軍投降，結果右翼軍兵力大減，基本失去了進攻能力。
7月25日，北洋軍攻陷湖口，李烈鈞率討袁軍餘部退守吳城。湖口要塞失陷後，江西已是門戶大開，無險可守，而北洋軍則乘勝追擊，攻下德安、建昌、吳城，隨後合擊南昌。李烈鈞在退守南昌後，儘管他在南昌城外佈置了兩道防線，但畢竟是實力相差懸殊，部隊要麼被打散，要麼就是自行解散，南昌也在8月18日宣告失陷。
在南昌失陷前，湖南都督譚延輳Х⒌綾ㄈ八�跋媯�蘅贍魏沃�攏�盍揖�倉緩寐什肯潞巫悠嫻熱順肆剿銥炻盅馗詠�舷攏��潦髡虻醬鍥枷綰笥胩乞�柿斕南婢��硬慷踴岷希�婧笥衷讜�萃�只⒔饃⑹Ｓ嗖慷櫻�詈舐噬偈�仔潘嬖背嘶鴣等コど場＠盍揖�醬鋶ど車氖焙潁�費雨＇早已取消湖南獨立，但他也不想和革命黨交惡，於是在他的安排下，李烈鈞、林虎等人都秘密流亡日本。至此，江西戰事宣告平息。
在北洋軍與李烈鈞討袁軍激戰的同時，第二軍的馮國璋、張勳、雷震春等部也已經進入江蘇，擺出一副進攻南京的架勢。在程德全出走後，黃興組織了討袁軍司令部，隨即令駐徐州的冷遹第三師向鄰近的北洋駐軍立即發起進攻，又令第八師騎兵團及機關槍連、炮兵營、工兵營組成混合支隊，開赴徐州前線支援第三師，第一師第1旅也隨後跟進；第一師第 2旅開赴臨淮關，協助安徽討袁軍協防北洋軍倪嗣沖部；第一師和第八師的其餘部隊，暫時駐防南京。
在受到冷遹部的攻擊後，北洋軍在第5師師長靳雲鵬的指揮下堅守待援，多次打退討袁軍的進攻。辨帥張勳得知徐州已經爆發戰事後，不待袁世凱的命令便派出3營如狼似虎的辮子兵前去支援，而田中玉的巡防營也從兗州開到前線，隨即加入戰鬥。冷遹部在被北洋軍左右夾擊後，勢不能敵，只得後撤到徐州以北20公里的柳泉待援。
這時，第八師的混成支隊和第一師第1旅也相繼趕來增援，南北軍再度展開激戰，雙方你來我往，陣地幾度易手，不分勝負。這時，黃興還試圖利用張勳忠於清室的情結來離間張勳倒戈，他致電張勳說：“袁世凱本清室權奸，異常險詐，戊戌政變便是他告密導致。辛亥革命時，袁世凱假借民軍的名義，欺負人家孤兒寡婦，乘機盜竊權位。袁世凱不僅是民國的大盜，也是清室的賊臣，天下人皆可*之，還望張公深明大義，再造國家”。
張勳接到電報後，還沒等看完便一把撕了個粉碎，破口大罵道：“呸！我以前只知道大清朝，現在就知道袁總統，什麼討袁軍司令黃興？混賬王八！我老張豈是你所能誘惑的麼？”
在辛亥革命中，張勳曾被江浙聯軍打得落花流水，想必正等這個機會出了胸中的這口惡氣。罵罷，張勳反命令部下向討袁軍發起猛烈進攻，而冷遹部剛退守徐州，土匪出身的騎兵團團長張宗昌在所部被打散後突然叛變，以致軍心大亂，討袁軍被迫退出徐州。就在這時，駐守揚州的徐寶山第四師（原第二軍）也宣佈投袁。徐寶山也是土匪出身，參加革命實屬投機。
在討袁軍撤出徐州後，北洋軍步步緊逼，討袁軍中的高階將領們鬥志十分消沉，而坐鎮南京的黃興也是一籌莫展，整個司令部充滿了悲哀失敗的情緒。這時，逃到上海的程德全也來搗亂，他釋出取消江蘇獨立的電報，並密令捉拿黃興。在此情況下，黃興也覺得事無可為，便在夜間乘船離開南京，一走了之。
按理，像黃興這樣的革命死硬派，百戰百敗卻又百折不撓，這種人只要活著，就很可怕。失敗一百次並不可怕，因為勝敗並不是以次數來計算，而是以最後的決定性勝利來衡量，但黃興還是跑了。
黃興從南京不聲不響地出走後，其他高階將領洪承點、冷遹等也當即出走，局勢陷入了混亂。這時，代理江蘇民政長蔡寅、第八師師長陳之驥和代理一師師長周應時等人乾脆宣佈取消獨立，並派人到上海去將程德全請回。程德全是個老官僚，政治經驗豐富，他見南京此時尚未安定，怎肯輕易回來。
這時，何海鳴、張堯卿、韓恢等人建立的鐵血監視團在得知黃興離開南京後，急忙從上海星夜趕來，試圖挽回局勢。但他們到達南京的時候，為時已晚，黃興等人早已是人去樓空。像武昌起義一樣，在高階將領缺位的情況下，又是革命士兵主動站了出來。在何海鳴等人的鼓動下，第一師計程車兵趕走師長陳之驥（他雖是同盟會員，卻是馮國璋的女婿），並與第八師聯合起來佔領了都督府，再次宣佈獨立。
在南京再次宣佈獨立的第2天（8月12日），張勳部前鋒已經抵達南京城外，而此時城內何