”
這個決定，令萬曆和張居正大感意外。萬曆那邊，知道太后的意志是沒法違拗的，自己短時間內親政已是無望。於是再下詔挽留，請張居正務必盡忠全節，不要半途而廢。
張居正這邊，則明白有可能此生也息不了肩了，不管前面是陷阱、懸崖還是地雷陣，只能一路走下去。
——他晚年唯一可避免身後慘禍的機會，就此失去！
重回內閣辦公後，張居正有意放手讓萬曆親自處理一些政務。萬曆也表現出了一定程度的主見，對地方官員在公務上的敷衍，都能看得出來，並窮究到底。
此時君臣二人的關係相當微妙。一面是張居正覺得既然退不下去，就應當以社稷為重，忘家徇