閣僚那樣對張居正只是唯唯。對張的做法，總是力圖有所糾正，曰：“吾不能令千秋後居伴食之名。”
申時行是與馬自強同時入閣的，但在位時間極長，前後共計十三年。他在張居正死後第二年繼任首輔，一直主持大政八年。這是一個老猾的官僚，善於見風使舵，張居正得意時，他一意阿附。居正一死，身後名聲有所動搖，他就立刻迎合萬曆之意，把張居正的所有改革措施基本停掉了。
張居正蔑視同僚所付出的代價，不可謂不大。在其死後，這個班子不但沒起到延續政策的作用，反而成了迅速埋葬他改革成果的掘墓人。
所有這一切不祥之兆，眼下都還在隱伏中。
張居正把反奪情的風潮壓下去後，益發注意鞏固自己的權勢。
此時的情況很不錯，萬曆皇帝似乎更加信任首輔先生了，所有寫給張居正的手札，都稱之為“先生”，此乃大明朝前所未有。張居正也欣然接受，以蕭何、張良自居。
他一面對萬曆有倨傲之態（以此鎮住小皇帝），一面對馮保卻卑詞逢迎，認為只要這兩方面不出問題，自己便是江山永坐。
萬曆六年二月二十九日，萬曆皇帝“大婚”禮畢。張居正認為萬事妥當，便遞上《乞歸葬疏》，要請假回鄉葬父。
此次回鄉，除了安葬父親，也有衣錦還鄉之意。
歲月匆匆追逝水，明鏡怎奈華髮？距離他上次翰林院畢業時請假回鄉，竟已是19年過去了！
萬曆開始並不同意，後經張居正再次上疏，才予以批准，他叫張居正於五月就要回來，並且把老母親一起接到北京來。
萬曆還特意叮囑道：“長途保重，到家少要過慟，以朕為念，方是大孝。”又援前朝楊士奇、張熜例，賜給了張居正“帝齎忠良”銀印一枚，囑他如在途中發現朝政有問題，可隨時密封奏報。
張居正在行前，對朝中有可能發生的人事變動，做了周密的分析。特別是有可能入閣的人，都特別加以提防，以備萬