照規矩來，把屬於國防部的權力交還給國防部，那麼國防部就能站在總參謀部之上，成為真正的軍事管理機構。
說起來容易，做起來卻非常困難。
暫且不說與所有軍人息息相關的人事任命與調動權，僅軍費開支與管理這件事，就讓裴承毅花了足足3年，才讓林嘯雷放手。
從2042財年度到2044財年度，圍繞國防預算與軍費開支這兩個問題，國防部與總參謀部進行了三場驚心動魄的“大決戰”，以及數十場圍繞著權力進行的鬥爭。用外界的話來說，這三年是新老交替的變革時期。
因為才上位，對局勢還不太瞭解，而且與國務院其他部委的關係不太順暢，所以在就任國防部長的第一年，裴承毅沒有要求獲得國防預算的支配權，只是在向全體代表大會申報國防預算的時候，與林嘯雷達成了一份“君子協議”，國防部不會對總參謀部的預算分配方法進行干預，但是需要掌握每一分錢的去向。隨後，裴承毅讓東方聞聘請一家獨立會計事務所，專門負責國防經費的審計工作。
看上去，裴承毅做出了很大讓步。
實際上，裴承毅已經藉此機會為奪回國防預算大權打下了基礎。
2043財年度，國防部在國防預算階段開始發揮作用。按照列界的傳聞，制訂該財年度國防預算計劃時，裴承毅帶著獨立會計事務所的國防經費使用審計報告去了總參謀部，只用了5分鐘就讓林嘯雷做出讓步，同意由國防部負責國防預算的審批工作，並且在具體支出的時候由國防部行使監督權。
由此可見，關鍵就在那份2042年國防預算支出審計報告上。
雖然國防部沒有披露這份審計報告，總參謀部也沒有透露任何訊息，負責審計的會計事務所更是在此事之後關門了事，參與了審計工作的幾十名會計師改名換性，離開了公眾的視野，但是有足夠的理由相信，這份審計報告肯定點中了總參謀部的死穴，甚至存在極為嚴重的貪汙腐敗問題。
事實上，這也就是讓裴承毅出任國防部長的最大價值。
在裴承毅之前，帥水康也知道在國防預算開支上存在嚴重的貪汙腐敗問題，但是作為對總參謀部的情況不甚瞭解的文職官員，就算知道有問題，也沒有辦法查出問題，更不可能讓總參謀長低頭。更重要的是，精通行政管理的官員都過於老練，做事圓滑，從而缺乏一查到底的魄力。雖然在這個問題上，裴承毅也表現出了老練圓滑的一面，沒有在國防預算開支不實的問題上一查到底，但是他卻取得了文職官員怎麼也不可能取得的成就，那就是讓總參謀長交出了預算大權。
可以說，這是一個了不起的，而且至關重要的勝利。
在此基礎上，國防部獲得了挑戰總參謀部的實力。
當年，裴承毅就以國防部長的身份，親手砍掉了17項意義不大的軍事裝備與技術發展專案，額外增設了9個重要專案，並且為16個關鍵專案增加了撥款。因為裴承毅在第三次軍事改革的時候，在裝備辦公室幹了好幾年，隨後又在物理實驗中心參與了基礎科研專案的開發工作，所以在軍事裝備與技術發展方面，裴承毅擁有很高的發言權，幾乎沒有哪個人敢於懷疑他的權威性。
更重要的是，裴承毅沒有因此削減國防預算。
因為減少了不必要的浪費，增加了開支的靈活性，確保了重要專案的投入力度，所以由裴承毅親自起草的2043財年度國防預算報告更有說服力，也得到了軍隊裡各級官兵的大力支援。
2044財年度，裴承毅捲土重來。
這次，他要的不僅僅是制訂國防預算的權力，還要求獲得國防經費分配權與國防開支監督權。為此，在2044年上半年，裴承毅就在國防部下設立了兩個直接向國防部長負責的辦公室，一個負責分配國防經費，另外一個負責監督國防經費的支出與使用情況，而這兩個辦公室的負責人都由裴承毅親自安排。
面對國防部長咄咄逼人的攻勢，總參謀長連招架的力氣都沒有。
雖然在2043年行政總結與2044年財政預算大會上，林嘯雷提出由總參謀部與國防部共同成立一個預算審批與支出委員會，加強對國防預算的管理工作，也就是說，林嘯雷以退為進，希望保住總參謀部在國防預算上的發言權，但是已經站穩腳跟的裴承毅沒有答應共同管理國防預算，而是要求按照《行政管理法》與《政府單位改革管理辦法》等多部法律與行政法規的規定，由國防部管理國防預算。因為裴承毅提出了適當的理由，而且有相關法律支