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最迫切需要作出決定的戰區——東南亞——對馬歇爾的建議實際上存在的障礙特別大。不僅是英美兩國，還有荷蘭、澳大利亞、紐西蘭、中國和印度的軍隊都在那裡同日本人作戰，同時在世界上一個不太發達的地區，缺乏足夠的交通使建立單一的指揮格外困難。提出了類似這樣一些實際的障礙而且由丘吉爾和其他的人著重地提了出來，反對馬歇爾的建議，根據記錄，丘吉爾曾經說：“那裡的局勢是這樣的：某些特殊的戰略據點必須守住，每一地方的指揮官對於自己該做點什麼都很清楚。困難的問題在於使用到達該地的資源。這是一個只能由有關各國政府解決的問題。”
哈里·霍普金斯在馬歇爾和丘吉爾之間安排了一次私下會談來討論這個問題。在長時間的會談中，首相終於能夠估量出馬歇爾的決心多麼大，儘管有著種種憂慮，丘吉爾還是決定退讓了。羅斯福也全力支援馬歇爾的論點，所以在保證取得這項結果方面起了他的作用。丘吉爾一旦被爭取過去後，正如他所具有的特性那樣，立即全心全意參與這項計劃，並且馬上敦促戰時內閣對他稱之為“戰爭獲勝者”的計劃予以批准。
12月29日，這一問題解決了。阿奇博爾德·韋維爾爵士將軍被推選出來就任東南亞盟軍總司令。所謂美英荷澳（即美國、英國、荷蘭、澳大利亞）地區的最高指揮權應當給予一位英國將領，這是美國人建議的。英國的參謀長們最初的反映是驚訝而高興，但是他們隨即認識到，在這種提議的安排下，韋維爾將為前途明擺著的挫敗受到公開責難。他們感到這對英美的友好可能是有害的。然而，丘吉爾卻堅決地打消了這種擔心，決定接受提出的這種安排。
在盟國並沒有聯合作戰的各戰區裡，對原有的安排並沒有作出任何改變。然而，在中國，經過同中國政府磋商以後，建立了一個盟軍的第二戰區。蔣介石成了“盟軍”的總司令，一名美國將領將被任命為他的“參謀長”。美國在中國幾乎沒有地面部隊。很明顯，由一個美國人在中國成為副指揮官的這種安排，同美國、英國、荷蘭和其他盟國提供部隊、船隻、飛機和指揮官的那種“盟軍”司司令部大不相同。事態的發展使大規模派遣美國部隊到中國去的計劃落空了，這就使得這種區別更加明顯，但在1942年1月初，當這兩個新的盟軍司令部向世界宣告成立時，這種區別還不十分明顯。
關於在戰場上統一指揮的原則的協議，引起了在最高司令部內統一指揮的這個甚至更為重要的問題。這使會議比先前更加直接地面臨限制國家對武裝部隊的權力的問題。開始時，一般的問題並沒有接觸到。討論倒是針對著這樣一個問題：對韋維爾將軍的新指揮權將予以什麼樣的節制？1941年12月29日，參謀長們提出建議，不設立任何特別機構來監督韋維爾。他們認為，這樣一個機構將是無效的。它將不得不把同該戰區有關的所有小國的代表都包括在內，這樣的代表不同本國政府進行磋商就不能共同作出決定來。
羅斯福同霍普金斯討論過這問題後，拒絕了這項意見。作為代替他建議成立一個新委員會，由三名美國代表和三名英國代表分別代表本國的各軍種聯合組成，再由一名澳大利亞代表、一名紐西蘭代表和一名荷蘭代表以顧問的身份參加進去。看看後來稱為聯合參謀長委員會的這一機構起初如何一點一滴、意想不到地成立起來，是很有啟發的，這個委員會在大戰後來的年代裡成了世界上最強有力的團體之一。這裡，在總統訂正的關於在一個戰區內進行部署的一份備忘錄裡，就可以看到它的起源。
用哈里·霍普金斯的話來說，當羅斯福的新建議提交會議時，“引起了激烈的爭論”，英國人很快就把這一爭端擴大了。他們指出，權力僅僅限於一個戰區的一個國際軍事機構，如果無權決定應將什麼樣的人員和物資運送到戰場上去，那將變得毫無意義。但是這種決定，如果不考慮到所有的盟國和所有的戰區對戰時生產所提出的競爭性的要求，是無法作出的。
在英國人帶來向會議提出的建議中，有一項是主張成立一個由英美各軍種委派代表組成的常設軍事計劃組織，英國的計劃要求每一國控制整條戰線中的一定防區，這個計劃組織就是設想出來作為可以協調每一國的軍事任務的手段。但是採取任何行動的決定權則仍將由各國政府和它們各自的軍事司令部掌握。顯然，在遠東成立盟國的那些統一的司令部，使任何這類計劃不能巧妙地發揮作用，但是羅斯福逐次提出的關於成立一個特別委員會來控制每一戰區內“盟國”司令官的建議，是以如何