屬吏議奏，依據《史記》、《經義考》、《風俗演義》、《元和姓纂》、《廣韻》等，考證山東肥城邱氏未必出於左氏，並且考證了邱氏家譜所錄的前代詩文，全不見於古書，文不合格、詩不諧律，如出一手，便奏請皇帝，不要創立博士職，嘉慶帝準了禮部的請奏。
紀曉嵐還親自書寫了一道奏摺，奏請“婦女強姦不從，捆綁受汙不屈而被殺者，與未被汙者略示區別，量與旌表”，議奏報可。
到了次年，山東巡撫鐵保，又申辯上年疏請，並另請設漢儒鄭玄世襲五經博士。紀曉嵐看後，大罵鐵保無知，召集禮部議奏，並就原疏兩件及邱氏《左傳精舍志》原序，考證出十處紕繆，駁回了鐵保的請奏。
這時，紀曉嵐的次子汝傳擢升為滇南知州，孫子紀樹馨升任刑部陝西司郎中，其他子孫也皆受蔭恩。紀曉嵐具折恭謝。這時的紀曉嵐，已經有十一個孫子，即汝佶的六個兒子：樹庭、樹喬、樹蔭、樹蕤、樹蕃和樹蔚；汝傳的五個兒子：樹馨、樹馚、樹馡、樹馪、樹馥。真可謂“枝繁葉茂”。
到了秋天，紀曉嵐感覺體力漸不如前。臘月裡，因受風寒，在床上躺了三天。這是他自烏魯木齊回京，幾十年來第一次臥床不棄。讓在京的兒孫們吃驚一場，都圍攏到他的床前。
午睡時，曉嵐做了一夢，夢見行路時遭李戴攔截。醒來回憶起當年李戴死前在獄中喊過的話：“到了陰曹地府也要告你三狀。”暗自猜測，莫非是自己到了回壽的時候了？於是將三子汝似、四子汝億和幾個孫子喚到床邊，對他們說道：“我從31歲入翰林，至今已歷50春秋。領纂四庫書時，又得以遍讀世間之書，人生之味，可謂知矣。有幾句話，你們要牢記在心上。”說到這裡，咳嗽幾聲，然後緩慢地吟道：貧莫斷書香，富莫入鹽行；賤莫做奴役，貴莫貪賄贓。
老頭子停一停又問道：“你們可曾記住？”在場的兒孫們都含淚應諾。
嘉慶帝得到紀曉嵐患病的訊息，命御醫到紀府調治。這次只是虛驚一常幾天之後，就又能上朝了，不過這時要坐著轎子或“紫禁城騎馬”。紀曉嵐的摯友劉墉，卻在這時畢命歸天，終天85歲，賜諡“文清”。
紀曉嵐在劉墉去世的哀思中過了春節，迎來了一件大喜事：正月十六日，嘉慶皇帝降下諭旨，命以禮部尚書、協辦大學士，加太子少保銜，管國子監事。
二月十日，紀曉嵐再次病倒在床上，朱珪來看他時，他拉著朱珪的手說：“我沒有什麼病，只是口中湧痰，朱公放心吧！”二月十四日，紀曉嵐昏睡一天，平息微弱。掌燈之後，紀曉嵐醒來了，精神異常振奮，兩眼放射出明亮的光芒。他對一直在他身邊照護他的汝似、汝億說：“生死聚散，人世之常情。為父已八十有二，即使長辭人世，也稱得上是壽盡天年了。你們不要過於悲痛，喪葬之事，務求節儉。上次臥病，我將要說的話說了，你們要記住，傳與子孫後代，我也就放心了。”汝億的媳婦看老公爹醒來，趕忙煮來了蓮子羹。汝億接在手上，倚在老父床邊，用羹匙一匙一匙的餵給他喝。喝了小半碗，他搖頭示意不喝了，咳嗽幾聲清清嗓子，用低弱的聲音緩慢地說道：“我想了一個對子，你們對對吧！”不等兒子回答，他就接著吟出一句：“蓮（憐）子心中苦：”說完閉上了眼睛。汝似、汝億看父親平息奄奄，哪有心思去對父親出的對聯？但又不好違背，就站在一旁不說話，佯作思索。
紀曉嵐睜開眼睛，這次說話的聲音更低了，幾乎聽不到：“何不對對，'梨（離）兒腹內酸'。”說罷，閉上了雙目，溘然而逝。一代文宗、風流才子結束了他光彩照人的一生。
董浩、劉權之等人，按他生前的願望，合致一副輓詞：浮沉宦海同鷗鳥，生死書叢似蠹魚。
嘉慶帝聞知噩耗，特派散秩大臣德通，帶領侍衛十員，前來祭奠，賞賜陀羅經被一條，白銀五百兩治喪，賜諡“文達”。
德通宣讀了嘉慶皇帝賜給紀曉嵐的諭祭文：三臺位亞，軫夙願於元臣；六藝身通，眷方聞於耆宿。藉大廷之日贊，新恩方賁黃麻；愴夜壑之風悽，遺疏遽聞綠野，憫茲篤棐薦以馨香。爾原任太子少保協辦大學士、禮部尚書紀昀，稟性淵通，立身醇謹。居藩國傳經之地，業富縑緗；入崇臺市駿之場，群空驪駱。鑾坡載筆，是雲克稱其官，黼黼書名，聿見能殫厥職。才程山右，登唐魏之民風；學董閩中，衍遊楊之道脈。備以臣而格躋常調，轉儲隸而品擢清斑。唯銅龍資審諭之才，斯竹馬寢承宣之命。雁銜綬帶，寵賁儀章；鳳刷羽毛，榮留欽瞻。迨獲譴而鄣乘玉塞，復承恩而詔待金門。嘉其綜括之