。他身死名毀後不久，各地書院便紛紛復燃，最終匯成了明末的清流大潮。
張居正的新政因觸及了利益集團，且力度甚大，遭到頑強抵制並不足怪。另一方面，自執政後，與太后、馮保相安無事，小皇帝更是在其卵翼之下，在沒有權力制衡之後，人性中惡的一面也十分易於滋長。他素有剛愎自用的特點，此時就更為獨斷專行。這也引起了一些言官的不滿。從萬曆三年起，彈劾張居正的風波便先後不絕。
第一個跳出來挑戰的，是南京戶科給事中餘懋學。萬曆二年五月，翰林院有白燕，內閣有碧蓮早開，張居正以祥瑞呈獻給皇帝。馮保則不以為然，對張居正說：“主上幼年，不可用異物讓他有玩物喪志之心。”
此事由萬曆下詔予以通報批評。
張居正拍馬拍到了馬腳上，自然無話可說。餘懋學跟著就奏了一本，說張這樣做，有失大臣風範。
小小的給事中也來說三道四。張居正心裡恨恨，但忍下了沒有發作。
第二年二月，餘懋學又上疏議事，批評考成法太過苛刻，並暗諷張居正是阿諛之臣。張居正看了奏疏，大怒。隨後萬曆下詔，給餘扣了一頂“此必是受了富豪賄賂”的帽子，予以革職，永不敘用。
餘懋學這人，其實很清廉，只不過有些不識時務罷了。
這個小小的風浪剛過，到年底，更大的風潮又來了。
河南道試御史傅應禎上疏，諷諫萬曆失德，實際是暗指張居正誤國。他提出，王安石曾以“三不足”誤宋神宗，皇上可千萬不要自誤。他還為餘懋學喊冤，認為一個言官以忠言上諫，竟然終身不用，“遠近臣民不悟，遂謂朝廷諱直言如此，其逐諫官又如此。相與思，相感嘆，凡事有關於朝政者，皆畏縮不敢陳矣”。
——你做得好，自然不應該怕人說；你做得不好，難道說說還不行嗎？
哪個當頭兒的願意聽這話？傅應禎這下可惹火了萬曆，要動用“廷杖”伺候。張居正則表示反對，說聖旨一下，人心自當畏懼，就無人再敢於妄言了，勸皇上還是“行仁行義”。於是萬曆親筆批示“著錦衣衛拿送鎮撫司好生打著問了來說”。 鎮撫司是屬於錦衣衛的機構，專管詔獄，直接奉旨辦案，用刑尤其慘酷。傅應禎被打成重傷，到年底發配浙江定海充軍。
在這個事件中，大明官員不怕“逆鱗”的倔勁兒又表現了出來。給事中徐貞明心生不忿，半夜光著腳悄悄潛入詔獄，給傅應禎送去藥粥（國家監獄看守似乎也不嚴）。御史李禎、喬巖也毅然前往探監。三人均被錦衣衛告密，後被貶官。
此時是萬曆三年，張居正的專橫還沒有達到膨脹的程度，傅應禎因此躲過了廷杖這一劫。
但不怕死的仍然有，這一次，蹦出來的人叫人大吃一驚。此人居然是張居正的門生，也是傅應禎的老鄉——巡按遼東御史劉臺。
劉臺，字子畏，江西安福人，隆慶五年的進士。張居正不但是他的會試主考、廷試讀卷官，還曾舉薦他當了現在的這個官。但劉臺認為張居正鉗制言論、斥責言官、結黨營私，都是動搖國本的行為。雖然自己是張一手提拔的人，但也不願坐視不問。他聲稱：“忠臣不私，私臣不忠。終不可以薦舉之私恩，忘君父之大義。”（《安福縣誌》）
就在傅應禎被髮往福建一個月後，萬曆四年正月二十三日，劉臺上了一道著名的《懇乞聖明節輔臣權勢疏》。不再拐彎抹角，而是直呼其名，譴責“大學士張居正作威作福，蔑祖宗法”。奏疏言辭激烈，且條分縷析，把張居正執政以來的專橫與不檢點之處，大加鞭撻。
劉臺首先從內閣許可權說起，他說，國初設定內閣，官職不高，因此沒有總攬之弊。二百年來雖有作威作福者，總還是怕人議論，惴惴然避宰相之名。惟獨“大學士張居正專政以來，每每自當必曰：吾相天下，何事不可作出，何人不可進退？”致使大小臣工，不是懼怕他的威勢，就是感懷他的恩德。
接著的駁難幾乎勢不可當。他說，既然張居正自稱“吾守祖宗之法”，那麼——
興王大臣獄，誣陷高拱又是何企圖？高拱擅權是有的，謀逆則聞所未聞。先是誣之逐之，逞宰相之威；後又私下裡寫信安慰，布宰相之恩。“祖宗之法”有這樣的嗎？
如今一有詔旨下，如果是嚴厲的，則張居正曰，我費力多少才不至於更嚴厲，於是人不敢不先謝他。如此，人們畏張居正甚於畏陛下。如果詔旨是溫和的，則張居正曰，我多少費力方如此，人們又不敢不先謝他，於是人們感激張居正甚於感激陛下矣。“祖宗之法