出“最好是無論如何總要對於中國的老毛病刺他幾針”，“偏要發議論，而且講科學，講科學而仍發議論，庶幾乎他們依然不得安穩”。在《新潮》上，魯迅發表了短篇小說《明天》和譯文《察拉圖斯忒拉的序言》。
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毀壞這鐵屋的希望（7）
1919年1月出版的《新青年》第六卷第一號上，刊出了陳獨秀的《本志罪案之答辯書》。文章指出：一些人從根本上反對《新青年》，“他們所非難本志的，無非是破壞孔教，破壞禮法，破壞國粹，破壞貞節，破壞舊倫理（忠孝節），破壞舊藝術（中國戲），破壞舊宗教（鬼神），破壞舊文學，破壞舊政治（特權人治），這幾條罪案”。針對這些攻擊，陳獨秀回答道：
這幾條罪案，本社同人當然直認不諱，但是追本溯源，本志同人本來無罪，只因為擁護那德莫克拉西（Democracy）和賽因斯（Science）兩位先生，才犯了這幾條滔天的大罪。要擁護那德先生，便不得不反對孔教，禮法，貞節，舊倫理，舊政治；要擁護那賽先生，便不得不反對舊藝術，舊宗教；要擁護德先生又要擁護賽先生，便不得不反對國粹和舊文學。大家平心細想，本志除了擁護德賽兩先生之外，還有別項罪案沒有呢？若是沒有，請你們不用專門非難本志，要有氣力有膽量來反對德賽兩先生，才算是好漢，才算是根本的辦法。
陳獨秀理直氣壯地駁斥了反對者，堂堂正正地舉起了民主（德先生）和科學（賽先生）的大旗。這就是《新青年》的旗幟，五四運動的旗幟，是那以後一個相當長的歷史階段裡幾代中國人奮鬥的目標。
跟《新青年》雜誌遭到非難的同時，陳獨秀本人也遭到了攻擊。一些報刊上出現了各式各樣的攻擊文字。1919年2月17日至18日，上海《新申報》刊出了林琴南的影射小說《荊生》，說有田必美（影射陳獨秀）、金心異（影射錢玄同）、狄莫（影射胡適）三人聚於陶然亭，田生大罵孔丘，狄生主張白話，忽然隔壁走出一個偉丈夫荊生，把這三個人痛打了一頓。接著，3月19日，他又在該報發表《妖夢》，寫“白話學堂”（影射北京大學）的校長、教務長都被神怪吃掉。他不僅發表這些輕薄文字，在3月18日的《公言報》上，他還發表了致蔡元培的公開信，攻擊北京大學，“必覆孔孟、鏟倫常為快”。蔡元培在答覆他的公開信中質問道：“（甲）北京大學教員，曾有以‘覆孔孟，鏟倫常’教授學生者乎？（乙）北京大學教授，曾有於學校以外，發表其‘覆孔孟，鏟倫常’之言論者乎？”
林琴南的這封公開信裡，有一要害之處，就是他說，“大學為全國師表，五常之所繫屬。近者外間謠諑紛集，我公必有所聞，即弟亦不無疑信。”這裡他說的，是陳獨秀嫖妓的傳聞，一些小報對此頗有渲染。蔡元培的覆信裡並沒有闢謠，只是表示了學校當局對這一類事情的態度。他表示，對於教員，
其在校外之言動，悉聽自由，本校從不過問，亦不能代負責任。例如復辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持復辟論者，以其所授為英國文學，與政治無涉，則聽之。籌安會之發起人，清議所指為罪人者也，本校教員中有其人，以其所授為古代文學，與政治無涉，則聽之。嫖、賭、娶妾等事，本校進德會所戒也，教員中間有喜作側豔之詩詞，以納妾、狎妓為韻事，以賭為消遣者，苟其功課不荒，並不誘學生而與之墮落，則姑聽之。夫人才至為難得，若求全責備，則學校殆難成立。且公私之間，自有天然界限。
從這裡顯然可以看出蔡對陳的愛惜和保護之心。只是這時報刊還在不斷散佈不利於陳獨秀的流言。《神州日報》說“陳獨秀近有辭職之說”，《公言報》說“###有訓令達大學，令其將陳、錢、胡三氏辭退”。對於這些流言，蔡一一去函更正。只是這壓力越來越大。3月26日晚上北京大學評議會討論陳獨秀的去留問題。在湯爾和、沈尹默、馬敘倫等人的影響之下，蔡元培同意了辭退陳獨秀。陳獨秀就此離開了北京大學，專門辦他的《新青年》去了。
十多年以後，胡適寫信給當年在去陳一事上起了關鍵作用的湯爾和，反思這一事件。1935年12月28日的信中說：
三月廿六夜之會上，蔡先生頗不願於那時去獨秀，先生力言其私德太壞，彼時蔡先生還是進德會的提倡者，故頗為尊議所動。我當時所詫怪者，當時小報所記，道路所傳，都是無稽之談，而學界領袖乃視為事實，視為鐵證，豈不可怪？嫖妓是獨秀與浮筠都乾的事，而“挖傷某妓之下體”是誰見